В январе 1806 г. Уэлсли был избран в нижнюю палату Парламента от городка Рай (Восточный Сассекс) как кандидат от тори и надолго удалился из армии. В 1807 г. избирался от городов Трэли, Митчелл, и, наконец, Ньюпорта на о-ве Уайт на юге Англии, депутатом от которого он был в 1807—09 гг. Затем в том же 1807 г. назначен статс-секретарём по делам Ирландии и одновременно стал членом Тайного совета Великобритании. Будучи в Ирландии, он дал устное обещание, что существующие карательные законы, направленные против католиков, будут применяться очень сдержанно. Возможно, это указывает на его намерение впоследствии поддержать эмансипацию католиков.
Будучи в Ирландии, в мае 1807 г. Уэлсли услышал о британской экспедиции в Данию. Он решил бросить все свои политические назначения и уехать. Во время битвы за Копенгаген в августе 1807 г. он командовал пехотной бригадой. Уэлсли участвовал и в битве при Кёге, в которой его солдаты взяли в плен ок. 1100 человек, а он сам присутствовал при сдаче.
30 сентября он вернулся в Англию.
25 апреля 1808 г. получил звание генерал-лейтенанта.
В июне 1808 г. Уэлсли принял командование над экспедиционным корпусом в 9 тыс. человек, которые предполагалось направить в испанские колонии в Южной Америке в помощь латиноамериканскому революционеру Франсиско Миранде. Однако вместо этого его корпус отправили в Португалию, где они должны были соединиться с 5 тыс. солдат, направленных с Гибралтара.
Завершив все приготовления, армия отправилась из Корка 12 июля 1808 г., чтобы сражаться против французов на Пиренейском п-ве.
Уэлсли разбил французов в сражении при Ролисе и в битве при Вимейру в 1808 г., но был смещён с командования сразу после Вимейру. Генерал Хью Далримпл подписал странную Конвенцию в Синтре, согласно которой британский Королевский флот обязался вывезти французскую армию из Лиссабона со всей её добычей, и настоял на присоединении к Конвенции единственного члена правительства – Уэлсли. Тот сохранял пост статс-секретаря по делам Ирландии, равный министерскому. В самой Великобритании Конвенцию сочли позором. Далримпл и Уэлсли были отозваны в Англию, чтобы предстать перед следственной комиссией. Уэлсли согласился подписать предварительное перемирие, но конвенцию не подписывал и был в итоге оправдан.
Тем временем Наполеон сам вторгся в Испанию со своими лучшими войсками, чтобы подавить восстание. Новый командующий английскими войсками на Иберийском п-ове Джон Мур погиб в битве при Ла-Корунье в январе 1809 г.
Хотя в целом война с французами на континенте складывалась не в пользу англичан, Пиренейский театр военных действий стал единственным местом, где англичане в союзе с португальцами оказывали серьёзное сопротивление французам и их союзникам.
Тем временем, новая экспедиция, отправленная в Голландию, потерпела катастрофу из-за просчётов в организации, типичных для Британии того времени.
В свою очередь, Уэлсли направил меморандум военному министру лорду Каслри по поводу обороны Португалии. В меморандуме он подчеркнул важность гористых границ Португалии и обосновал выбор Лиссабона в качестве главной базы войск, поскольку английский флот сможет помочь защитить его. Каслри и кабинет министров одобрили документ и назначили Уэлсли командующим всех британских экспедиционных сил в Португалии.
Уэлсли прибыл в Лиссабон 22 апреля 1809 г. на борту бывшего французского фрегата «Сюрвейянт», едва избежав кораблекрушения. Получив подкрепления, он перешёл в наступление. Во Второй битве при Порту он, используя внезапность и быстроту, пересёк реку Дуэро 12 мая днём и вытеснил войска маршала Сульта из города Порту.
Обеспечив безопасность Португалии, Уэлсли вторгся в Испанию, чтобы соединиться с силами генерала Грегорио де ла Куэста. Объединённые силы готовились 23 июля 1809 г. атаковать корпус маршала Виктора при Талавере. Но Куэста согласился на операцию с неохотой и убедил отложить наступление на день. Задержка позволила французам отойти. Куэста опрометчиво послал свою армию вслед за Виктором и очутился лицом к лицу с практически всей французской армией в Новой Кастилии – Виктор присоединил к своим войскам гарнизоны Толедо и Мадрида. Испанцы стремительно отступили, а две британских дивизии наступали, чтобы прикрыть их отход.
На следующий день, 27 июля, в битве при Талавере французы пошли в наступление тремя колоннами. Уэлсли отразил все атаки в этот и последующий дни, но с тяжёлыми потерями для своей армии. Вскоре выяснилось, что после сражения Сульт двинулся на юг, угрожая отрезать англичан от Португалии. 3 августа Уэлсли двинулся на восток, чтобы остановить Сульта, оставив 1500 раненых на попечение испанцев. Однако выяснилось, что силы французов составляют 30 тыс. чел. и Уэлсли приказал лёгкой кавалерийской бригаде мчаться изо всех сил и захватить мост через реку Тахо у Альмараса до подхода французов. Обезопасив коммуникации и снабжение с Лиссабоном, Уэлсли решил вновь соединиться с Куэстой. Но тут стало известно, что испанцы оставили раненых англичан французам и выказали себя совсем ненадёжными людьми, обещая и затем отказываясь снабжать британские войска, вызывая раздражение у Уэлсли и сея недовольство между английскими и испанскими союзниками. Недостаток снабжения вкупе с угрозой прибытия весной новых французских войск (включая возможное появление самого Наполеона!?) заставили англичан отступить в Португалию.
Читать дальше