В 1250 году горячие споры монгольских лидеров по поводу наследования трона великого хана зашли в тупик и стал очевиден разрыв между двумя группами чингисидов: с одной стороны — потомками Джучи и Толуя и потомками Чагатая и Угэдэя — с другой. Поскольку последняя группа не имела сильного лидера, Бату и Мункэ чувствовали себя увереннее своих противников и в конце концов решили взять все в свои руки и подавить оппозицию. Когда первое заседание курултая, который собрался в 1250 году близ озера Иссык-Куль в улусе Чагатая, не пришло к определенному решению, Бату послал своего сына Сартака и брата Берке на восток с тремя армейскими соединениями, чтобы организовать второе заседание курултая на берегах реки Керулен в Монголии, то есть в улусе Толуя. Наиболее влиятельные потомки Чагатая и Угэдэя отказались присутствовать на этой встрече, что не помешало противоборствующей группе настаивать на ее легитимности. Поскольку Бату отказался от трона, 1 июля 1251 года Мункэ был провозглашен великим ханом. Видимо, существовало секретное соглашение между Мункэ и Бату, в котором Бату была обещана полная автономия его улуса.
На основе этой договоренности два двоюродных брата пришли к полному взаимопониманию.
Первым шагом Мункэ стало безжалостное подавление своих противников. Множество князей домов Чагатая и Угэдэя были обвинены в заговоре против нового хана и казнены или посажены в тюрьму вместе со своими сторонниками. Алджигидей, монгольский командующий в Персии, был отозван в Монголию и также казнен. Канцлер Чинкай также должен был заплатить своей головой за верность дому Угэдэя. Хитрый Махмуд Ялавач стал единственным уцелевшим советником бывшего хана. В 1252 году хатун Огуль-Гаймиш была приговорена к смерти.
Переход наследования от дома Угэдэя к дому Толуя был, разумеется, не чем иным, как государственным переворотом. Хотя жесткая политика террора Мункэ временно подавила всякую мысль о восстании, тяжелый перелом не был залечен, и новый конфликт должен был произойти. На какое-то время, однако, наступило затишье, поскольку Мункэ оказался способным и энергичным правителем.
В период его правления были предприняты два важных наступления — на Переднем Востоке и в Южном Китае. На Переднем Востоке король Людовик IX попытался еще раз прийти к соглашению с монголами. Услышав о добром отношении Бату к христианам и обращении его сына Сартака, король послал новую францисканскую миссию в Южную Русь под руководством монаха Вильяма Рубрука. На этот раз францисканцам было рекомендовано скрывать дипломатический характер своего визита и путешествовать в качестве миссионеров. Они покинули Константинополь в мае 1253 года и прибыли в ставку Бату 31 июля. Бату приказал одному из спутников монаха Вильяма остаться в Южной Руси при дворе Сартака, а двум другим продолжать путь в Монголию.
Монахи достигли лагеря Мункэ в декабре 1253 года и были приняты Великим Ханом 4 января 1254 года. В сообщении о своей миссии монах Вильям описывает прием следующим образом: «Мункэ восседал на кушетке и был одет в пятнистую и блестящую кожу, похожую на кожу тюленя. Он — небольшой человек среднего роста, сорока пяти лет, и молодая жена сидела рядом с ним; очень некрасивая, достаточно взрослая девочка Цирина с другими детьми расположилась на кушетке рядом с ними. Это жилище принадлежало некоей христианке, которую он очень любил и от которой имел эту девочку». Монахам предложили напитки на выбор: рисовое вино, «черный кумыс» и мед. Они выбрали рисовое вино. Затем они попросили разрешения «провести богослужение» во благо хана и его семьи. Во время своего пребывания в Монголии они сослались на дружелюбие Бату и обращение Сартака в христианство. В этой связи Мункэ сделал торжественное заявление о своем полном согласии с Бату. К этому времени, согласно монаху Вильяму, переводчик хана был уже пьян и Мункэ стало трудно понимать речь гостей. Сам великий хан также показался монаху пьяницей. После того как официальная часть приема была завершена, они заговорили о Франции, и монголы спрашивали монаха, «много ли там овец, скота и лошадей и не стоит ли им прямо двинуться туда и забрать все это».
Монахам разрешили остаться в Монголии еще на два месяца. Фактически же они оставались дольше. Подобно миссии Иоанна де Плано Карпини, брат Вильям и его спутники встретили множество христианских пленников в Каракоруме.
Мункэ, ревнуя к успехам Хубилая в Китае, решил принять на себя верховное командование кампанией. Хубилаю было доверено командовать армейской группировкой, которая должна была осуществлять операции в Хэнани, Хубэе и Анисе; Урьяигэдэй получил приказ двигаться на север от Тонкина для соединения с войсками Хубилая. Сам великий хан должен был закончить завоевание Сычуани. В целом все операции развивались успешно. Вскоре, однако, в Сычуани разразилась эпидемия дизентерии, которая принесла большие потери войскам великого хана. Среди ее жертв был и сам Мункэ. Он умер в августе 1259 года.
Читать дальше