В древние времена цари юго-запада Пелопоннеса, включая и легендарного Периера, жили в Андании (во времена Павсаний этот мессенский город лежал в руинах). Его сын Афарей (отец героев Идаса и Линкея) основал Арену и сделал город столицей. Пилос же изначально не был царским городом. Его основал эпоним Пилас, приведя из Мегариды занимавших ее тогда лелегов. Но был изгнан Нелеем, двоюродным братом Афарея, и пеласгами, пришедшими с ним из Иолка. Нелей получил прибрежную часть страны, которая, видимо, была зависима от Афарея лишь формально. Павсаний указывает, что власть над всей Мессенией Нестор получил только после гибели героев Идаса и Линкея, сыновей Афарея. Уйдя отсюда в соседнюю область, Пилас основал там Пилос в Элиде. В первом же Пилосе Нелей настолько усилился, что получил славу, отраженную у "Илиаде", где Пилос был назван городом Нелея. О дворцовом центре сведений в источниках нет.
Времена гегемонии Пилоса связаны с именем Мелампода, которому предание приписывает исключительные способности врачевания, которыми он воспользовался для приобретения власти в Аргосе. По Геродоту, за исцеление аргосских женщин он сначала потребовал раздела Арголиды и предоставление ему правления в половине царства. Аргосцы не согласились, но эпидемия продолжалась, и им пришлось пойти на еще более серьезные требования Мелампода, который потребовал на этот раз раздела Арголиды на три части и предоставления власти в двух из них – ему и его брату Бианту. Если убрать из этого предания чудесные способности братьев, проживавших в Пилосе, то получится, что аргивяне сами искали их власти – не столько по причине способностей к целительству, сколько по способности управлять государством и необходимости покровительства Пилоса.
Будучи локальным гегемоном (в восточной части Пелопоннеса), Пилос не раз подвергался нападениям и разрушениям. Древнейшая постройка была разорена в первой половине 13 в. до н.э. Первым разорителем Пилоса, если верить Гесиоду, был Геракл, который долго осаждал город, обороняемый Периклименом, сыном Нелея. Когда Периклимен погиб при обороне города, твердыня была взята и обезлюжена. Одиннадцать потомков Нестора были убиты, и лишь Нестор избег гибели, будучи на воспитании в Герении. В древней традиции, видимо, существовало правило отправлять младшего сына на воспитание к родственникам.
В середине 13 в. до н.э. был построен новый дворец, для чего частично разобраны старые постройки. В 12 в. до н.э. дворец был уничтожен, как и подавляющее большинство других центров микенской эпохи, а поселение вокруг него существовало еще какое-то время – вероятно. С тех пор это место было заброшенным и забытым. Уже в архаической Греции читатели "Илиады" не знали, где находится Пилос. Что сохранило для нас археологический памятник в очень хорошем состоянии – гораздо лучшем, чем в Микенах и Тиринфе.
При Несторе и его потомках царский двор был в Пилосе. Но через два поколения дорийцы пресекли династию Нелеидов. Павсаний писал, что народ (древние мессеняне) приняли власть дорийских царей, вспомнив о том, что Нелеиды здесь пришлые – династия из фессалийского Иолка. Гераклит Кресфонт перенес столицу и установил, чтобы царь жил в Стениклере, где и выстроил дворец. Кресфонт повторил участь Нелея, а его сын Эпит – судьбу Нестора. Первый дорийский царь был убит в результате восстания, вместе с ним погибли все его сыновья. И только малолетний Эпит, который воспитывался у царя Кипсела, своего деда по матери, выжил и при помощи других дорийских царей и аркадян вернул власть своему роду. Его сын Главк прославился как благочестивый царь, основавший множество святилищ. Династия дорийских царей в Мессении прослеживается вплоть до ее полного покорения Спартой.
Территория области Пилоса вместе с находящимися здесь поселениями и Мессенией попала под власть Спарты во второй половине 7 в. до н.э. В 425 г. до н.э. во время Пелопоннесской войны в пилосской бухте произошло морское сражение между спартанцами и афинянами, названное Битвой при Пилосе, а затем – осада афинянами острова Сфактерия, в результате которой большое число спартиатов попало в плен. После этого на короткое время эти земли считались подконтрольными Афинам, но по Никиевому миру они были возвращены Спарте вместе с пленными.
Описывая события Пелопоннесской войны, Фукидид не раз отмечает значение контроля за безлюдным в то время Пилосом, где афиняне создали плацдарм для набегов на Спарту. Гавань служила удобным местом для высадки десантов и поддержания гарнизона, разместившегося в пилосском акрополе.
Читать дальше