Тогда граф Раймонд потребовал выделить ему в управление часть города, что вызвало возмущение других предводителей крестоносцев. Тогда Тулузский граф апеллировал к Византийскому императору, которому, по договорённости заключённой ещё в начале похода в Константинополе следовало передать захваченный город. Но посланное посольство графа Вермандуа и графа Эно не вернулось. Со временем князя Бодуэна стали рассматривать как владыку Антиохии. Он 14 июля своей властью передал генуэзцам городской квартам, в обмен на снабжение Антиохии продовольствием и предоставление военной помощи.
На общем совещание крестоносцев происходившем в соборе Святого Петра с 3 по 18 ноября Бодуэн прямо предъявил свои права на Антиохию, заявив, что станет защищать город от мусульман. В противном случае он со своим отрядом вернётся в Италию. Эта угроза побудила рыцарей прийти на компромисс. Город был передан под власть Бодуэна, но граф Тулузский получил свою часть, с эмирским дворцом и укреплёнными городскими воротами. Бодуэн обязался выступить в поход на Иерусалим.
28 ноября Бодуэн участвовал в неудачной осаде Маарат-ан-Нумана.
29 декабря 1098 года в Рудже был созван новый совет. Было принято решение идти на Иерусалим, но Бодуэн отказался принять участие в походе, пока граф Тулузы не передаст ему занятые тулузцами городские кварталы. Граф Раймонд ответил отказом. Тогда Бодуэн силой оружия изгнал рыцарей Тулузского графа из Антиохии.
Граф Раймонд Тулузский, очевидно, признав своё поражение, 13 января 1099 года выступил в поход на Иерусалим. В феврале к нему примкнули другие вожди крестоносцев. 15 июля 1099 года рыцари взяли Иерусалим.
Бодуэн сам не отправился в Иерусалим, отрядив часть своего отряда во главе с племянником Танкредом. А сам 1 марта вернулся в Антиохию. Теперь никто не мешал ему утвердить свою власть в городе.
Теперь Бодуэну необходимо было узаконить свои монаршие права и получить официальный титул, который никто не смог оспорить.
В Италии он именовался довольно просто: «Бодуэн сын герцога Роберта Гвискара». Таким же титулом он пользовался в Антиохии ещё в 1098 году, когда подписал хартию для генуэзцев.
Решив принять монарший титул, Бодуэн сталл действовать так же, как и его отец, признавший себя вассалом «Святого престола». В 1100 году Бодуэн получил титул владетельного князя от папского легата архиепископа Даимберта Пизанского, прибывшего летом 1099 года в Сирию с флотом в 100 кораблей.
Князь Бодуэн Тарантский стал планомерно расширять свои владения, в основном за счёт византийцев. Заключив союз с папским легатом епископом Даимбертом Пизанским, он обрушился на византийскую Латакию.
Его агрессии помешали другие вожди крестоносцев. Возвращаясь из Иерусалима, граф Тулузский со своими рыцарями разбили лагерь близ Латакии в Джабале. Под угрозой военного конфликта с крестоносцами Антиохийский князь вынужден был снять осаду.
Потерпев неудачу в Латакии, Бодуэн решил взять реванш в византийском Мараше.
В июле 1101 года князь Бодуэн и Рожер Салернский напали на Мараш. Но им пришлось снять осаду, поскольку рыцарей позвал на помощь армянский князь Гавриил, правитель Милитены. С 300 рыцарей Бодуэн поспешил на помощь, но попал в засаду и был пленён эмиром Каппадокии Гази ибн Данишмендом. Князя отправили в Неокесарию (Никсар) на Чёрном море.
Антиохийские бароны Робер де Сурдеваль, Рено де Мазуар, Робер Флорентийский, коннетабли Ричард и Адам, дука Антиохии Рауль Арский избрали регентом Танкреда. Граф Эдессы Бодуэн Булонский поставил во главе гарнизона Антиохии Бодуэна Ретельского.
Но в 1101 году в государственном управлении франкских государств на Востоке произошли коренные изменения. Умер первый Иерусалимский монарх Годфруа Булонский и бароны предложили престол его брату графу Эдессы. Бодуэн Булонский отправившись в Иерусалим, передав Эдессу своему родственнику Бодуэну де Ретелю. Антиохия оказалась под полным контролем Танкреда.
Князь Бодуэн Тарантский заложил основу для образования независимого государства в Сирии – княжества Антиохии. В действительности князь Бодуэн действительно много сделал для завоевания Антиохии. Гораздо больше, чем все остальные крестоносцы. Ещё до начала и во время осады города Бодуэн разгромил мусульманские войска, прибывавшие на помощь к осаждённым из Мосула, Дамаска и Алеппо. Именно с ним связались антиохийцы, желая передать город рыцарям.
Однако окончательному становлению княжества помешало пленение Бодуэна. Он получил свободу лишь через 3 года, весной 1103 года. Его племянник Танкред, управлявший владениями дяди, не спешил с выкупом. Решающую роль в сборе денег, а это 100 тысяч золотых империалов (тагеханов), сыграли армянский князь Василий Гох и латинский Антиохийский патриарх Бертран. Танкред лишь в добавление к выкупу освободил несколько знатных мусульманских пленников. Собранные деньги отвозил эмиру князь Василий Гох.
Читать дальше