Таблица 6. Различия в аминокислотной последовательности М- и Н-форм ЛДГ у цыплят (выписка из работы Торфа и соавторов)
|
2 |
5 |
6 |
9 |
10 |
12 |
13 |
14 |
15 |
17 |
18 |
19 |
20 |
24 |
30 |
41 |
43 |
45 |
M |
УЦА |
ГАУ |
ЦАУ |
ЦАЦ |
ААУ |
ЦАУ |
AAA |
ГАГ |
ГАА |
ЦАЦ |
ЦАЦ |
ГЦУ |
ЦАУ |
УЦА |
ГЦГ |
АУГ |
ГАУ |
ГЦУ |
Ser |
Asp |
His |
His |
Asn |
His |
Lys |
Glu |
Glu |
His |
His |
Ala |
His |
Ser |
Ala |
Met |
Asp |
Ala |
H |
Thr |
Glu |
Lys |
Thr |
Pro |
Ala |
Ala |
Gly |
Ser |
Thr |
Val |
Pro |
Ser |
Thr |
Gly |
Gly |
Gly |
Cys |
АЦА |
ГГУ |
AAA |
АЦЦ |
ЦЦУ |
ГЦУ |
ГЦУ |
ГГГ |
УЦУ |
АЦЦ |
ГУЦ |
ЦЦУ |
УЦА |
АЦА |
ГГГ |
ГГУ |
ГГУ |
УГЦ |
|
49 |
54 |
73 |
75 |
78 |
79 |
80 |
84 |
88 |
91 |
93 |
98 |
116 |
123 |
124 |
130 |
132 |
133 |
M |
АЦУ |
ГУУ |
AAA |
ЦЦЦ |
АЦУ |
УЦА |
ГГУ |
УЦА |
ЦАУ |
ЦУУ |
АУУ |
ГЦУ |
АУУ |
ААЦ |
ГУУ |
ГАУ |
AAA |
ЦУУ |
Thr |
Val |
Lys |
Pro |
Phr |
Ser |
Gly |
Ser |
His |
Leu |
He |
Ala |
He |
Asn |
Val |
Asp |
Lys |
Leu |
H |
Ala |
Leu |
Gin |
His |
Val |
Ala |
Asp |
Ala |
Asn |
He |
Val |
Val |
Val |
Gin |
He |
Asn |
Val |
He |
ГЦУ |
ЦУУ |
ЦАА |
ЦАЦ |
ГУУ |
ГЦА |
ГАУ |
ГЦА |
ААУ |
АУУ |
ГУУ |
ГУУ |
ГУУ |
ЦАА |
АУУ |
ААУ |
ГУА |
АУУ |
|
135 |
147 |
150 |
153 |
167 |
172 |
175 |
183 |
190 |
192 |
199 |
212 |
213 |
215 |
217 |
222 |
224 |
226 |
M |
АУУ |
ГЦУ |
АУУ |
УУУ |
УЦУ |
ЦАУ |
ГГУ |
ЦУА |
ГУУ |
ЦАГ |
ЦЦУ |
ААГ |
ГЦА |
ЦАУ |
ГАУ |
ГЦА |
AAA |
ЦАУ |
Не |
Ala |
He |
Phe |
Ser |
His |
Gly |
Leu |
Val |
Gln |
Pro |
Lys |
Ala |
His |
Asp |
Ala |
Lys |
His |
H |
Val |
Thr |
Leu |
Leu |
Thr |
Tyr |
Ala |
Thr |
Leu |
Glu |
Ala |
Gln |
Gln |
Asp |
Ala |
Lys |
Ser |
Asn |
ГУУ |
АЦУ |
ЦУУ |
УУА |
АЦУ |
УАУ |
ГЦУ |
АЦУ |
ЦУУ |
ГАГ |
ГЦУ |
ЦАГ |
ЦАГ |
ГАУ |
ГЦУ |
АЛА |
АГУ |
ААУ |
|
236 |
243 |
249 |
258 |
260 |
263 |
264 |
268 |
272 |
273 |
276 |
280 |
231 |
284 |
285 |
296 |
297 |
300 |
M |
ГАУ |
AAA |
АГУ |
ГАУ |
ГЦУ |
АУА |
АУГ |
ЦГУ |
ЦЦУ |
АУУ |
ГЦУ |
АУГ |
ЦАУ |
AAA |
ГАУ |
ГГУ |
УЦА |
АУУ |
Asp |
Lys |
Ser |
Asp |
Ala |
He |
Met |
Arg |
Pro |
He |
Ala |
Met |
His |
Lys |
Asp |
Gly |
Ser |
He |
H |
Glu |
Arg |
Asn |
Glu |
Cys |
Met |
Leu |
Tyr |
Ser |
Val |
Leu |
Thr |
Tyr |
Gln |
Asn |
Ser |
Ala |
Leu |
ГАА |
АГА |
ААУ |
ГАА |
УГЦ |
АУГ |
ЦУГ |
УАУ |
УЦУ |
ГУУ |
ЦУГ |
АЦГ |
УАУ |
ЦАА |
ААУ |
АГУ |
ГЦА |
ЦУУ |
|
302 |
304 |
305 |
306 |
307 |
310 |
314 |
315 |
316 |
325 |
329 |
331 |
333 |
|
|
|
|
|
M |
ГАУ |
ГУУ |
AAA |
АУГ |
АУА |
ЦЦУ |
ГАА |
ЦАГ |
АУУ |
ГГУ |
ГАА |
ЦАА |
УУУ |
|
|
|
|
|
Asp |
Val |
Lys |
Met |
He |
Pro |
Glu |
Gln |
He |
Gly |
Glu |
Gln |
Phe |
|
|
|
|
|
H |
Ser |
He |
Asn |
Gln |
Lys |
Asp |
Ala |
Lys |
Leu |
Ser |
Asp |
Lys |
Leu |
|
|
|
|
|
АГУ |
АУУ |
ААУ |
ЦАГ |
AAA |
ГАУ |
ГЦА |
ААГ |
ЦУУ |
АГУ |
ГАУ |
AAA |
УУА |
|
|
|
|
|
Примечание. Цифры в таблице — номера аминокислот по порядку, буквы — сравниваемые нами триплеты кодонов. |
К абсолютному большинству случаев замен аминокислот, как указано выше, вероятно, применимы закономерности, работающие в простейших модельных системах во внеклеточных условиях и вне генетической регуляции.
Далее необходимо проверить соответствие указанных замен аминокислот большей вероятности триплетов определенных кислот при равновероятном ошибочном чтении каждого из нуклеотидов триплета по указанным принципам. Рассмотрим этот вопрос сначала на примере изолейцина, имеющего три кодона (АУУ, АУЦ и АУА). При замене одного из нуклеотидов триплета каждого кодона или при сдвиге рамки чтения их принципиально возможны 33 модификации и, следовательно, вероятность одной модификации составляет 0,33. Ожидаемая вероятность замен изолейцина на другие аминокислоты была следующей: 0,15 — лейцин, 0,09 — валин, метионин, треонин, серин и аспарагиновая кислота, 0,06 — фенилаланин, 0,03 — лизин, аргинин, тирозин и гистидин. Реально при переходе ЛДГ 1в ЛДГ 5изолейцин заменялся на лейцин в двух случаях и на валин — также в двух случаях. Других замен не было. Следовательно, во всех четырех случаях действительно изолейцин заменялся на те аминокислоты, которые и были предсказаны исходя из законов стохастики перебора аминокислот.
Читать дальше