Истинные мотивы Кэйки озадачивали его современников и продолжают интриговать историков. Но каким бы ни было его безразличие, искренним или тщательно рассчитанным, оно лишь усилило кризис наследования. Армия режима была обращена в бегство, сёгун умер, а сёгунат даже не мог объявить о смерти Иэмоти, пока не будет решен вопрос с наследованием. 27/7, после просьб ключевых фигур в сёгунате, Кэйки наконец согласился стать главой дома Токугава, но предусмотрительно отказался принять титул сёгуна, заявив, что откажется, даже если получит такое предложение от императора; Как глава дома Токугава, Кэйки принял командование над войсками Токугава и начал подготовку к возобновлению атаки на Тёсю. Это было спорное решение: некоторые ястребы, такие, как Мацудайра Када-мори, все еще верили в то, что Тёсю можно победить, но большинство союзников сёгуната хотели как можно скорее покончить с этим делом. 8/7 чиновники сёгуната в Осака получили новость о победе Тёсю в Кокура; враг теперь контролировал обе стороны пролива Симо-носэки. Это склонило чашу весов в сторону перемирия. 20/8/1866 сёгунат формально признал смерть Иэмоти, передал Кэйки руководство домом Токугава и объявил перемирие в связи с официальным трауром.
Сайго был в восторге от мучительной нерешительности сёгуната: «Меня искренне радует этот нелепый поворот событий». Но он наблюдал за саморазрушением сёгуната из Сацума. 30/2/1866 Сайго покинул Киото, чтобы отплыть на корабле домой, и не появлялся в императорской столице вплоть до 25/10/1866. Это было его первое длительное пребывание на родине после возвращения из ссылки в 1864 году. Находясь в Кагосима, Сайго наблюдал за реорганизацией армии Сацума. Княжество уже приобрело большое количество винтовок «Энфилд» (заряжаемых с душьной части) и «Снайдер» (заряжаемых с казенной части), но теперь оно также реорганизовывало свою армию в британском стиле, что являлось частью более обширной программы технической модернизации. Княжество построило большой фабричный комплекс, который включал фармацевтическую фабрику, перегонный цех, плавильный цех и кузницу. В центре комплекса находился Сёсэйкан, военный завод, работающий на энергии пара. Сёсэйкан производил пушки и военное снаряжение, а также ремонтировал паровые двигатели и боевые суда. Программа Сацума получила высокую оценку. Ёкои Сёнан, влиятельный писатель и советник Мацудайра Сунгаку, был впечатлен планом Сацума «обогатить страну и укрепить вооруженные силы». Княжество Сацума, заметил он, игнорировало запреты сёгуната на внешнюю торговлю и пребывание в стране иностранцев, поэтому ему было просто импортировать западные технологии. В результате его войска становились все сильнее, а в призамковом городе, наполненном иностранными торговцами, кипела жизнь.
Занимаясь реорганизацией войск, Сайго в то же время продолжал создавать новые союзы. 6/1866 он помогал принять британского посланника Гарри Паркеса, чей визит в Сацума являлся прямым оскорблением сёгуната и открытой попыткой сделать из Сацума союзника Британии. Паркес прибыл в Кагосима 16/6/1866, и на борту его корабля «Принцесс ройял» он имел официальную встречу с Симадзу Хисамицу и Симадзу Тадаёси. На следующий день Паркес встретился с Сайго, которого сопровождали Тэрадзима Минэнори и Нииро Гёбу. Британия давно намекала на то, что она окажет поддержку антисёгунским силам, поэтому Сайго связывал с визитом Паркеса большие надежды. Однако Паркес начал их встречу с повторения официальной британской политики. Сайго был ошеломлен, но Паркес просто испытывал Сайго и молчаливо требовал, чтобы он первым затронул тему противостояния сёгунату. Сайго же, со своей стороны, опасался, что Паркес расскажет сёгунату о намерениях Сацума. Наконец, осознав, что никто из них не хочет открыто вступать в сговор, Сайго отбросил все предосторожности и раскрыл Паркесу свои планы. Сацума, объяснил он, надеется на то, что императорский двор возьмет в свои руки контроль над японской дипломатией и доверит решение всех внешнеполитических вопросов совету из пяти-шести великих даймё. Эти дайме будут передавать двору доход от внешней торговли, и они же займутся пересмотром условий торговых договоров. Это унижение вынудит Кэй-ки уйти в отставку, после чего сёгунат станет второстепенной силой в японской политике. Паркес одобрил план Сайго. Однако он предупредил его о том, что пересмотр договоров будет медленным процессом. Он также напомнил ему, что Япония нуждается в фундаментальной политической реформе. Японское децентрализованное правительство, заявил Паркес, с международной точки зрения было глубоко расколотым. Пока Япония не создаст правительства с «единым верховным органом… Япония не будет иметь чести [буквально «лица»] в глазах иностранцев». Сайго молча с ним согласился.
Читать дальше