д. Для каких деревьев работают молекулярные часы?
5.1.2. а. Нарисуйте единственное топологически уникальное некорневое раздвоенное дерево, которое могло бы описать связь между 3 таксонами.
б. Нарисуйте три топологически различных корневых раздвоенных дерева, которые могли бы описать связь между 3 таксонами.
5.1.3. а. Нарисуйте все 3 топологически различных некорневых раздвоенных деревьев, которые могли бы описать связь между 4 таксонами.
б. Нарисуйте все 15 топологически различных корневых раздвоенных деревьев, которые могли бы описать связь между 4 таксонами.
5.1.4. Для
терминальных таксонов количество некорневых раздвоенных деревьев можно найти как
. Составьте таблицу значений и отобразите эту функцию для
.
5.1.5. Для
терминальных таксонов количество корневых раздвоенных деревьев равно значению
. Составьте таблицу значений и отобразите эту функцию для
.
5.1.6. В этой задаче рассмотрим рассуждения, лежащие в основе формул для числа топологически различных деревьев, корневых и некорневых.
а. Предположим известно, что некорневое дерево с
концевыми вершинами состоит из
ребер. Объясните, почему некорневое дерево с
концевыми вершинами будет иметь
ребра. Подсказка: подумайте о том, как добавление еще одной конечной вершины в существующее дерево влияет на количество ребер.
б. Поскольку некорневое дерево с 2 концевыми вершинами имеет 1 ребро, объясните из пункта (а), почему некорневое дерево с
концевыми вершинами будет иметь
ребра.
в. Предположим известно, что существует
некорневых деревьев с
концевыми вершинами. Объясните, почему существует
некорневых деревьев с
концевой вершиной. Подсказка: подумайте, сколькими различными способами можно добавить еще одну конечную вершину к существующему дереву.
г. Поскольку существует только 1 некорневое дерево с 2 концевыми вершинами, объясните используя пункт (c), почему существует
некорневых деревьев с
концевыми вершинами при
.
д. Объясните, почему
.
е. Почему число корневых деревьев с
концевыми вершинами такое же, как число некорневых деревьев с
концевыми вершинами?
ж. Сделайте вывод о правильности формул в задачах 5.1.4 и 5.1.5.
5.1.7. Поскольку митохондриальная ДНК у человека наследуется исключительно от матери, она может быть использована для структуры, относящейся к любому количеству людей из разных этнических групп, предполагая, что все люди произошли от одной первой человеческой самки. В зависимости от модели кластеризации этнических групп, это может дать представление о физическом местоположении той женщины, которую иногда называют митохондриальной Евой.
Читать дальше