Феликс Филатов - Клеймо создателя

Еще одно представление, которое предлагает Щербак для демонстрации n 111 -символики генетического кода, подчеркивает «общий виртуальный баланс кода». В этом представлении все продукты кодирования классифицируются по наличию того или иного азотистого основания в кодирующих их триплетах. Всех оснований в коде 192 (48 С , 48 Т , 48 А и 48 G ). Предлагается разделить эти продукты по наличию в их кодонах основания Т – с одной стороны, и трех других ( С , А и G ) – с другой. В этом случае возникает баланс между нуклонными массами боковых цепей и стандартных блоков аминокислот, который выражается как 222+ 999х10 = 222+ 999х10.

Рассмотрим подробнее еще одну таблицу кода 6060 61, основанную на совершенно иных принципах. Щербаком она приводится в виде кольца и иллюстрирует «общий естественный баланс универсального генетического кода». Мы, однако, представляем эту таблицу в виде линейной последовательности, поскольку «кольцевой пептид» – да еще такой длины в природе не встречается. Между тем, для нас важно выделить направление пептида, сохраняя и «конец», и «начало» внутри цепи. Константные части свободных аминокислот имеют массу 74, в то время, как в составе полипептида эта масса за счет поликонденсации снижается до 56. Вот почему мы представляем воображаемый минимальный полный пептид (МПП) генетического кода лишь как фрагмент некоего белка. Последовательность первых нуклеотидов является пермутацией упорядоченной по массе четверки ( CTAG ) – AGCT , сохраняющей исходную симметрию по комплементарности. Последовательность вторых нуклеотидов комплементарна (зеркально симметрична) последовательности первых: TCGA . Последовательность третьих нуклеотидов – пермутация последовательности вторых, но начинающаяся с пуринов ( GATC ) – в случае первых пуринов, и начинающаяся с пиримидинов ( TCGA ) – в случае первых пиримидинов. Именно такой порядок кодирующих МПП оснований соответствует реальному направлению кодирования – от стартового до терминирующего кодона:

В составе МПП пролин (выделен светло-серым) имеет реальные нуклонные массы своих частей – константной и вариабельной. Кроме того, в ней – как это имеет место в реальной клетке – полностью ионизированы аспарагиновая и глютаминовая кислоты и полностью протонированы аргинин и лизин. Что до гистидина, он в условиях клетки протонируется далеко не полностью, и его нуклонная масса остается в ней неизменной – 81.

Самой яркой чертой описываемого олигопептида является количественное равновесиенуклонных масс консервативных и вариабельных (боковых) частей составляющих его аминокислот: 3412 = 3412 . Между прочим, это равновесие – с небольшими отклонениями – воспроизводится практически для всех природных белков. В то же время для случайного набора аминокислот масса боковых цепочек превышает массу «хребта» из константных частей примерно на 12%.

Может показаться, что эти числа, которыми выражаются общие и равные друг другу нуклонные массы боковых частей и стандартных блоков МПП (то есть результат оцифровки продуктов кодирования ), ничем не примечательны. Во всяком случае, они не имеют вида n 111 , который до сих пор привлекал наше внимание. Однако, номера нуклеотидов упорядоченных по нарастанию молекулярных масс C , то есть 1234 (рациональность чего – для первых кодонных оснований – мы показали в Главе А ), пермутированные в составе первых оснований, кодирующих МПП ( 3412 ), странным образом соответствуют нуклонным массам обеих частей этого пептида, выраженным в десятичной системе счисления: 3412 = 3412 = 3412 . В порядке ещѐ одного – математического курьеза отметим, что десятичное число 1234 в семеричной системе счисления записывается как 3412 7 .

Рациональная организация кодирующей последовательности может, таким образом, указывать на ведущую роль первых триплетных оснований в симметриях кода. Снова и снова указывает она и на базовую роль молекулярных масс в организации не только кодирующих правил, но также и кодируемого продукта. Кроме того, она показывает возможность оцифровки не только кодируемых (как у Щербака), но и кодирующих элементов – и не только в терминах нуклонных масс, но также используя простую нумерацию.