Прямой упрек был при этом направлен не на то, что Канарис входил в состав суда в качестве заседателя; его также не обвиняли в пристрастном отношении в пользу обвиняемых. Зато позже, годы спустя высказывались утверждения, что Канарис помог обер-лейтенанту Фогелю через несколько дней после обвинительного приговора бежать из места предварительного заключения. Обстоятельства этого побега до сих пор еще остаются невыясненными. Когда стало известно о побеге Фогеля, берлинская левая пресса обрушилась с резкими нападками на высокие военные ведомства. Наиболее тяжелые обвинения были выдвинуты против прусского военного министерства и руководства конногвардейской стрелковой дивизией; их обвиняли в содействии побегу. Газета «Ди Фрайхайт» («Свобода»), близкая по своим взглядам к независимым социал-демократам, утверждала, что капитан Вальдемар Пабст и некий лейтенант Зухонг будто бы причастны к этому делу. Фальшивый заграничный паспорт для Фогеля был, по мнению газеты, скорее всего, оформлен в паспортном отделе военного министерства, которого, как выяснилось, вовсе не существовало.
Военная администрация провела военно-судебное расследование, в ходе которого был арестован и Канарис по подозрению в пособничестве. Его арест вызвал среди офицеров и рядового состава военно-морской бригады Левенфельда такое большое волнение, что военный суд освободил Канариса из-под ареста под личную ответственность капитана морского флота Левенфельда. Однако он был обязан во время расследования не покидать штаб-квартиру бригады, которая тогда находилась в королевском замке в Берлине. Ни кричащая роскошь окружающей обстановки, среди которой он был вынужден несколько дней находиться под домашним арестом, ни висящее над головой расследование не в силах были заглушить его юмор. Квартира, в которой он находился, и выдвинутые против него обвинения удивительно не вязались друг с другом, это настраивало его на такой шаловливый лад, какого мы никогда у него больше не замечали. По рассказам товарищей, которые в эти дни были вместе в Канарисом, замок был для него приятным заключением. Результат расследования, подтвердивший, что Канарис не имел никакого отношения к побегу Фогеля, более того, его в это время вообще не было в Берлине, положил конец этому аресту.
Одновременно следует заметить, что несмотря на выяснение обстоятельств, обвинения в том, что Канарис, будучи членом военного суда, совершил проступок, оказав пособничество офицеру, обвиненному и осужденному в процессе по делу убийства Либкнехта и Люксембург, спустя годы вновь выдвигались политиками и органами печати левых. Дело Фогеля было драматическим образом вновь начато в подкомитете парламентской следственной комиссии депутатом от социалистической партии Мозесом 23 января 1926 г., когда Канарис, бывший уже капитаном 3-го ранга морского флота, по поручению министра вооруженных сил выступил в роли эксперта по делу попытки мятежа в 1917 г. и при этом вступил в острый поединок с независимым депутатом Дитманом, который сам был одним из главных действующих лиц при осуществлении попытки мятежа. В комиссии на этот раз социал-демократ Мозес помог своему «независимому» коллеге и выразил протест по поводу того, что в качестве представителя министерства вооруженных сил в комиссии присутствовал человек, виновный в соучастии в побеге убийцы Розы Люксембург. Когда Канарис отказался принять в комиссии участие в дискуссии по этому вопросу, левые начали бурную манифестацию. В адрес Канариса обрушились оскорбления, такие как «Убийца! Сообщник!» и это продолжалось довольно долго, пока председателю наконец не удалось восстановить порядок. Официальное сообщение министерства вооруженных сил в тот же день подтвердило полную безосновательность обвинений депутата Мозеса, сославшись на судебное расследование, проведенное в 1919 г. Еще один раз аналогичное обвинение прозвучало пятью годами позже; Канарис к тому времени уже был морским капитаном и начальником штаба в районе Северного моря; обвинение было высказано в связи со свидетельскими показаниями бывшего адвоката Бредерека, известного по путчу Каппа, на процессе политического характера. По данным Бредерека, Канарис, злоупотребив своим положением судьи, мог передать незаконным путем деньги, собранные Национальным союзом немецких офицеров для офицеров, обвиненных по делу Либкнехта — Люксембург, в тюрьму братьям Пфлюг-Хартунг, обвиненным в расстреле Либкнехта, чтобы они могли бежать. И на этот раз расследование дела министерством вооруженных сил показало, что все обстояло совершенно иначе, что только после того, как названным офицерам был вынесен оправдательный приговор, Канарис, с согласия Носке, бывшего в то время министром вооруженных сил, позаботился о том, чтобы эти деньги были выплачены братьям Пфлюг-Хартунг и их товарищам, частично для возмещения расходов на защитника, частично для того, чтобы дать возможность на время исчезнуть из Берлина близким родственникам этих офицеров, которые подвергались непрерывным притеснениям и реальным угрозам со стороны коммунистов. В обоих случаях, в 1926 и 1931 гг., министры вооруженных сил, доктор Гесслер и генерал Гренер, оба истинные демократы, после тщательного расследования происшествий оказывали безоговорочную поддержку своему подчиненному, и этого было достаточно, чтобы отвергать все нападки на Канариса как необоснованные.
Читать дальше