Die von Menschen explizit geschaffenen Zeichen bringen die Welt der Sprache, der Schrift und der Informationen hervor und bilden die Grundlage für die zwischenmenschliche Kommunikation und ebenso für die Anwendung des Computers. Ihr Charakteristikum ist, dass sie auf unterschiedlichen Substraten dargestellt werden können, wie Papier oder elektronisch im Computer und auf dem Bildschirm, weil ihr Zweck davon unabhängig ist. Daraus folgt die irrtümliche Theorie, dass auch die Funktionen des Gehirns auf unterschiedlichen Substraten oder Maschinen realisiert werden könnten, wie sie von verschiedenen Kognitionswissenschaftlern vertreten wird. Irrtümlich ist die Theorie deshalb, weil die impliziten Zeichen der Wahrnehmung von ihrem Substrat abhängig sind, d.h. also von den physiologischen Gegebenheiten des Nervensystems. Somit können sie nicht auf andere Substrate übertragen werden ohne ihre Identität zu verlieren. Es ist selbstverständlich, dass die expliziten Zeichen so gestaltet sein müssen, dass sie wahrnehmbar und identifizierbar sind, analog den impliziten Zeichen, denn beide Zeichenformen unterliegen gleichermaßen den Eigenschaften und Möglichkeiten der Sinnesorgane.
Jedes Zeichen kann mehrere Bedeutungen haben, das heißt, es kann verschiedene Beziehungen zu verschiedenen anderen Zeichen eingehen, die zueinander nicht bedeutungskompatibel sind. Der Grund dafür sind gemeinsame Teileigenschaften oder Teilfunktionen, aus denen sich in einem sich verändernden kulturellen Milieu unterschiedliche Bedeutungen entwickelt haben oder indem neuartige Funktionen ohne eigenes Zeichen einem bereits verfügbaren Zeichen zugeordnet werden. Man nennt dies Polysemie oder auch Homonymie oder man sagt, das Zeichen gehört verschiedenen semantischen Feldern an. Auf einer Bank kann man sitzen oder Geldgeschäfte tätigen, aber nicht beides gleichermaßen; beiden gemeinsam ist die Teilfunktion der Lagerung als Motiv der Mehrfachbedeutung, die auf den Ursprung der Geldgeschäfte an Tischen in den Straßen von Venedig zurückgeht. Die Objektivität begrifflicher Bedeutungen ist daher eine Grundvoraussetzung für die Objektivität wissenschaftlicher Aussagen und Theorien.
Eine Menge von Zeichen als Alphabet und zugehörige Regeln zur Kombination der Zeichen, die dazu dienen, einen begrenzten Ausschnitt der Wirklichkeit zweckmäßig zu beschreiben, zu repräsentieren oder abzubilden, wird als Kode bezeichnet. Kodierung ist die Übersetzung von einem Zeichensystem in ein anderes, wobei die wesentliche Bedeutung erhalten bleiben soll, aber die Form und häufig auch der Zeichenträger verändert wird; oftmals ist das sogar der Zweck der Kodierung oder Transkodierung zur Darstellung, Speicherung und Übertragung der Zeicheninhalte mittels verschiedener physischer Medien. Nichts anderes machen biologische und technische Sensoren. Die Zeichen in der physischen Form werden als Signale bezeichnet. Kodierung kann also sowohl auf der logischen Ebene zwischen Zeichen verschiedener Alphabete als Transkodierung wie zwischen logischen Zeichen und physischen Signalen, als auch zwischen verschiedenen physischen Signalen stattfinden. Kodierung kann auch als regelhafte Darstellung von Bedeutung in einem spezifischen Substrat verstanden werden. Die wahrgenommene Welt ist bereits ein Kode, der durch die physiologische Funktionsweise der Sinnesorgane vorgegeben ist. Das Nervensystem ist ein Signalsystem.
Jede Information, unabhängig von ihrer Bedeutung, ist also bereits kodiert. Das Kodierungssystem Sprache gründet auf dem endlichen Alphabet der Buchstaben und einer großen Menge von Kodewörtern, die im Verlauf der kulturellen Evolution gebildet wurden. Eine Grammatik erlaubt die Kombination der Kodewörter zu einer unendlichen Vielfalt von Sätzen als Informationen, so dass die unendliche Vielfalt der Welt erschöpfend kodiert werden kann. Dieses Kodierungssystem bietet die nötige Flexibilität, um jederzeit neue Kodewörter zu bilden und den Möglichkeiten und Notwendigkeiten der Erkenntnis und ihrer beständigen Verwandlungen Rechnung zu tragen. Da die Sinnesorgane aller Individuen auf Gund ihrer biologischen Komplexität nicht absolut gleichförmig sind und durch Krankheit und Alterung sich verändern können, ist auch die Kodierung nicht absolut gleich und unveränderlich. Einander sehr ähnliche Zeichen können dann nicht mehr ausreichend oder eindeutig unterschieden werden.
