Выпуск MS.406 окончательно завершили на заводе в Бужено в марте 1940 г. партией из 8 самолетов, изготовленных по контракту 1052/9, заключенному в мае предыдущего года. Они были оплачены частной организацией "Независимая касса национальной обороны". Заказ, размещенный в 1938 г. Литвой на 13 самолетов MS.406L, не был выполнен, хотя первый из них взлетел весной 1939 г. Он отличался от стандартного MS.406 только приборами и типом радиостанции. Французское правительство объявило эмбарго на экспорт и самолеты были модифицированы по образцу для французской авиации.
Хотя к 10 мая 1940 г. ВВС приняли 1074 MS.405 и MS.406, часть из них была разбита в авариях или находилась в длительном ремонте, 30 машин в декабре 1939 г. – январе 1940 г. поставили в Финляндию. 30 – в феврале-марте 1940 г. продали Турции, 135 базировались в Северной Африке, Ливане и Индокитае. Оставшиеся 815 находились в строевых и учебных частях, а также в консервации во Франции. Правительство Китая в начале 1938 г. разместило заказ на 12 MS.406, но по очевидным причинам постройка этих самолетов задержалась, а во время чехословацкого кризиса контракт был аннулирован и самолеты собрали по французскому образцу. Впоследствии соответствующее количество MS.406 взяли с французских складов и доставили морем в Хайфон для перевозки в Китай по железной дороге. Эти самолеты были в пути, когда объявили о начале войны. Один или два самолета видимо лишенных стандартной 20-мм пушки, могли достичь китайского Куньмина, но практически все (если не вообще все) были реквизированы генерал-губернатором Индокитая после начала войны для того, чтобы вооружить истребительную эскадрилью 2/596, сформированную в конце октября 1940 г. в Бач-Май.
В начале 1939 г. заказ на MS.406 также разместило польское правительство. Он включал поставки польским ВВС 160 самолетов, из них 50 – к концу августа 1939 г., а оставшиеся – партиями по 20 самолетов в месяц, В ожидании поставок была достигнута договоренность с румынским правительством о выгрузке истребителей в контейнерах в румынском порту Констанца. Затем MS.406 должны были собираться на близлежащем аэродроме или транспортироваться по железной дороге к польской границе, где будет организована сборочная мастерская. Примерно 10 августа во Львове была сформирована группа под командованием полковника Сташона, переброшенная впоследствии в приграничный город Снятии в ожидании прибытия MS.406. К 13 августа эта часть насчитывала примерно 200 летчиков и механиков.
Военный инженер Рымцевич был послан в Румынию для организации выгрузки упакованных истребителей в Констанце, но ситуация день ото дня менялась. Румынское правительство заявило, что допустит только выгрузку контейнеров, но не разрешит собирать истребители в Румынии. 15 августа грузовое судно с первой партией самолетов подошло к Босфору, но под давлением немцев румынское правительство категорически запретило выгрузку и судно было вынуждено вернуться во французский порт. Последовавшее быстрое продвижение вермахта в Польшу воспрепятствовало дальнейшим планам отправить MS.406 в Польшу.
Ранее были упомянуты различные попытки улучшить характеристики MS.406 путем установки более мощных моторов (MS.408 и MS.411), но конструкторы шли другими путями. Для того, чтобы увеличить сильно ограниченную перегоночную дальность истребителя, в декабре 1939 г. MS.406 № 1005 летал с двумя гладко прилегавшими вспомогательными баками по 148 л, которые увеличили дальность до 1500 км. Это оборудование было одобрено в январе 1940 г.; заказали 100 пар баков, некоторые из которых были использованы в 1941 г. для перегонки MS.406 в Ливан для усиления GCI/7. Этот же самый самолет использовался для летных испытаний более высоко расположенного горизонтального оперения, но эта модификация не была принята к серийному производству.
Конечно самой радикальной модификацией базового истребителя с мотором Испано-Сюиза 12Y31, является MS.410, отличавшийся измененной конструкцией крыла, обеспечивавшей установку двух пулеметов МАС1934 М39 в каждом крыле и неподвижным радиатором вместо втягивавшегося. В январе-феврале 1940 г. на MS.406 № 1028 поставили частично переделанное крыло с четырьмя пулеметами MAC 1934 М39 с лентами по 550 патронов вместо стандартного вооружения из двух пулеметов MAC 1934 с барабанами на 300 патронов. Пулеметы обогревались и была установлена усовершенствованная электропневматическая система управления оружием. Предусмотрели крепления для вспомогательных топливных баков. Выпуклость на передней кромке крыла (необходимую для размещения магазинов ранее стоявших пулеметов) ликвидировали.
Читать дальше