Своими нападками на отдельных людей и на общее падение дисциплины в ордене Оливи навлек на себя ненависть, так что последние годы его жизни были непрерывным рядом расследований по подозрению в ереси. В 1282 г. на генеральном капитуле в Страсбурге было решено подвергнуть его сочинения рассмотрению. В 1283 г. генерал ордена Бонаграция ди С.-Джованни прибыл во Францию, собрал эти книги и поручил их рассмотреть семи главным членам ордена. Последние нашли в них положения, которым дали разную оценку: одни были ложными, другие еретическими, третьи самонадеянными, четвертые опасными, и постановили, чтобы сочинения, содержащие эти положения, были выданы всеми, у кого они имелись. Оливи подписался под этим решением в 1284 г., сетуя, однако, что ему не разрешили объяснить судьям подвергшиеся цензуре места, которые были неправильно истолкованы. Постоянно увеличивавшийся круг его учеников, тайно приверженных иоахизму, не ограничивался мирным распространением своих принципов; они вызывали волнения и мятежи, ответственность за которые ложилась на Оливи. В 1285 г. миланский капитул избрал министром-генералом одного из семи судей, осудивших Оливи, и приказал разыскать и отобрать все осужденные сочинения. Новый генерал вызвал Оливи в Париж для нового расследования. Дело тянулось медленно до 1286 г.; в это время Арлотто умер, и оно было прекращено. Новый генерал подтвердил верность Оливи католичеству, назначив его профессором главной школы ордена во Флоренции. Раймунд Гофриди, избранный генералом в 1290 г., был другом и поклонником Оливи; но и он не смог помешать новому возбуждению дела, хотя и назначил Оливи профессором в Монпелье. Николай IV в 1290 г. поручил инквизитору Венесенского графства произвести расследование и представить донесение, чтобы дело могло поступить на рассмотрение генерального капитула, созываемого в Париже. В 1292 г. Оливи явился на капитул, заявил, что он принимает буллу «Словно посевы тянутся к небесам», подтвердил, что никогда сознательно не учил и не писал ничего иного, а также отрекся и отказался от всего, что он мог по недосмотру сказать несогласного с этой буллой. Его отпустили с миром, но двадцать девять его ревностных последователей, признанных инквизицией виновными, были наказаны. Несколько последних лет его жизни прошли сравнительно спокойно; он пользовался огромным уважением и хотел смягчить фанатическую ересь непримиримых спиритуалов, но сам не мог уберечься от апокалиптических умозрений. В 1298 г. на смертном одре он изложил свое исповедание веры, в котором высказывал полное подчинение римской Церкви и ее главе Бонифацию. Все свои сочинения он отдавал на суд Св. Престола, а по поводу спорных вопросов внутри самого ордена он высказал взгляды, в которых не было ничего такого, под чем бы не подписался Бонавентура или что мог бы осудить Николай III как несогласное с буллой «Словно посевы тянутся к небесам», хотя Оливи резко осуждал падение дисциплины в рдене и укоренившийся обычай иметь деньги.
Вьеннский собор 1312 г. отнесся к памяти Оливи с большим уважением; во всех многотомных его сочинениях собор нашел только четыре заблуждения вполне умозрительного характера, но не приписал их Оливи, а его непосредственные ученики отрицали, что он разделял эти заблуждения. Другие вопросы, касающиеся учения Оливи, были предметом спора перед отцами собора между обвинителем Бонаграцией из Бергама и защитником Убертино из Казале; собор предоставил францисканцам свободу примкнуть к той или другой стороне и не осудил ни самого покойного, ни его сочинений. В учениях спиритуала, действительно, не было ничего революционного. Тем не менее ненависть конвентуалов была еще достаточно сильна в 1400 г., чтобы добиться от капитула в Тории запрещения под страхом тюремного заключения членам ордена иметь у себя книги Оливи.
Несомненно, Оливи был действительно ересиархом спиритуалов, видевших в нем прямого преемника Иоахима и Франциска. Его сочинения, по мнению многих спиритуалов, имели такое же значение, как творения св. Павла, и Церковь должна была строго повиноваться им. Зато враги делали его ответственным за крайности людей, питавших к нему столь чрезмерное поклонение и видевших в нем своего главу и наставника.
Когда Оливи умер, его старый судья Джованни ди Мурро был генералом ордена. Он осудил память Оливи как еретика и потребовал выдачи всех его сочинений указом, который исполнялся с неумолимой суровостью и которому следовал его преемник, Гонсальво да Бальбоа. Один благочестивый монах отказался выдать запрещенные книги и был прикован к стене темницы на воде и хлебе; здесь он гнил до самой смерти. Много других упорствующих было также заключено в тюрьму, и с ними обходились так же бесчеловечно. На генеральном капитуле, созванном после этого, было официально запрещено чтение сочинений Оливи; но много сочинений, прямо или косвенно приписываемых покойному, ходило по рукам.
Читать дальше