По возвращении в Санаксары опять возбудилось в нем прежнее желание удалиться в Саровскую пустынь. Весной 1692 года он прибыл на «Старое Городище» с мирянином Андреем, жившим в Спасском монастыре Арзамасского уезда. Поселившись в прежнем шалаше, они с усердием начали рубить лес и строить келью. Так прожили они вместе несколько времени, а за жизненными припасами ходил в селения Андрей. В одно из таких путешествий случилось с Андреем, вероятно, какое-либо несчастье, и он не возвратился к Исаакию. Таким образом последний остался в пустыни один и начал копать в горе пещеру. Дабы ободрить и утешить Исаакия, Господь направил к нему в сожительство друга его — монаха Палладия. Вдвоем стало легче бороться с трудностями и лишениями пустыни. Затем прибыл сюда же монах Герасим из Спасского монастыря. Завидуя мирной жизни пустынников, исконный враг человеков восхотел искушениями разогнать их. Орудием своим он избрал строптивого сожителя их Герасима, который поджег келью Исаакия и Палладия во время их отлучки в с. Кременки. Случилось это в зимнее время, и строить новую келью не было возможности. Тогда Исаакий с Палладием отправились во Флорищеву пустынь, где им пришлось не по душе. Пробыв только четыре дня, они, влекомые к уединению в безмолвии своей пустыни, возвратились в нее, ископали себе малую пещерку в горе и поселились в ней. С наступлением весны начали строить келью, но Палладий, мучимый унынием, не мог перенести скорби и ушел из пустыни, оставив Исаакия одного достраивать келью. Герасим жил отдельно в своей келье, обуреваемый различными страстями. Приходили и другие монахи для житья в пустыни, но все не надолго. Исаакий страдал душевно от борьбы с врагом и телесно, так как тело его покрылось как бы одним струпом. Он молился и плакал до тех пор, пока силы совершенно изнемогали. Время шло своим обычным чередом. Борьба со страстями и искушениями, изнеможение и укрепление в силах, исхожде-ние из пустыни в ближайшие монастыри для благодатного укрепления Св. Тайнами и беседами с опытными старцами, возвращение в пустынь с новым запасом духовных сил чередовались в своей постепенности. Так, в одну из отлучек Исаакия в Санаксарский монастырь, пришел в пустынь иеродиакон Тимолай из дальних монастырей Соловецких и, сделав большой сосновый крест, на котором написал время сооружения оного и свое имя, поставил на горе Саровской. Потом построил часовню на той же горе, в среднем городе, и пошел в Санаксарский монастырь, где встретился с Исаакием, рассказал ему о бытности своей в его пустынной келье и что водрузил крест и поставил часовню. При этом высказал и намерение свое позаботиться о построении церкви на том месте и обители. Исаакий считал это невозможным. Через год, в январе 1695 года, Тимолай прислал Исаакию образ св. Иоанна Предтечи, написанный на жести, и велел сказать, что скоро и сам будет туда, хотя не приехал.
Раскол в Нижегородской области, в пределах которой подвизался Исаакий, появился с самого начала его возникновения и распространился очень быстро. Обширные леса особенно благоприятствовали гонимым раскольникам укрываться от преследований. И вот на реках Керженце и Белбоже стали быстро возникать раскольничьи поселения и скиты. Между этими скитами был в особенном уважении скит под начальством Ионы. У него было два именитых ученика — монах Филарет и белец Иоанн Димитриев. Исаакий, путешествовавший иногда в ближайшие монастыри, встречался с раскольниками и беседовал с ними. Заблуждения раскольников возбуждали в нем скорбь и сожаление. Долго и крепко боролся Исаакий с желанием идти с проповедью к заблудшим.
В 1700 году во многих местах России, особенно на Севере, был голод, и жители городов с семействами переселялись для прокормления в более южные города. По этой же причине раскольник Иван Корелин, оставив свое житье за Волгой, бродил по городам и селам, прося милостыню. Случилось ему идти в г. Темников. По пути, при большой дороге, на реке Са-тисе, в двух верстах от кельи Исаакия, стояла мельница. Иван Корелин зашел в ту мельницу переночевать, да по просьбе хозяина остался в ней на долгое время. Раз Исаакий пришел в построенную им близ мельницы часовню, чтобы поставить на ней крест, и зашел на мельницу, где и встретил Ивана Корелина. Познакомились и разговорились. После неоднократных посещений и бесед Исаакий обратил этого злейшего раскольника на истинный путь и постриг в монашество, дав имя Иринея. Глубоко скорбел Ириней о прочих раскольниках, погибающих диавольским прельщением, и умолял Исаакия поехать с ним за Волгу, но Исаакий решительно отказался, предоставляя дело обращения тех раскольников воле Божией.
Читать дальше