Humboldt begann, sofort wieder nach Möglichkeiten auszuspähen, um aus Europa herauszukommen. Da reiste der schwedische Konsul Skjöldebrand durch Paris. Er wollte sich in Marseille nach Algier einschiffen, um dem Dei Geschenke seiner Regierung zu überbringen. Der Dei aber pflegte alle Jahre einmal eine Barke nach Tunis zu senden, um die Mekka-Pilger nach Alexandrien zu bringen. So entstand Alexanders Plan, auf dem Landwege oder mit dem erwähnten Schiff der Küste Nordafrikas entlang nach Ägypten vorzudringen, um sich mit der dortigen französischen Expedition zu vereinigen. – Napoleon hatte damals auch den deutschen Reisenden Friedrich Hornemann in Ägypten mit Auszeichnung behandelt. Humboldt hatte sich verschiedene Möglichkeiten ausgedacht, darunter auch diese: Er wollte den Winter in Algier und im Atlas mit Hochgebirgsforschungen zubringen. Desfontaines vermutete dort noch 400 neue Pflanzenarten. Von da wollte er dann auf dem Landwege mit der Mekka-Karawane der Küste entlang über Tunis und Tripolis zu Napoleon stoßen.
Am 20. Oktober 1798 verließen Humboldt und Bonpland Paris. Der Abschied fiel ihnen nicht leicht, besonders nicht von Baudin, der die Trennung »eine aufgelöste Ehe« nannte und damit verriet, wie fest er mit beiden Forschern gerechnet hatte. 197Am 24. Oktober waren sie in Lyon und erreichten am 27. abends Marseille, eine Stadt, die eng mit den französischen Reisebestrebungen verbunden war; auch hier gab es eine »Afrikanische Gesellschaft«, die allerdings schlummerte und 1802 reorganisiert werden musste. Zwei Monate wurde Alexander in Marseille festgehalten. Schon meldeten sich die ersten Zweifel, denen aber kein Spielraum blieb, da Humboldt und Bonpland mehrere Instrumente erprobten, Pflanzen, Krebse und Muscheln sammelten und magnetische, meteorologische und astronomische Beobachtungen anstellten. Alexander stellte die Inklination der Magnetnadel in Marseille fest, verglich das Ergebnis mit dem Wert, den er in Paris erhalten hatte, und teilte die Resultate v. Zach mit. Monsieur Thulis, der Direktor der dortigen Sternwarte, der einst Kaufmann in Kairo gewesen war, unterstützte sie.
Am 10. November 1798 besuchten sie Toulon, wo sie den botanischen Garten besichtigten und am folgenden Tag wehmutsvoll Bougainvilles Fregatte »La Boudeuse« vor Anker liegen sahen. Sie kletterten an Deck, wo die Mannschaft arbeitete, um das Schiff segelfertig zu machen. Als Humboldt in die Kajüte hinabstieg, fiel ihm »Baudins Reise schwer auf die Seele«. »Ich lag wol an zehn Minuten lang im Fenster und sah auf den hellen Spiegel«, vertraute er seinem Tagebuch an. »Endlich vermißte man mich, aber ich hätte weinen mögen, als ich an die gescheiterten Pläne dachte.« 198Eine kurze Reise nach den Hyèren, einer Inselgruppe an der französischen Mittelmeerküste, stimmte ihn wieder etwas versöhnlicher. »Die goldenen Äpfel«, die dort »zu hunderten an den Zwergbäumen hingen« 199, der Unternehmungsgeist, den eine kurze Seereise einflößen musste, hatten in ihm wieder einige Hoffnungen erweckt, als sie am 13. November 1798 nach Marseille zurückkehrten.
Ende Dezember wurde es zur Gewissheit, dass die schwedische Fregatte »Jaramas« (= Jeremias) an der portugiesischen Küste schiffbrüchig geworden war und im Hafen von Cadix überwintern musste. So musste die Reise längs der nordafrikanischen Küste aufgegeben werden. Auch der Plan, auf dieser Route in etwa acht Monaten »die Stärke der magnetischen Kraft von der Meerenge von Gibraltar bis zur Landenge von Suez« zu messen 200, war damit gescheitert. Die Resultate wären besonders bemerkenswert gewesen, weil die ägyptische Expedition Napoleons und Humboldt mit Instrumenten ein und derselben Herkunft ausgerüstet waren. – Alexander mietete nun selbst ein Schiff, das sie nach Tunis bringen sollte. Doch man verweigerte ihm in Marseille die Pässe, weil Nachrichten von Franzosenverfolgungen nach Europa gedrungen waren. Der Dei wollte die Mekka-Karawane nicht nach dem von Christen »verunreinigten« Ägypten ziehen lassen.
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