Сергей Ястребов - От атомов к древу. Введение в современную науку о жизни

Кулаев И. С. Неорганические полифосфаты и их роль на разных этапах клеточной эволюции // Соросовский образовательный журнал. 1996. № 2.

Липман Ф. Современный этап эволюции биосинтеза и предшествовавшее ему развитие // Происхождение предбиологических систем. — М.: Мир, 1966.

Yamagata Y. et al. Volcanic production of polyphosphates and its relevance to prebiotic evolution // Nature , 1991, V. 352, 516–519.

Скулачев В. П. Эволюция биологических механизмов запасания энергии // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 5.

Энергия может передаваться от одного тела к другому и путем излучения, без непосредственного контакта между частицами, но для процессов, интересующих нас сейчас, это особого значения не имеет.

Романовский Ю. М., Тихонов А. Н. Молекулярные преобразователи энергии живой клетки. Протонная АТФ-синтаза — вращающийся молекулярный мотор // Успехи физических наук. 2010. Т. 180, 931–956.

Yoshida M. et al. ATP synthase — a marvellous rotary engine of the cell // Nature Reviews. Molecular Cell Biology , 2001, V. 2, 669–677.

Langen P., Hucho F. Karl Lohmann and the Discovery of ATP // Angewandte Chemie International Edition , 2008, V. 47, № 10, 1824–1827.

Skulachev V. P. Sodium bioenergetics // Trends in Biochemical Sciences , 1984, V. 9, № 11, 483–485.

Mulkidjanian A. Y., Dibrov P., Galperin M. Y. The past and present of sodium energetics: may the sodium-motive force be with you // Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Bioenergetics , 2008, V. 1777, № 7, 985–992.

Mulkidjanian A. Y. et al. Evolutionary primacy of sodium bioenergetics // Biology Direct, 2008a, V. 3, № 1, 13–22.

Quayle J. R., Ferenci T. Evolutionary aspects of autotrophy // Microbiological Reviews , 1978, V. 42, № 2, 251–273.

Pereto J. et al. Comparative biochemistry of CO 2fixation and the evolution of autotrophy // International Microbiology , 1999, V. 2, 3–10.

Скулачев В. П. Законы биоэнергетики // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 1.

Голубовский М. Д. Век генетики: эволюция идей и понятий. Научно-исторические очерки. — СПб.: Борей Арт, 2000.

Тут трудно не вспомнить популярный у биологов весьма реалистичный анекдот: «Инструкция по биохимическому опыту. Пункт первый. Подготовьте крысу к опыту. Пункт второй. Полученную кашицу…»

Корнберг А. Биохимия на рубеже веков // Химия и жизнь. 2002. № 12.

Haldane J. B. S. The origin of life // Rationalist Annual , 1929.

Lane N., Allen J. F., Martin W. How did LUCA make a living? Chemiosmosis in the origin of life // BioEssays , 2010, V. 32, № 4, 271–280.

Siebers B., Schonheit P. Unusual pathways and enzymes of central carbohydrate metabolism in Archaea // Current Opinion in Microbiology , 2005, V. 8, № 6, 695–705.

Martin W., Russell M. J. On the origin of biochemistry at an alkaline hydrothermal vent // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences , 2007, V. 362, № 1486, 1887–1926.

Weiss M. C. et al. The physiology and habitat of the last universal common ancestor // Nature Microbiology , 2016, V. 1, 16116–16122.

Herschy B. et al. An origin-of-life reactor to simulate alkaline hydrothermal vents // Journal of Molecular Evolution , 2014, V. 79, № 5–6, 213–227.

Sojo V., Pomiankowski A., Lane N. A bioenergetic basis for membrane divergence in archaea and bacteria // PLoS Biology , 2014, V. 12, № 8, e 1001926.

Bernhardt H. S., Tate W. P. Primordial soup or vinaigrette: did the RNA world evolve at acidic pH? // Biology Direct , 2012, V. 7, № 1, 4.

Диброва Д. В. и др. Системы Nа +/К +-гомеостаза как предшественники мембранной биоэнергетики // Биохимия. 2015. Т. 80. № 5, 590–611.

Dibrova D. V. et al. The role of energy in the emergence of biology from chemistry // Origins of Life and Evolution of Biospheres , 2012, V. 42, № 5, 459–468.

Djokic T. et al. Earliest signs of life on land preserved in ca. 3.5 Ga hot spring deposits // Nature Communications , 2017, V. 8, 15263.

Благодарю Михаила Никитина за то, что обратил на это мое внимание.

Keeling P. J. et al. The reduced genome of the parasitic microsporidian Enterocytozoon bieneusi lacks genes for core carbon metabolism // Genome Biology and Evolution , 2010, V. 2, 304–309.

Felix M. A. et al. Natural and experimental infection of Caenorhabditis nematodes by novel viruses related to nodaviruses // PLoS Biology , 2011, V. 9, № 1, e 1000586.

Suttle C. A. