Заседания Комиссии далеко не всегда были безоблачными. Нередко возникали острые споры. Особенно бдительными в оценках деятельности собственного ведомства были работники КГБ. И все же атмосфера времени благоприятствовала принципиальным решениям. Но случались и непримиримые разногласия, например в отношении убийства Кирова. Записка по этому вопросу обсуждалась на Комиссии несколько раз, но согласие так и не было достигнуто. Я как председатель Комиссии отказался подписать подготовленный текст, с которым были согласны другие члены Комиссии. История с убийством Кирова требует дополнительного расследования. Свою точку зрения я подробно изложил в статье в газете «Правда» от 28 января 1991 года.
Августовский мятеж 1991 года и последовавшее за ним образование 15 независимых государств прервали процесс реабилитации. Осенью 1992 года я обратился к Президенту Ельцину с предложением о возобновлении реабилитации жертв политических репрессий — теперь уже в России. Просьба была поддержана. 2 декабря 1992 года президент издал Указ «Об образовании Комиссии при Президенте Российской Федерации по реабилитации жертв политических репрессий». Наконец-то Комиссия получила свободу действий на весь период советской власти. Надо сказать, что Борис Николаевич последовательно и постоянно поддерживал работу Комиссии, хорошо понимал эту проблему для российского общества.
Своим Указом Б. Ельцин возложил на Комиссию следующие задачи: координация деятельности федеральных органов исполнительной власти по реализации Закона Российской Федерации «О реабилитации жертв политических репрессий»; изучение, анализ и оценка масштабов и механизмов репрессий; подготовка и представление соответствующих материалов и предложений по вопросам реабилитации Президенту Российской Федерации; информирование общественности о масштабах и характере репрессий. Одновременно в целях всестороннего изучения истории массовых политических репрессий Президентом России был подписан Указ от 23 июня 1992 года № 658 «О снятии ограничительных грифов с законодательных и иных актов, служивших основанием для массовых репрессий и посягательств на права человека».
Иными словами, Комиссия получила широкое пространство для своей деятельности. В результате были изданы следующие Указы: «О событиях в г. Кронштадте весной 1921 года», восстановивший справедливость в отношении почти 20 тысяч невинных людей — жертв произвола и насилия власти еще при Ленине; «О восстановлении справедливости в отношении репрессированных в 20 — 30-е годы представителей якутского народа»; «О восстановлении законных прав российских граждан — бывших советских военнопленных и гражданских лиц, репатриированных в период Великой Отечественной войны и в послевоенный период»; «О мерах по реабилитации священнослужителей и верующих, ставших жертвами необоснованных репрессий»; «О крестьянских восстаниях 1918—1922 годов»; «О дополнительных мерах по реабилитации лиц, репрессированных в связи с участием в событиях в г. Новочеркасске в июне 1962 г.».
Комиссия проанализировала содержание и механизм репрессивной политики по отношению к представителям социалистических партий и анархистских организаций, проводившейся властью в целях утверждения и сохранения однопартийной системы в стране. Были исследованы проблемы, связанные с политическими репрессиями в период с 1917 по 1953 годы в отношении интеллектуальной элиты общества — творческой интеллигенции. Специалисты Комиссии изучили обстоятельства так называемого «дела» маршала Г.К. Жукова и пришли к заключению о полной несостоятельности обвинений, выдвинутых в 1957 году против полководца.
В канун 50-летия Победы над фашизмом, учитывая появившиеся тогда в зарубежной и отечественной прессе утверждения о якобы готовившемся нападении СССР на Германию, распоряжением Президента России от 28 февраля 1995 г. № Пр-319 Комиссии было поручено подготовить сборник, который позволил бы на основе документов, ранее недоступных исследователям, воссоздать объективную картину событий 1941 года. Итогом проделанной работы стал сборник в 2-х томах «1941 год», документы которого раскрывают преступную неготовность страны к отражению агрессии.
По поручению Президента России Б. Н. Ельцина от 3 марта 1998 г. № Пр-432 Комиссией изданы некоторые документы из архива Сталина, раскрывающие его роль в организации массовых репрессий в стране. Были тщательно изучены материалы, связанные с расстрелом шведского дипломата Валленберга и маршала авиации Новикова. Оба реабилитированы.
Читать дальше