Computation in BioInformatics
Здесь есть возможность читать онлайн «Computation in BioInformatics» — ознакомительный отрывок электронной книги совершенно бесплатно, а после прочтения отрывка купить полную версию. В некоторых случаях можно слушать аудио, скачать через торрент в формате fb2 и присутствует краткое содержание. Жанр: unrecognised, на английском языке. Описание произведения, (предисловие) а так же отзывы посетителей доступны на портале библиотеки ЛибКат.
- Название:Computation in BioInformatics
- Автор:
- Жанр:
- Год:неизвестен
- ISBN:нет данных
- Рейтинг книги:4 / 5. Голосов: 1
-
Избранное:Добавить в избранное
- Отзывы:
-
Ваша оценка:
- 80
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
Computation in BioInformatics: краткое содержание, описание и аннотация
Предлагаем к чтению аннотацию, описание, краткое содержание или предисловие (зависит от того, что написал сам автор книги «Computation in BioInformatics»). Если вы не нашли необходимую информацию о книге — напишите в комментариях, мы постараемся отыскать её.
Computation in BioInformatics — читать онлайн ознакомительный отрывок
Ниже представлен текст книги, разбитый по страницам. Система сохранения места последней прочитанной страницы, позволяет с удобством читать онлайн бесплатно книгу «Computation in BioInformatics», без необходимости каждый раз заново искать на чём Вы остановились. Поставьте закладку, и сможете в любой момент перейти на страницу, на которой закончили чтение.
Интервал:
Закладка:
8. Leach, A.R. and Harren, J., Structure-Based Drug Discovery , Springer, Berlin, 2007.
9. Hughes, J.P., Rees, S., Kalindjian, S.B., Philpott, K.L., Principles of early drug discovery. Br. J. Pharmacol ., 162, 6, 1239–1249, 2011.
10. Dutta, S., Burkhardt, K., Young, J., Swaminathan, G.J., Matsuura, T., Henrick, K., Nakamura, H., Berman, H.M., Data deposition and annotation at the worldwide protein data bank. Mol. Biotechnol ., 42, 1, 1–13, 2009.
11. Gfeller, D., Grosdidier, A., Wirth, M., Daina, A., Michielin, O., Zoete, V., SwissTargetPrediction: a web server for target prediction of bioactive small molecules. Nucleic Acids Res ., 42, Web Server issue, W32–8, 2014.
12. Porollo, J.M., Prediction-based Fingerprints of Protein-Protein Interactions. Proteins: Struct. Funct. Bioinf ., 66, 630–45, 2007.
13. Andrew Binkowski, T., Naghibzadeh, S., Liang, J., CASTp: Computed Atlas of Surface Topography of proteins. Nucleic Acids Res ., 1, 31, 13, 3352–3355, 2007.
14. Wass, M.N., Kelley, L.A., Sternberg, M.J.E., 3DLigandSite: predicting ligand-binding sites using similar structures. Nucleic Acids Res ., Jul 1, 38, Web Server issue, W469–W473, 2010.
15. Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H., Bourne, P.E., The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res ., 28, 235–242, 2000.
16. Ramachandran, K.I., Deepa, G., Namboori, K., Computational Chemistry and Molecular Modeling Principles and Applications , Springer-Verlag GmbH, Berlin, 2008.
17. Cavasotto, C.N. and Phatak, S.S., Homology modeling in drug discovery: current trends and applications. Drug Discovery Today , 676–683, 2009.
18. Malcolm, J.M., Zhaowen, L., Xuliang, J., Virtual screening in drug discovery, in: Drug Discovery Research. New Frontiers in the Post-Genomic Era , pp. 63–88, 2007.
19. Kim, S., Thiessen, P.A., Bolton, E.E., Chen, J., Fu, G., Gindulyte, A., Bryant, S.H., PubChem substance and compound databases. Nucleic Acids Res ., 44, D1202–1213, 2016.
20. Eswar, N., Marti-Renom, M.A., Webb, B., Madhusudhan, M.S., Eramian, D. et al ., Comparative Protein Structure Modeling with MODELLER. Curr. Protoc. Bioinf ., 15, 5.6.1–5.6.30, 2006.
21. Lin, J., Okada, K., Raytchev, M., Smith, M.C., Nicastro, D., Structural mechanism of the dynein power stroke. Nat. Cell Biol ., 16, 479–485, 2014.
22. Johansson, M.U., Zoete, V., Michielin, O., Guex, N., Defining and searching for structural motifs using DeepView/Swiss-PdbViewer. BMC Bioinf ., 13, 173, 2012.
23. Combet, C., Jambon, M., Deléage, G., Geourjon, C., Geno3D: automatic comparative molecular modelling of protein. Bioinformatics , 18, 213–214, 2002.
24. Schwede, T., Kopp, J., Guex, N., Peitsch, M.C., SWISS-MODEL: an automated protein homology-modeling server. Nucleic Acids Res ., 31, 13, 3381–3385, 2003.
25. Winn, M.D., Ballard, C.C., Cowtan, K.D., Dodson, E.J., Emsley, P. et al ., Overview of the CCP4 suite and current developments. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr ., 67, 235–242, 2011.
26. Qureshi, R.H. and Noman, B., SZABIST., Is Abalone, Bio designer and Fold it, the best software for Protein Structure Prediction of AIDS Virus? J. Indep. Stud. Res. – Comput ., 9, 2, 36–43, 2011.
27. Rackers, J.A., Wang, Z., Lu, C., Laury, M.L., Lagardère, L., Schnieders, M.J., Schnieders, M.J., Tinker 8: Software Tools for Molecular Design. J. Chem. Theory Comput ., 14, 10, 5273–5289, 2018.
