John Abrams - Coronavirus (Den usynlige morder)

SARS-CoV-2 tilhører den brede familie af virus kendt som coronaviruses. Det er en positiv-sense enkelt-strandede RNA (+srna)virus. Andre coronaviruses er i stand til at forårsage sygdomme lige fra forkølelse common cold til mere alvorlige sygdomme som Mellemøsten luftvejssyndrom (MERS). Det er den syvende kendte coronavirus at inficere mennesker, efter 229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, og den oprindeligeSARS-CoV. [57]

Ligesom sars-relaterede coronavirus stamme impliceret i 2003 SARS udbruddet, SARS-CoV-2 er medlem af subgenus Sarbecovirus (beta-CoV afstamning B). [58][59]Dens RNA-sekvens er ca. 30.000 baser i længden. SARS-CoV-2 er unik blandt kendte betacoronavirus i dets inkorporering af et polybasic spaltningssted, en egenskab, der er kendt for at øge patogenicitet og overførbarhed i andre vira. [60][61]

Med et tilstrækkeligt antal sekvenserede genomerer det muligt at rekonstruere et fylogenetisk træ af mutationshistorien for en virusfamilie. januar 2020 var fem genomer af SARS-CoV-2 blevet isoleret fra Wuhan og rapporteret af det kinesiske Center for Disease Control and Prevention (CCDC) og andre institutioner; [62]antallet af genomer steg til 42 i 2020. [63]En fylogenetisk analyse af disse prøver viste, at de var "meget beslægtede med højst syv mutationer i forhold til en fælles forfader",hvilket antyder, at den første infektion hos mennesker fandt sted i november eller december 2019. marts2020 var 1.495 SARS-CoV-2-genomer, der blev udtaget prøver af på seks kontinenter, offentligt tilgængelige. [64]

februar 2020 meddelte Den Internationale Komité for Taksonomi af Vira (ICTV), at ifølge de eksisterende regler, der beregner hierarkiske relationer mellem coronaviruses på grundlag af fem bevarede sekvenser af nukleinsyrer, varforskellene mellem det, der dengang blev kaldt 2019-nCoV, og virusstammen fra SARS-udbruddet i 2003 utilstrækkelige til at gøre dem til separate virusarter. Derfor identificerede de 2019-nCoV som en stamme af svær akut respiratorisk syndrom-relateret coronavirus.. [2]

Genomisk organisering af isolerewuhan-Hu-1, den tidligste sekvenserede prøve af SARS-CoV-2
NCBI-genom-id	MN908947
Genomstørrelse	29.903 baser
Afslutningsår	2020

STRUKTUREL BIOLOGI

Hver SARS-CoV-2 virion er ca. 50-200 nanometer i diameter. Ligesom andre coronaviruses har SARS-CoV-2 fire strukturelle proteiner, kendt som S (spike), E (kuvert), M (membran) og N (nukleocapsid)proteiner; N-proteinet holder RNA-genomet, og S-, E- og M-proteinerne skaber sammen den virale kuvert.. [65]Spike-proteinet, som er blevet afbildet på atomniveau ved hjælp af kryogen elektronmikroskopi, [66][67]er det protein, der er ansvarligt for at lade virussen binde sig til og smelte med membranen i membrane en værtscelle.

––––––––

STRUKTUREN AF EN SARSR-CoV virion

––––––––

SARS-COV-2 SPIKE HOMOTRIMER med en protein underenhed fremhævet; ACE2 bindingsdomænet er i magenta

Proteinmodelleringsforsøg på viruss spikeprotein antydede hurtigt, at SARS-CoV-2 har tilstrækkelig affinitet til receptorangiotensin, der konverterer enzym 2 (ACE2) på humane celler for at bruge dem som en mekanisme for celleindgang.. januar2020 viste en gruppe i Kina, der arbejder med det fulde virusgenom og en gruppe i USA ved hjælp af omvendte genetikmetoder uafhængigt og eksperimentelt, at ACE2 kunne fungere som receptor for SARS-CoV-2. [69][70][71]Undersøgelser har vist, at SARS-CoV-2 har en højere affinitet til human ACE2 end den oprindelige SARS-virusstamme. [66][72]SARS-CoV-2 kan også bruge basigin til at hjælpe med celleindførsnekstning. [73]

Digitalt farveiserede elektronmikrografer af SARS-CoV-2 virioner (gul), der kommer ud af humane celler dyrket i et laboratorium

INDLEDENDE SPIKE PROTEIN priming ved transmembrane protease, serin 2 (TMPRSS2) er afgørende for indrejse af SARS-CoV-2. Efter en SARS-CoV-2 virion tillægger et mål celle, cellens protease TMPRSS2 nedskæringer åbne spike protein af virus, udsætter en fusion peptid. Virionen frigiver derefter RNA i cellen, hvilket tvinger cellen til at producere kopier af den virus, der dissemineres for at inficere flere celler. [74] [bedre kilde nødvendig ]SARS-CoV-2 producerer mindst tre virulensfaktorer, der fremmer udgydelse af nye virioner fra værtsceller og hæmmer immunforsvaret.. [65]

Epidemiologi

––––––––

BASERET PÅ DEN LAVE variation udstillet blandt kendte SARS-CoV-2 genomiske sekvenser, menes stammen at være blevet opdaget af sundhedsmyndighederne få uger efter dens opståen blandt den menneskelige befolkning i slutningen af 2019. Det tidligste tilfælde af infektion, der i øjeblikket kendes, menes at være fundet den 17. [76]Virussen spredte sig efterfølgende til alle provinser i Kina og til mere end 150 andre lande i Asien, Europa, Nordamerika, Sydamerika, Afrika og Oceanien. [77]Overførsel af virus fra menneske til menneske er blevet bekræftet i alle disse regioner. januar2020 blev SARS-CoV-2 udpeget som en international folkesundhedskrise af pandemic WHO,[9][79]og WHO erklærede den 11. . [80]

MIKROGRAF AF SARS-COV-2 virions (rød) isoleret fra en patient under koronatoriet 2019-20

Det grundlæggende reproduktionsnummer ( R 0 R0) af virussen er blevet anslået til mellem 1,4 og 3,9. Det betyder, at hver infektion fra virus forventes at resultere i 1.4 til 3.9 nye infektioner, når ingen medlemmer af samfundet er immune og ingen forebyggende foranstaltninger er truffet. Reproduktionsnummeret kan være højere under tætbefolkede forhold som dem , der findes på krydstogtskibe. [83]Mange former for forebyggende indsats kan anvendes under særlige omstændigheder for at reducere spredningen af virus.

Der har været omkring 82.000 bekræftede tilfælde af infektion på det kinesiske fastland. [77]Mens andelen af infektioner, der resulterer i bekræftede tilfælde eller fremskridt til diagnosticeres sygdom er fortsat uklart, [84]en matematisk model anslået, at den 25 Januar 75,815 mennesker blev smittet i Wuhan alene, på et tidspunkt, hvor antallet af bekræftede tilfælde på verdensplan var kun 2.015. [85][86]Før 24 Februar, over 95% af alle dødsfald som følge af COVID-19 på verdensplan havde fundet sted i Hubei-provinsen, hvor Wuhan er placeret. [87][88]Pr. 7. [77]

april 2020 har der været 1.407.123 bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2-infektion i den igangværende pandemi. [77]Det samlede antal dødsfald, der tilskrives virussen, er 81.103. [77]Der er 298.352 mennesker, der er kommet sig efter bekræftede infektioner, hvilket betyder, at der er 1.027.668 aktive tilfælde. [77]