В 1920–1921 гг. иеромонах Афанасий — наместник Владимирского Рождество–Богородицкого монастыря с возведением (2 февраля 1920 г.) в сан архимандрита. Ему пришлось быть непосредственным свидетелем того, как весь монастырь перешел к ЧК. В июле в одном из помещений монастыря еще совершалось богослужение. В августе 1920 г. монастырь был занят полностью. В сентябре 1920 г. был закрыт епархиальный совет, а в ноябре произведена проверка и переучет всего имущества монастыря. В 1921 г. часть церковного имущества из собора вывезли в Троицкую церковь, куда было переведено духовенство из архиерейского дома. Церковные облачения и другие предметы были свалены в кучу и обречены на гибель. Хорошо об этом сказала владимирский историк и поэт Т. Тимофеева:
Где разгуливали павлины,
Там чеканит шаг ВЧК.
В монастырской церкви старинной
дверь закрыта — не снять замка.
Казначея и прочию братью
гонят в странноприимный дом.
Богу с красноармейскою ратью
не ужиться в месте святом [10] Тимофеева Т. Лабиринты сна. М.: 2002. С. 201.
.
1 июля 1921 г. епископ Афанасий был назначен настоятелем Боголюбовского монастыря, а через девять дней, 10 июля, хиротонисан во епископа Ковровского, викария Владимирской епархии. «О ковровцах я всегда молитвенно и с любовию памятую. К этому обязывает меня нареченное мне при поставлении во епископа именование епископа Ковровского. К сожалению, мне всего два раза пришлось совершать Божественную литургию в нашем соборном храме, и ковровцы не могли как следует узнать меня как своего епископа. Тем дороже для меня добрые знаки их внимания и память обо мне..» [11] Наст. изд. С. 459.
— писал Владыка через 40 лет.
Хиротонию по благословению Святейшего Патриарха Тихона совершали митрополит Владимирский и Шуйский Сергий (Страгородский), архиепископ Нижегородский Евдоким (Мещерский) и епископ Печерский Варнава (Беляев), викарий Нижегородской епархии, в Крестовоздвиженском монастыре Нижнего Новгорода [12] См.: Мануил (Лемешевский В. В.), митр. Русские православные иерархи. В б т. Т. 1. ЕНапдеп: 1979–1989. С. 416.
, где находился в ссылке митрополит Сергий. Святитель Афанасий рассказывал духовной дочери, что перед архиерейской хиротонией его вызвали в ГПУ, размещавшееся в монастыре, в котором служил Владыка, и предупредили: «Пока вы архимандрит, вы будете сосланы в пределах Владимирской области, а когда будете епископ, вы будете репрессированы в пределах СССР» [13] Неточность. СССР был образован в 1922 г.
. Духовная дочь спросила: «Ну и что же?» И он спокойно ответил: «На другой день состоялась моя епископская хиротония» [14] Молитва всех вас спасет. С. 102.
.

Епископ Афанасий. 1920-е гг.
В Боголюбовом монастыре о. Афанасий познакомился со своими самыми верными впоследствии помощниками — будущим иеромонахом Дамаскином (Жабинским) и о. Иосифом Потаповым, тогда послушником монастыря и келейником викария Владимирской епархии преосвященного Евгения (Мерцалова).
Начало 1922 г. ознаменовалось кампанией по изъятию церковных ценностей. Сводки из Владимирской губернии сообщают о том, что в марте 1922 г. в Вязниковском уезде при изъятии церковных ценностей присутствовал епископ Афанасий (Сахаров), который призвал верующих к сопротивлению. 30 марта 1922 г. он был арестован по обвинению в «агитации и будировании масс» против сдачи церковных ценностей, но на другой день выпущен на свободу.
Весной 1922 г. во Владимире начинается следствие, связанное с хищением из ризницы Спасо–Евфимиевского Суздальского монастыря. Так называемое суздальское дело состояло в том, что в 1918 г. при взятии на учет группой верующих имущества Спасо–Евфимиевского монастыря в г. Суздале была обнаружена кража из ризницы. Настоятель монастыря епископ Павел (Борисовский) назначил комиссию по проверке, которая выявила, что расхищено 48 золотых и серебряных предметов. Возможно, что ценности были просто спрятаны от властей. Несколько епископов были объявлены укрывателями и в марте 1922 г. арестованы. После показательного суда во Владимире епископ был приговорен к годичному заключению, но по амнистии на другой день освобожден.
К этому времени развертывается обновленческий раскол. В 1922 г. властями была поставлена задача «борьбы с тихоновским реакционным духовенством» и, в первую очередь, с иерархами. К октябрю 1922 г. более половины «тихоновских», т. е. верных православию архиереев, были заменены обновленцами. Епископу Афанасию пришлось взять на свои плечи всю тяжесть борьбы с раскольниками, так как епархиальный архиерей, митрополит Сергий (Страгородский) признал обновленческое «Высшее церковное управление». Благодаря Владыке Афанасию обновленческое движение во Владимирской епархии не получило, по свидетельству властей, «существенного развития».
Читать дальше