28. Eswar, N., Webb, B., Marti-Renom, M.A., Madhusudhan, M.S., Eramian, D., Shen, M.-y., Pieper, U., Sali, A., Comparative Protein Structure Modeling Using Modeller. Curr. Protoc. Bioinf ., 15, 1, 5.6.1–5.6.30, 2006.
29. Kaplan, W. and Littlejohn, T.G., Swiss-PDB Viewer (Deep View). Brief Bioinform ., 2, 2, 195–7, 2001.
30. Rester, U., From virtuality to reality - Virtual screening in lead discovery and lead optimization: a medicinal chemistry perspective. Curr. Opin. Drug Discovery Devel ., 11, 559–568, 2008.
31. Walters, W.P., Stahl, M.T., Murcko, M.A., Virtual screening – an overview. Drug Discovery Today , 3, 160–178, 1998.
32. Laurie, A.T. and Jackson, R.M., Q-SiteFinder: An energy-based method for the prediction of protein-ligand binding sites. Bioinformatics , 21, 1908–1916, 2005.
33. Malathi, K., Anbarasu, A., Ramaiah, S., Ethyl Iso-allocholate from a medicinal rice karungkavuni inhibits dihydropteroate synthase in escherichia coli: A molecular docking and dynamics study. Indian J. Pharm. Sci ., 78, 780–788, 2016.
34. Forli, S., Huey, R., Pique, M.E., Sanner, M., Goodsell, D.S., Olson, A.J., Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite. Nat. Protoc ., 11, 5, 905–919, 2016.
35. Hart, T.N. and Read, R.J., A multiple-start Monte Carlo docking method. Proteins , 13, 206–22, 1992.
36. Hart, T.N., Ness, S.R., Read, R.J., Critical evaluation of the research docking program for the CASP2 challenge. Proteins , Suppl 1, 29, 205–9, 1997.
37. Pagadala, N.S., Syed, K., Tuszynski, J., Software for molecular docking: a review. Biophys. Rev ., 9, 2, 91–102, 2017.
38. Bikadi, Z. and Hazai, E., Application of the PM6 semi-empirical method to modeling proteins enhances docking accuracy of AutoDock. J. Cheminform ., 1, 15, 2009.
39. Grosdidier, A., Zoete, V., Michielin, O., SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS. Nucleic Acids Res ., 39, Web Server issue, W270–W277, 2011.
40. Singh, K.D. and Muthusamy, K., Molecular modeling, quantum polarized ligand docking and structure-based 3D-QSAR analysis of the imidazole series as dual AT1 and ETA receptor antagonists. Acta Pharmacol. Sin ., 34, 12, 1592–1606, 2013.
41. Rizvi, S.M.D., Shakil, S., Haneef, M., A simple click by click protocol to perform docking: Autodock 4.2 made easy for non- Bioinformaticians. Excli J ., 12, 831–857, 2013.
42. Schuttelkopf, A.W. and van Aalten, D.M., PRODRG: A tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes. Acta Crystallogr. Sect. D: Biol. Crystallogr ., 60, 1355–1363, 2004.
43. Alder, B.J. and Wainwright, T.E., Studies in Molecular Dynamics. I. General Method. J. Chem. Phys ., 27, 1208, 1957.
44. Van der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A.E., Berendsen, H.J., GROMACS: Fast, flexible, and free. J. Comput. Chem ., 26, 1701–1718, 2005.
45. Gimenez, B.G., Santos, M.S., Ferrarini, M., Fernandes, J.P., Evaluation of blockbuster drugs under the rule-of-five. Pharmazie , 65, 148–152, 2010.
46. Cheng, F., Li, W., Zhou, Y., Shen, J., Wu, Z., Liu, G., Tang, Y., AdmetSAR: A comprehensive source and free tool for assessment of chemical ADMET properties. J. Chem. Inf. Model ., 52, 3099–3105, 2012.
47. Lagunin, A., Stepanchikova, A., Filimonov, D., Poroikov, V., PASS: Prediction of activity spectra for biologically active substances. Bioinformatics , 16, 747–748, 2000.
48. Mychaleckyj, J.C., Genome Mapping Statistics and Bioinformatics. Methods Mol. Biol ., 404, 461–488, 2007.
49. Senthilvel, P., Lavanya, P., Kalavathi Murugan, K., Swetha, R., Anitha, P. et al ., Flavonoid from Carica papaya inhibits NS2B-NS3 protease and prevents Dengue 2 viral assembly. Bioinformation , 9, 18, 889–895, 2013.
50. Kumar, K.M., Lavanya, P., Anbarasu, A., Ramaiah, S., Molecular dynamics and molecular docking studies on E166A point mutant, R274N/R276N double mutant, and E166A/R274N/R276N triple mutant forms of class A β-lactamases. J. Biomol. Struct. Dyn ., 32, 12, 1953–1968, 2014.
Читать дальшеИнтервал:
Закладка:
Похожие книги на «Computation in BioInformatics»
Представляем Вашему вниманию похожие книги на «Computation in BioInformatics» списком для выбора. Мы отобрали схожую по названию и смыслу литературу в надежде предоставить читателям больше вариантов отыскать новые, интересные, ещё непрочитанные произведения.
Обсуждение, отзывы о книге «Computation in BioInformatics» и просто собственные мнения читателей. Оставьте ваши комментарии, напишите, что Вы думаете о произведении, его смысле или главных героях. Укажите что конкретно понравилось, а что нет, и почему Вы так считаете.