Do 335V5 свой первый полет совершил в феврале 1944 года, после чего его передали в исследовательский центр в Тарневице. Тут провели первые пробные стрельбы. К сожалению, неустойчивость самолета снова дала о себе знать, и испытания закончились полным провалом. На любых скоростях, самолет так и не смог поразить цель. Это поставило крест на карьере самолета как истребителя, по крайней мере, до тех пор, пока проблему не удалось бы разрешить. Несмотря на это, в феврале был уточнен план, согласно которому серийный выпуск Do 335 предполагалось начать на фирме Luther Jordan в Брунсвике. Однако, из-за перегрузки фирмы другими заказами и затягиванием с доводкой прототипов, план остался невыполненным. 30 сентября 1944 года Do 335V5 передали в Рехлин, потом вернули в Менген, где он летал в составе Erprobungskommando 335 (Ekdo 335).
25 марта 1944 года в воздух поднялся следующий прототип - Do 335V6 (CP+UF, W.Nr. 230006), предназначенный для испытаний оборудования. На этом прототипе испытывался, в частности, радиоальтиметр FuG 101. Полеты на шестом прототипе проводил Альтрогге. Вероятно (хотя точной информации нет), V6 был дублером V7 в программе испытаний двигателя Jumo 213, проводившихся летом 1944 года на фирме Junkers в Дессау.
До этого времени испытания прототипов проходили без серьезных проблем. Единственным серьезным недостатком была недостаточность системы охлаждения заднего двигателя. 15 апреля (в литературе также сообщаются даты 14 и 16 апреля) Дорнье потерял один прототип и пилота. Во время полета на малой высоте у Do 335V2 загорелся задний двигатель. Огонь, по-видимому, повредил тяги рулей, и неуправляемый самолет рухнул на склад снарядов зенитной артиллерии в районе Меммингена. Пилот Вернер Альтрогге не сумел покинуть самолет и погиб под его обломками. По правде говоря, ни о каких обломках и речи не было. Взрыв склада боеприпасов развеял тело пилота и самолет в мелкую пыль. Место погибшего летчика занял флюгкапитан Карл-Хайнц Аппель. Причину катастрофы точно определить не удалось, поскольку отсутствовали хоть какие-нибудь материальные свидетельства.
Следующий прототип - Do 335V7 (CP+UG, W.Nr. 230007) - был готов в мае 1944 года. Его облетали 19 мая, после чего передали на предприятие Junkers в Дессау. Там самолет должны были подготовить к установке двигателей Jumo 213, по характеристикам похожие на DB 603. Скорее всего, V7 ни разу не поднимался в воздух с двигателями Jumo 213, а в январе 1945 года машину вернули Дорнье. Известен один послевоенный снимок этого самолета - разбитая машина, брошенная на опушке леса (правда, на фото можно разглядеть только второстепенные детали конструкции). Передний мотор оторван и валяется на боку перед самолетом. Фотография очень низкого качества, невозможно точно определить тип заднего двигателя. Передний, оторванный двигатель по мнению специалистов - стандартный DB 603. Скорее всего, вернувшись на родной завод, самолет получил «родные» двигатели. Правда, есть предположение, что Юнкере заменил только задний мотор. В этом случае у прототипа воздухозаборники обоих двигателей должны находиться на одном, правом борту. Объединение двух разных двигателей в одном фюзеляже было возможно, так как оба мотора работали на бензине В4 с октановым числом 87. На серийных самолетах, конечно, предполагалось ставить двигатели одного типа. Но другие подробности проекта навсегда останутся тайной.
Следующим прототипом стал Do 335V8 (CP+UH, W.Nr. 230008), который предполагалось передать на фирму Daimler-Benz. Там на машину должны были поставить моторы DB 603E (или LA). Установка новых двигателей влекла за собой переделку капотов, а также ряд других переделок, в том числе укороченные воздухозаборники для турбонаддува. В октябре 1944 года в Менгене прототип совершил пробный полет на большой высоте, а с февраля испытания 8-го «ферзуха» проводили в Рехлине.
Do 355V9 (CP+UI, W.Nr. 230009) был последним прототипом перед началом серийного производства. От своих предшественников самолет отличался усиленным шасси, а также рядом усиленных деталей внутренней конструкции. Кроме того, в конструкции самолета учли опыт испытаний предыдущих прототипов.
Девятый прототип служил образцом для модификации истребителя-бомбардировщика Do 335A-0/A-1. Первый полет Do 335V9 совершил 29 июня 1944 года. Управлял самолетом Квенцлер. Самолет был вооружен пушкой МК 103 с боекомплектом 70 выстрелов. Пушка стреляла через вал винта. Кроме того, над двигателем стояли два 15-мм пулемета MG 151с боекомплектом 200 выстрелов на ствол. Испытания вооружения прошли в июле 1944 года. На V9 стояли 12-цилиндровые рядные двигатели DB 603A-2 с перевернутым V-образным блоком цилиндров.
Читать дальше