Muñoz se trasladó a Salamanca en 1579 y allí, como en Valencia, enseñaba un amplio espectro de materias. Así, gracias a los libros de visitas a las cátedras sabemos que las materias enseñadas por Muñoz en Salamanca entre 1579 y 1587 incluían: aritmética, geometría y perspectiva según Euclides, la esfera e introducción a la astronomía, modelos planetarios, tablas e instrumentos, astrología, geografía, cartografía y arte de la navegación. 42 Por otros testimonios sabemos que probablemente enseñaba también cuestiones de arte militar (artillería, en particular). 43 Con respecto a la teoría de Copérnico, Muñoz la describe sumariamente en sus Comentarios a Teón, en sus Comentarios a Plinio y en su Introducción a la Astronomía y la Geografía y trata de refutarla con argumentos astronómicos, si bien menciona ocasionalmente el argumento del tiro vertical de los proyectiles. Las ideas cosmológicas de Muñoz, afines a la tradición estoica, eran contrarias a la doctrina aristotélica en aspectos destacados, pero exigían la centralidad de la tierra en el universo.
El repertorio de materias que Muñoz enseñaba en Salamanca aparece bien recogido en los estatutos de 1594, que sin duda se redactaron mediante la intervención de los discípulos de Muñoz, particularmente Gabriel Serrano, que había sucedido a Muñoz en la cátedra en 1592 y Antonio Núñez Zamora, responsable de un «partido» de matemáticas establecido en 1590 para reforzar las enseñanzas de estas disciplinas. 44 En los mencionados Estatutos, para la cátedra de matemáticas y astrología, se establecía, en matemáticas, los seis primeros libros de Euclides y la perspectiva del mismo, aritmética «con las raíces cuadradas y cúbicas declarando la letra del séptimo, octavo y nono de Euclides», agrimensura y, en la sustitución, los esféricos de Teodosio, todo ello el primer año. El segundo año correspondería a la astronomía: el primer libro del Almagesto , la trigonometría plana y esférica según Clavius «u otro moderno»; el segundo libro del Almagesto (astronomía esférica) y tablas del «primer móvil» según Regiomontano o Reinhold; la teoría del Sol según Peurbach, el libro tercero del Almagesto (longitud del año y teoría del Sol) y Tablas de Alfonso el Sabio; seguidamente, lo mismo en los demás libros del Almagesto , es decir, primero una presentación de los modelos según Peurbach, luego exposición del tema según el Almagesto y Tablas correspondientes de Alfonso. A continuación, se establece que en el «segundo quadrienio léase a Nicolás Copérnico y las tablas Pruténicas en la forma dada», y «en el tercer quadrienio a Ptolomeo, y así consecutivamente». Para el «segundo año», la Geografía de Ptolomeo, la Cosmografía de Pedro Apiano, cartografía, astrolabio, planisferio de Rojas, el radio astronómico y el arte de navegar. En la sustitución, el arte militar. Finalmente, el «cuarto año», «la esfera y la astrología judiciaria por el Quadripartito de Ptolomeo, y por el Alcabisio corregidos». En la sustitución, teóricas de planetas.
El esquema sería, pues: el primer año, matemáticas y sus aplicaciones; el segundo, astronomía; el tercero, cosmografía, náutica e instrumentos y el cuarto astrología. La referencia al segundo «quadrienio» no la logro entender bien; sugiere una alternancia entre Copérnico y Ptolomeo en la enseñanza de la astronomía, cada período completo de cuatro años. Otra interpretación, más dudosa aunque no carente de lógica sería que tras exponer la astronomía ptolemaica el catedrático debería explicar la copernicana con las tablas de Reinhold derivadas de los modelos copernicanos. En cualquier caso, ahora no se somete el tema «al voto de los oyentes». Dado el carácter retrospectivo de los Estatutos, a mi juicio estos no hacen sino confirmar la importancia que Muñoz y sus discípulos concedían a los aspectos técnicos o cuantitativos de la obra de Copérnico y las Tablas pruténicas . Como hemos explicado, Muñoz exponía en sus clases de forma esquemática la teoría heliocéntrica, para mostrar su desacuerdo con ella y refutarla con argumentos principalmente astronómicos. Al propio tiempo, en su traducción comentada de los Comentarios al A lmagesto de Theón de Alejandría, que al parecer también usó para sus clases, se remite con frecuencia a los datos y técnicas de cálculo de Copérnico y contrasta, en muchas cuestiones, los resultados obtenidos por Copérnico con los de Ptolomeo, las Tablas Alfonsíes y otros autores, amén de con los suyos propios. En este sentido, conviene señalar que desde un punto de vista predictivo ni las tablas y parámetros de Copérnico ni las de Reinhold significaban una mejora general importante y obvia con relación a las alfonsíes.
