Во время предвыборной кампании большую помощь Малиновскому в его избрании депутатом Думы оказал министр внутренних дел Макаров и директор Департамента полиции Белецкий, лично контролировавшие ход избирательной кампании своего подопечного. Благодаря такому высокому покровительству все встречавшиеся на пути Малиновского препятствия на пути в Думу, в том числе и связанные с его уголовным прошлым, устранялись.
После избрания Малиновского членом ЦК и депутатом Думы его агентурные возможности сильно возросли. Так, в 1912–1914 годах, по его сообщениям были арестованы члены ЦК Свердлов, Сталин, Голощёкин, Орджоникидзе и несколько десятков партийных работников среднего звена.
В целом, несмотря на такие его результаты деятельности никаких серьёзных подозрений в отношении Малиновского в среде партийного руководства не возникало. Попавшая в ЦК РСДРП (б) летом 1913, из тюрем от арестованных членов ЦК информация о том, что охранке из каких-то источников в руководящих кругах партии стало известно о подготовке и проведении ряда крупных конспиративных мероприятий (созыв общепартийного совещания за границей, организация партийной школы во Франции и других), вызвало в ЦК подозрение о наличии у полиции хорошо осведомлённого источника в кругах, близких к большевистской фракции IV Государственной Думы. Однако продвинуться в определении этого источника ЦК не удалось. Во время попыток определить этот источник на Малиновского не пало даже подозрение.
Разоблачение Малиновского стало следствием аппаратных перестановок внутри Министерства внутренних дел. Эти серьёзные аппаратные перестановки в руководстве тогдашней российской политической полиции, были связаны с целым рядом скандальных разоблачения деятельности политической полиции в 1906–1911 годах, вершинами которых стало разоблачение двойной игры Азефа в партии эсеров и причастность ряда высокопоставленных руководителей политической полиции (генерал-лейтенанта Курлова, полковников Спиридовича и Кулябко), к убийству в сентябре 1911, в Киеве анархистом Багровым премьер-министра и министра внутренних дел П. А. Столыпина, вызвали появление в ряде влиятельных правительственных кругов мнения о необходимости укрепить руководство политической полиции лицами, не имевшими до этого к ней никакого отношения.
С этой целью, в начале 1912 года товарищем (заместителем) министра внутренних дел и начальником корпуса жандармов был назначен армейский генерал-майор В. Джунковский, являвшийся до этого адъютантом московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича, а после его убийства в феврале 1905 года, входившего в свиту Николая II и занимавшего ряд командных должностей в армии.
Вступив на новую должность в МВД, Джунковский предпринял целый ряд либеральных реформ в деятельности политической полиции. Была запрещена деятельность политической полиции в армии. Также циркуляром от 1 мая 1913, запрещалась вербовка в качестве секретных сотрудников лиц, не достигших совершеннолетия (по тогдашним стандартам 21 года), был уволен со службы ряд высокопоставленных чиновников и офицеров политической полиции.
Продолжая работу по либерализации агентурной деятельности, Джунковский пришёл к выводу о необходимости удаления секретных сотрудников полиции из Государственной Думы. В конце апреля 1914, председатель IV Государственной Думы Родзянко передал Малиновскому приказ Джунковского о немедленном сложении им депутатских полномочий и выезде за пределы России.
Получив 10 тысяч рублей, Малиновский 8 мая 1914, неожиданно для остальных депутатов Думы и членов ЦК РСДРП (б) уехал за границу.
Немотивированный отъезд Малиновского, скорее, похожий на бегство, вызвал политический скандал. Со стороны других политических партий в Думе, особенно эсеров, всё ещё не оправившихся от дела Азефа, посыпались обвинения в адрес большевиков, проглядевших, мол, матёрого провокатора в своей среде.
Под влиянием этого скандала ЦК РСДРП (б) создал специальную следственную комиссию под председательством Я. С. Ганецкого, члены В. И. Ленин и Г. Е. Зиновьев, приступившую к расследованию.
В ходе своей деятельности комиссия Ганецкого, не найдя никаких улик, обвиняющих Малиновского в сотрудничестве с полицией, обратилась за помощью к близкому к эсерам публицисту Бурцеву, который после разоблачения им Азефа, считался признанным специалистом по борьбе с полицейской агентурой в революционной среде. На запрос комиссии о сотрудничестве Малиновского с полицией, Бурцев ответил отрицательно. После этого комиссия приняла решение: не считая Малиновского агентом полиции, исключить его из партии за дезертирство с партийной работы.
Читать дальше