In der Sprache der Semiotik ausgedrückt ist das Signifikat oder die Referenz eines Zeichens - auch das Interpretans in der semiotischen Triade nach C.S.Peirce (1839-1914) - selber wieder ein Zeichen, also auch ein Signifikans. Die Zeichenformen können sich in ihrem Typus unterscheiden - Index, Icon oder Symbol nach Peirce - und in ihrer Bedeutung durch ihre jeweiligen Beziehungen zu anderen Zeichen. Die Zeichnung eines "Weihnachtsbaums" als Signifikans verweist beim Empfänger der Botschaft auf die bildliche Vorstellung von einem Tannenbaum im Wohnzimmer mit Lichterkette, Lametta und Geschenken als Signifikat. Vielmehr jedoch ist zu unterscheiden zwischen Zeichen, die mittelbar auf andere Zeichen verweisen wie das Sprach- oder Schriftzeichen "Weihnachtsbaum", und unmittelbaren Zeichen, also solchen, die von den Sinnesorganen und den körperlichen Empfindungen unmittelbar selber erzeugt werden wie der Anblick eines Weihnachtsbaums als sogenannte Referenten. Die mittelbaren Zeichen ermöglichen die vielfältige Zergliederung und Rekombination der Lebenswelt als Abstraktion, somit die adäquate, reintegrative Repräsentation der Dynamik ihrer Veränderungen durch Unterscheidung von Varianten und Invarianten oder Individuen und Universalien, zum Beispiel die im Namen erhaltene Identität einer Person über die Entwicklung vom Baby zum Erwachsenen. Universalien sind Zeichen für gemeinsame, invariante Eigenschaften oder Merkmale einer Menge von Individuen; sie sind nicht Zeichen für reale Objekte.
Mittelbare Zeichen können augenscheinlich nicht nur über mehrere, letztlich unendlich viele Beziehungsschritte verweisen, bezeichnet als "unendliche Semiose", sondern obendrein Mengen von Zeichen mit bestimmten Beziehungen zueinander zu einem einzigen wirkmächtigen Zeichen aggregieren, wie z.B. "Auto" oder gar das allumfassende "Universum". Die Funktion der Aggregation dient der Ökonomie des Denkens und hat ungeheure Bedeutung für die geistigen Fähigkeiten des Menschen zur Strukturierung seiner Lebenswelt. Digitalcomputer dagegen sind zur Aggregation nicht fähig, sie bleiben immer auf der Bitebene. Um an die Information des aggregierten Zeichens zu gelangen, muss es allerdings stufenweise wieder in seine Bestandteile aufgelöst werden als Disaggregation oder Segregation, z.B. "rotes, kleines Auto mit Fließheck, Schiebedach, zwei Türen" bis zu den Bauteilen im Falle einer Reparatur.
Die Kognition ist ein nach außen abgeschlossenes System, das sich nur mit seinen Zeichen beschäftigt. Es gibt keinen Zugang zur Außenwelt, außer den durch Lernen und Erfahrung gewonnenen Zusammenhang und die Koinzidenz zwischen den Zeichen der verschiedenen Sinnesorgane - in der Gemeinsamkeit von betasten, hören und sehen insbesondere - sowie den Zugang über den angeborenen und den erlernten, physiologisch bestimmten, daher nur schwerlich veränderbaren Zusammenhang zwischen den Zeichen und den motorischen und sekretorischen Signalen des Gehirns, deren Auswirkungen selber wiederum als Zeichen sinnlich wahrnehmbar sind. Daraus folgt, dass Wahrnehmung und Geist sinnlichen Fehlfunktionen, Täuschungen, Illusionen und Halluzinationen ausgesetzt sind, die reflexiv nicht ohne weiteres als solche erkennbar sind und in Einzelfällen medizinische oder psychotherapeutische Maßnahmen notwendig machen können.
Der Physiker Moritz Schlick (1882-1936) hat das Dilemma der rogorosen Trennung von innen und außen in seiner Allgemeinen Erkenntnislehre beschrieben:
"Ein mit Hilfe impliziter Definition geschaffenes Gefüge von Wahrheiten ruht nirgends auf dem Grunde der Wirklichkeit, sondern schwebt gleichsam frei, wie das Sonnensystem die Gewähr seiner Stabilität in sich selber tragend. Keiner der darin auftretenden Begriffe bezeichnet in der Theorie ein Wirkliches, sondern sie bezeichnen sich gegenseitig in der Weise, dass die Bedeutung des einen Begriffs in einer bestimmten Konstellation einer Anzahl der übrigen besteht."
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