En la Universidad de Alcalá, aunque estamos peor informados de los contenidos de las enseñanzas, cabe suponer una evolución idéntica a la experimentada por Valencia y Salamanca. Allí enseñó, en la segunda mitad del siglo, Pedro Esquivel, experto cosmógrafo que llevó a cabo, por encargo de Felipe II, uno de los primeros intentos de descripción geodésica de un país. 45 También enseñaron en Alcalá dos discípulos de Muñoz: Gabriel Serrano y Diego Pérez de Mesa, al parecer, siguiendo un esquema de enseñanzas similar al de su maestro en Salamanca. 46 En la Reforma de Obando de 1564 se establece como materias a enseñar: «las cuatro liberales, aritmética, geometría, perspectiva y música» 47 así como «astrología especulativa» (es decir, astronomía): esfera, teóricas de los planetas, tablas y «si tiempo sobrare (del año) astrolabio o algunos otros instrumentos». Además, «si algunos discípulos fueren suficientes y pidieren otras lecciones como Almagesto de Ptolomeo, o Copérnico o algunos otros autores especulativos que sea lección en otra hora para que las lecciones ordinarias no falten». 48 Es decir, también en Alcalá se sugirió la obra de Copérnico como alternativa a la de Ptolomeo para la enseñanza de la astronomía. En la Reforma de Gómez Zapata de 1584 el texto para la enseñanza de las matemáticas es idéntico. 49 En la Reforma de Portocarrero de 1603 se establece la enseñanza de las matemáticas en tres años. 50 En el primero, las materias eran aritmética práctica (siguiendo a Gemma Frisius o a Oronce Finé), los seis primeros libros de Euclides, trigonometría, perspectiva (siguiendo a Witelo o a Alhazen) y geometría práctica siguiendo a Oronce Finé o a Fernel. El segundo año, la esfera de Sacrobosco «demostrando sus conclusiones con geometría y perspectiva, en cuanto fuere posible», el uso del astrolabio por Gemma Frisius, la Geografía de Ptolomeo y la navegación «por el compendio que pareciere al catedrático». El tercer año estaba destinado a las «teóricas» (es decir, modelos planetarios) según Peurbach, «interpretando cada teórica por Ptolomeo», Tablas Alfonsíes , « De ratione temporum » y cómputo eclesiástico. Este repertorio de materias corresponde a las que muy probablemente habían impartido en las dos últimas décadas del siglo XVI los discípulos de Muñoz Gabriel Serrano y Diego Pérez de Mesa y son similares a las que enseñaba Muñoz en Valencia y Salamanca. No obstante, es interesante destacar algunas diferencias: en primer lugar, es notable la ausencia de toda referencia a la astrología, aunque es muy probable que, a pesar de ello, Serrano y Pérez de Mesa enseñaran esta materia. Recordemos que Pedro Ciruelo, uno de los profesores más destacados de Alcalá de las primeras décadas del siglo fue un notable defensor de la astrología contra los ataques de Pico della Mirándola. 51 En el caso de la óptica, mientras que Muñoz seguía la tradición de Euclides, la Reforma de Portocarrero recomienda seguir a Witelo o Alhazen, más en consonancia con la tradición de Pedro Ciruelo. En astronomía, el texto elimina la referencia a Copérnico que figuraba en las reformas anteriores. Esto puede atribuirse a los crecientes temores e inquietudes por parte de los filósofos y teólogos escolásticos de los riesgos que implicaba la obra de este autor; pero lo mismo cabría decir de Salamanca y sin embargo la referencia a Copérnico se mantuvo en los estatutos de esta Universidad, figurando en los de 1624, es decir, después de la condena hasta su corrección del libro de este autor y de la obra del teólogo y filósofo salmantino Diego de Zúñiga. 52 Por ello, esta cuestión queda abierta a futuras investigaciones. Finalmente es de destacar también la inclusión de la geografía y el arte de navegar, consonante con la preocupación de los gobernantes españoles de que las universidades proporcionaran una buena formación en cosmografía.
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