Религиозная община постепенно утрачивала своё влияние. Если в марте 1948 года в ней было зарегистрировано 300 человек, то на 1 июня — всего 43 человека. Снизилась посещаемость синагоги прихожанами: после мая 1948 года в пятницу в синагоге бывало 25–30 человек, в субботу — от 60 до 100 человек. Резко сократились денежные сборы, в связи с чем несколько месяцев кантор синагоги С. Каплун не получал жалование. Зимой 1948–1949 года из-за того, что не было средств на отопление, синагога часто была закрытой.
Оценивая сложившуюся в 1949 году обстановку, Б. Гребенников отмечал, что резкое сокращение посещений синагоги верующими в Биробиджане произошло потому, что обком ВКП(б) и горком партии крепко прижали кое-кого из членов, кандидатов в члены партии и городских руководящих работников, близкие родственники которых посещали синагогу и совершали религиозные обряды. Во время этих гонений община лишилась раввина. По сведениям из архивов Хабаровского края, на 1 октября 1950 года председателем правления общины стал Лейб Гершевич Гефен, 1880 года рождения, проходивший по документам как иждивенец.
Сложным в жизни еврейской общины стал 1950 год. В справке «О религиозном движении и деятельности религиозных культов по Еврейской автономной области», которую Б. Гребенников в октябре 1950 года направил в Хабаровский крайком ВКП(б), сообщалось о всё ещё сохранявшейся в Биробиджане нездоровой обстановке. Под грифом «Секретно» он направляет секретарю обкома ВКП(б) ЕАО Адаскину список «активных религиозников». В нём были отмечены члены правления, члены ревизионной комиссии, кантор общины, большинство из которых родились до 1900 года и давно были на пенсии.
В октябре 1950 года Б. Гребенников пишет в справке: «По Еврейской автономной области имеется официально зарегистрированная одна еврейская религиозная община в г. Биробиджане, в которой числится верующих, постоянно посещающих синагогу, 57 чел. Из них 39 мужчин, 18 женщин…. Периодически посещающих синагогу, особенно в дни больших праздников Йом-Кипур, Рош-Гошано (так в тексте — И.Б. ), Суккот или праздник урожая (один из основных праздников еврейского народа, в это время по традиции следует жить в шатре, куще — И.Б. ) и Пасху, до 400 человек и более…
Кроме зарегистрированной общины евреев в области имеются группы верующих евреев, которые собираются по 15–20 человек где-либо на квартире и совершают религиозные обряды. По имеющимся сведениям, такая группа есть в райцентре с. Ленинского, эта группа 20 сентября на праздник Йом-Кипур собиралась. Есть сведения, группа миньян имеется в колхозе «Валдгейм» Биробиджанского района…».
После завершения праздников 1950 года председатель правления общины Л. Гефен, подтверждая происходящие изменения в жизни общины, заключает: «Наши праздники с каждым годом проводятся беднее, вера падает, верующих, посещающих синагогу, все меньше и меньше, наши расчёты на то, чтобы в праздники собрать побольше средств и отремонтировать синагогу, не оправдались».
В начале 1951 года Л. Гефен встречается с уполномоченным, чтобы определиться с дальнейшей работой общины. Из состава правления выбыло несколько членов, и возникли проблемы с довыборами, посещаемость молитвенных собраний снизилась, не было денег даже на свечи, не говоря уже о том, что требовался ремонт синагоги. Гефен поднял вопрос о невозможности исполнять свои обязанности. К тому времени из-за давления власти из Биробиджана выехали главные организаторы синагоги — раввин Г. Кац, 3. Вайсер и многие другие верующие.
В 1952 году впервые в синагогу в праздничные дни не приехали верующие из колхозов, не было нарушений трудовой дисциплины, связанных с самовольным уходом с рабочих мест. Перестали проводиться религиозные обряды. Верующих евреев хоронили без соблюдения ритуала на общем кладбище. Община уже не настаивала на отводе отдельного кладбища для евреев, не просила организовать приготовление и продажу мацы и кошерного мяса.
Последний всплеск религиозной активности общины пришёлся на праздник Йом-Кипур, который состоялся 18 сентября 1953 года. В синагоге присутствовало более 500 человек. Такая активность прихожан, как считает Д. Вайсерман, вызвала ответную реакцию власти. Была разработана операция по дискредитации общины спровоцированной дракой и ночным погромом в здании синагоги. Это стало поводом для принятия решения исполкомом областного Совета народных депутатов в ноябре того же года о закрытии синагоги. Это было начало конца её существования. Драка и скандал рассорили прихожан, и они перестали ходить в синагогу.
Читать дальше