Отныне Атауальпа их пленник.
В обмен на его освобождение Писарро потребовал огромный выкуп золотом и серебром. Все еще надеясь обрести свободу, Атауальпа приказал доставить в Кахамарку немыслимое количество предметов из драгоценных металлов. В свою очередь, испанцы получили подкрепление из Панамы и успели ознакомиться в политической ситуацией в стране.

Писсарро захватывает Перуанского Инку. Художник Д.Э. Милле
Понимая, что чужестранцы готовы заключить союз с Уаскаром, Атауальпа распорядился убить своего сводного брата, которого его полководцы удерживали в плену на юге. Не имея ни малейшего намерения удовлетвориться выкупом и покинуть страну, испанцы тогда решили казнить Атауальпу за предательство и братоубийство и встать под защиту сторонников убиенного Уаскара. Столкнувшись с таким непредвиденным развитием событий, последние заново собрали войско. Ожидая нападения армий Атауалъпы, испанцы поспешно покидают Кахамарку, дабы направиться в Куско. Когда, после нескольких стычек с войсками Кито, христиане приблизились к столице Империи, молодой сын Уайна Капака, Манко Инка, предстал перед Писарро в качестве кандидата, избранного жителями Куско в качестве преемника Уаскара. Войдя в столицу, Писарро признал Манко как «нового правителя страны».
Молодой Инка собрал армию и первые месяцы своего правления посвятил тому, чтобы, при помощи контингента испанцев, отбросить войско из Кито на север. Сам город Кито, остававшийся в руках одного из полководцев Ашауальпы, Румипьяви, вскоре не устоит перед штурмом испанского отряда, коему значительную поддержку оказывают уроженцы Томебамбы, каньяри.
Цель Манко — при помощи европейцев установить свою власть над империей и положить конец династическому кризису, начавшемуся со смертью Уайна Капака. Но официальный акт признания испанцами Куско своим городом (март 1534 г.), разграбление храмов столицы (май того же года), а затем и королевских гробниц, прибытие в Империю все более и более многочисленных испанских отрядов и оскорбления, нанесенные представителям аристократии, вскоре дали Манко и его окружению понять, сколь неверно они оценили ситуацию. То, что им казалось обычным вмешательством небольшой группы чужеземцев во внутренний конфликт, теперь приняло характер вторжения. Отношения между правителем и его испанскими союзниками ухудшились настолько, что последние дважды брали его в заложники, чтобы потребовать от него выкуп. В апреле 1536 года, воспользовавшись тем, что часть захватчиков находится в Чили и в Лиме, Манко мобилизовал свою армию и напал на Куско, где расквартированы всего 190 испанцев. За этим мятежом следуют другие по всей стране, и Манко идет на штурм Лимы, которую испанцы двумя годами ранее превратили в свою столицу. Но осада этого прибрежного поселения успеха не приносит, так как Писарро получил подкрепление от союзнических племен — уайлъя, уанка и каньяри, — а также от обитателей Лимы и центрального побережья, с касиков которых представители Инки решили вдруг востребовать многие годы не платившиеся в казну подати. Манко не удалось вернуться и в Куско, так как христиане получили военную помощь от индейцев каньяри и чачапойя, тогда как по истечении годичной осады войска Манко, прокормить которые он больше не мог, перешли на сторону противника. Неудача при осаде Куско (1537 г.) знаменует собой настоящий конец Инкской империи.

Манко Инка (согласно Фелипе Гуаману Поме, 1615 г.)
Обращение Манко Инки к своим капитанам во время его первого пленения испанцами в 1535 г. (согласно его сыну Титу Куси, 1570 г.)
Братья мои, друзья мои. Когда-то я вас собрал, как сегодня, чтобы вы познакомились с новыми людьми, прибывшими в наши края, бородачами, которые сейчас в этом городе. Так как они сказали мне, что они — виракочи, на которых они и походили своими одеждами, я приказал всем вам прислуживать им и уважать их, как меня самого, и выплатить им подать из того, что есть в ваших землях, полагая, что они — люди признательные, присланные сюда тем, кто, по их словам, был «Тикки-Виракоча», то есть Богом-Создателем. Сейчас я осознаю, что все пошло не так, как я ожидал. Знайте же, братья мои, что эти люди, как они отчетливо показали с тех пор, как появились в моем королевстве, являются сыновьями не Виракочи, но дьявола, так как с тех пор, как они здесь, они действовали и действуют против меня, как оные, что вы и можете видеть собственными глазами. Если вы действительно меня любите, думаю, вы не можете не чувствовать огромную боль и печаль, глядя на меня, вашего короля, закованного в цепи, но явно не заслуживающего такого обращения, — и все это лишь потому, что я впустил в мое королевство подобных людей, за что должен был бы сам себе отрубить голову. Жизнью вашей заклинаю, если вы хотите видеть меня довольным, соберите в своем кругу как можно быстрее побольше серебра и золота, раз уж эти люди любят их так страстно, чтобы я мог избежать этого унижения и выйти из этой тюрьмы, в которой вы собственными глазами видите меня таким подавленным и удрученным.
Читать дальше