Im Jahre 1164 begannen die Zisterzienser mit der Gründung von Meierhöfen im Gebiet von Alcobaça. Der erste entstand in Aljubarrota, was somit auch zur Gemeindegründung führte. Da der König keinen Einfluss auf die Gerichtsbarkeit hatte, ließen sich in den neuen Gemeinden auch immer wieder flüchtige Straftäter nieder. Einzige Bedingung war der christliche Glaube. Die dort lebenden Mauren versuchte man zum Christentum zu bekehren. Wer dazu nicht bereit war, musste das Gebiet verlassen.
Die Siedler erhielten für ein paar Jahre die Nutzungsrechte an einem Stück Land und mussten an die Abtei dafür Abgaben in Form von Naturalien leisten. Die Vorgehensweise bei einer Gemeindegründung war immer gleich. Als Erstes wurde die Kirche errichtet und davor der Pelourinho. Dabei handelte es sich um den Schandpfahl oder wörtlich übersetzt, die Arme-Sünder-Säule. An ihm wurden straffällige Ehebrecher oder Betrüger tagelang angebunden und auch ausgepeitscht. Auf jeden Fall wurden sie der Bevölkerung zur eigenen Schande vorgeführt.
Die Mönche waren aber nicht nur zum Richten vor Ort, sie lehrten auch und leiteten die Siedler an in Ackerbau und Viehzucht, legten Felder trocken und gruben Brunnen.
Der König eroberte im Jahre 1165 Évora und ein Jahr später Serpa. Doch noch waren die Mauren nicht besiegt. Immer wieder mussten Rückschläge hingenommen werden.
Sancho, der Thronfolger heiratete 1175 Dulce von Barcelona und bereits ein Jahr später machte er Afonso I. zum Großvater einer Enkeltochter.
Der Bau einer ersten provisorischen Abtei in Alcobaça begann 1178. In die Abtei „Nossa Senhora da Conceição“ zogen 12 Mönche und ein Abt ein.
Ein Jahr später erfolgte die Anerkennung des Königs und die der Unabhängigkeit Portugals durch den Papst. Ob dies einen großen Freudentaumel im Königshaus auslöste ist nicht bekannt. Doch die Krone hatte dringend darauf gewartet.
Sancho I. folgte seinem Vater auf dem Weg der Reconquista und eroberte im Jahre 1180 Silves, die Hauptstadt der Mauren. Diese schlugen aber zurück und konnten Silves wieder in ihre Hände bringen.
Als Afonso Henriques, Afonso I. am 6. Dezember 1185 im Alter von 76 Jahren in Guimarães nach 46-jähriger Regierungszeit starb, konnte er auf ein bewegtes Leben zurückblicken. Er ging als „Alfons der Eroberer“ in die Geschichte ein. Zwölf Kindern hatte er zum Leben und zum Teil einer steilen Karriere verholfen. Alle lebenden Töchter waren erfolgreich verheiratet und die Söhne besetzen wichtige Posten im Land, die Ehelichen genauso, wie die Unehelichen. Und so war es an Sancho I., sich der Herausforderung zu stellen, das schwere Erbe anzutreten und dem Vater auf den Thron folgen.
Die Könige aus dem Hause Burgund
bestieg als 2. König 1185 den Thron nach dem Tod seines Vaters und Begründers Portugals. Womit klar war, dass er ein schweres Erbe antrat. Zwar hatte er schon einige Jahre an der Seite des Vaters mitregiert, doch die Zeiten waren nicht leicht. Sancho I. war 31 Jahre alt, verheiratet und Vater von fünf Kindern. Wie viele uneheliche Sprösslinge zur Besiedlung des Landes beitrugen, ist nicht bekannt.
Das „Maurenproblem“ war noch nicht aus der Welt geschafft und auf der Christianisierung lag noch immer das Hauptaugenmerk des Königs. Das Jahr 1189 wurde ein Schicksalsjahr für den ihn. Gemeinsam mit Kreuzrittern auf deren 3. Kreuzzug griff Sancho I. die Mauren an, um weitere Gebiete für sich zu erobern. Doch die maurische Armee schlug zurück und konnte sogar viele, bereits zuvor eroberte Gebiete, für sich zurückgewinnen. Nach dieser Niederlage verstarb auch noch Sanchos erstgeborener Sohn, Dom Raimundo im Alter von 9 Jahren. An seine Stelle rückte nun der vierjährige Afonso.
