Еще до основания Енисейска (1618) и Красноярска (1627) киргизы приезжали для переговоров с русскими в Томск, основанный в 1604 г. По одним известиям в 1606 г., по другим — в 1608 г. в Томск приезжали киргизские князья Номча и Кочебай со своими служилыми людьми; их привели к присяге и отпустили, оставив заложниками в Томске "Номчину жену да Кочебаева сына" (при чем жена Номчи интриговала против Кочебая). Номча получил поручение "итти к Алтыну царю и в Китайское государство", чего он потом по исполнил, а Кочебай должен был "приводить под царскую руку киргизских князей: Нояна, Комку да Обрая". Скоро произошел разрыв; новый томский воевода отнял у жены Номчи соболью шубу, вследствие чего Номча пришел в такое "огорчение", что сделался врагом русских и проявил свою вражду нападением на подчиненных России гулымских татар. Началась война с киргизами, только на короткое время прерывавшаяся договорами: по словам Г.Ф. Миллера, "киргизов, сколько в старания с российской стороны ни прилагалось, совершенно покорить не могли".
В 1614 г. упоминается киргизский набег на Томский уезд, в 1615 г. первый, неудачный поход русских на киргизскую землю. Тем не менее Василий Тюменец и Иван Петров в 1610 г., Иван Петлин в 1618 г. бы и пропущены через киргизскую землю в Монголию беспрепятственно, причем князь Немек, по представлению Петлина, уже тогда был "под государевою царскою высокою рукою". Перед Тюменцем томские воеводы к том же 1616 г. отправили к киргизам купца Василия Ананьина с толмачем "Лукою; Ананьин послал к Алтан-хану киргизского князя Кору. При возвращении Тюменца и Петрова тот же Кора отправил с ними своего посла, вместе с двумя послами Алтан-хана, посланными в Москву. Алтан-хан в то время отверг просьбу киргиз о помощи и принял на себя перед русскими обязательство усмирять беспокойных киргиз. Поэтому киргизы нашли нужным подчиниться; при возвращении из Китая посольства Петлина вместе с послами Алтай хана были отправлены и киргизские послы, прибывшие в 1619 г. в Тобольск и в 1620 г. в Москву; только в октябре 1620 г. их проводили обратно из Томска до "киргизского рубежа".
Вскоре после этого положение Алтан-хана укрепилось вследствие победы над ойратами; поэтому он прекратил переговоры с русскими и согласился принять киргиз в свое подданство: киргизы возобновили свои набеги на русские пределы. Переговоры между русскими воеводами и киргизами большею частью велись непосредственно; один раз русские прибегли к посредничеству бухарских купцов, заинтересованных в восстановлении мира ради безопасности торговли. Переговоры были прерваны киргизами вследствие вероломства воевод; прибывший в Томск для переговоров киргизский князь Кора был там задержан и потом "изведен".
Положение снова изменилось в 1630-х годах, когда в войне между Алтан-ханом и ойратами счастье перешло на сторону последних. В 1634 г. Алтан-хан был вынужден перейти через Саянский хребет на Енисей и Абакан и вступить в русское подданство. По желанию русских, он сделал попытку употребить свое влияние на киргиз для примирения их с русскими; но прибывшей для этой цели лама не имел успеха (1635). Киргизы даже перешли на сторону ойратов, во главе которых стоял тогда Батур, принявший в 1635 г. титул хунтайчжи (у русских "контайша"). Ойратское подданство принял алтысарский князь Бехтеней, еще в 1633-4 г. подступавший к Кузнецку.
В надежде на помощь ойратов киргизам пришлось разочароваться: Батур еще в 1641 и 1643 г. называл киргиз своими подданными, но не мог оказать им действительной помощи, когда оправившийся Алтан-хан снова обложил киргиз данью. В 1648 г. тот же князь Бехтеней принял русское подданство. В 1652 г. киргизская земля подверглась нашествию со стороны Алтан-хана и его сына Лочжана; на этот раз киргизы обратились с просьбой о помощи в Красноярск; русские оказали им поддержку только в переговорах, но и этого было достаточно, чтобы заставить Алтан-хана отступить. Лочжан, которому Алтан-хан еще при жизни уступил власть, думал возобновить войну с киргизами и русскими, сначала имел успех и хотел уже идти на Томск, когда весть о смерти Алтан-хана заставила его вернуться, чтобы не потерять своих собственных владений.
В 1660-х годах положение изменилось в пользу русских; политическое единство и могущество ойратов после смерти Батура (1653) на некоторое время ослабело; в 1666 г. сам хунтайчжи Сенге согласился вступить в русское подданство; в том же году в Томск присылал просить о помощи Лочжан. Но к это время, в первый и последний раз в XVII в., среди киргиз появилась сильная личность, внук Номчи (сын Ишея) Иренак, который "свыше 20 лет (он умер в середине или во второй половине 1680-х годов) был грозою Красноярска, Ачинска, Кузнецка, Томска, Канска и даже Енисейска и Удинска" (Нижнеудинска). Самостоятельным главой своего народа или хотя бы части его он не был; сперва он считался подданным Лочжана, к которому русские обращались с требованием о выдаче Иренака; когда Лочжан был побежден и взят в плен ойратами, киргизы подчинились власти хунтайчжи, сначала Сенге (убитого 1671 г.), потом его брата и преемника Галдана, при котором ойратское государство снова сделалось великой кочевой державой.
Читать дальше