Doch die Probleme Portugals waren noch umfangreicher und Sancho erlebte im Jahre 1195 erneut ein Schicksalsjahr. Die Katholische Kirche verhängte das Interdikt über das Land. Die Ehe von Sanchos Tochter Theresa mit König Alfons IX. von León wurde von der Kirche für ungültig erachtet. Im Grunde genommen ging es um Macht. Die Kirche hatte sehr viel Land vom König erhalten und war somit der größte Landbesitzer, noch vor der Krone, geworden. Der König versuchte, der Kirche diese Lehensrechte stückchenweise abzuerkennen. Außerdem war es am König, die Bischöfe zu ernennen, was wiederum die Kirche nicht dulden wollte. Die Streitereien dauerten fast zweihundert Jahre an und während dieser Zeit waren sämtliche gottesdienstlichen Handlungen verboten. Die Kirchen blieben geschlossen, Trauungen und Taufen fanden nicht statt. Es gab keine Möglichkeit zur Beichte zu gehen und die letzte Ölung wurde verweigert. Beisetzungen fanden ohne kirchlichen Beistand statt. Dies war die härteste Strafe, die die Kirche in dieser Zeit verhängen konnte und sie traf das Land hart.
Im gleichen Jahr kam es zu einem Massaker der Mauren an den Mönchen von Alcobaça. In Pederneira, heute Nazaré wurden alle 95 Mönche, die am Kloster arbeiteten, umgebracht.
Zur Jahrhundertwende hatte das Kloster bereits zwei Häfen, Alfeizerão (São Martinho do Porto) und Pederneira (heute ein Teil von Nazaré). Von dort wurde bereits Salz verschifft. Doch musste zu jeder Zeit mit Angriffen der Mauren gerechnet werden.
Sanchos Sohn und Nachfolger, Afonso II. heiratete 1208 eine Tochter des kastilischen Königs, Alfons VIII. Urraca von Kastilien brachte am 08. September 1210 Sanchos ersten Enkel zur Welt, Sancho II.
Im gleichen Jahr gründeten die Mönche von Alcobaça den Meierhof Alvorinha.
Sancho I. starb am 26. März 1211 in Coimbra nach 26-jähriger Regierungszeit im Alter von 57 Jahren. In seiner Ehe wurden ihm 10 Kinder geschenkt, von denen 8 den Vater überlebten. 8 uneheliche Kinder machten diesen 20-prozentigen Schwund wieder wett.
In die Geschichte ging Sancho I. als „der Besiedler“ ein (Dom Sancho o Povoador). Vielleicht auch wegen seinem eigenen Beitrag zum Bevölkerungswachstum.
übernahm 1211 die Regierungsaufgaben. Er war der dritte König aus dem Hause Burgund. 
Eine seiner ersten Regierungshandlungen war die Einberufung der Cortes (Adelsversammlung). Es war das erste Mal, dass die Adelsversammlung in Coimbra zusammentraf.
Afonso II. schaffte das erste zusammenhängende portugiesische Gesetzeswerk, also das erste Grundgesetz. Er versuchte, die Königsmacht damit zu stärken und den Adel zu schwächen. Der Adel nahm das äußerst übel und man bannte den König. Daraufhin, auch unter dem Gesichtspunkt der Interdiktion durch die katholische Kirche, verwies Afonso II. den Bischof von Braga des Landes. Das Volk liebte den König, der Adel hasste ihn.
Afonso II. holte erneut Kreuzfahrer ins Land und nahm die Reconquista (Rückeroberung) wieder auf. Mit Hilfe der Kreuzritter gelang es ihm, Setúbal und Alcácer do Sal zu erobern.
1223 konnten die Mönche das neue Kloster von Alcobaça beziehen.
Im gleichen Jahr starb der König nach nur 12-jähriger Regierungszeit exkommuniziert, also von der Kirche ausgeschlossen, im Alter von nur 38 Jahren. In die Geschichte ging er ein als „Afonso II. der „Dicke“ oder auch als „Gesetzgeberkönig“ (Dom Afonso o Gordo ou o Rei Legislador). Er hinterließ 5 eheliche Kinder, 2 Uneheliche und ein riesengroßes Chaos.
der als 4. König aus dem Hause Burgund 1223 im Altern von 16 Jahren sein Amt übernahm, versuchte zunächst, mit der Kirche in ruhigeres Fahrwasser zu gelangen und sich möglichst zu arrangieren. Er holte den Bischof von Braga wieder nach Portugal zurück und zahlte ihm hohe Entschädigungen. 
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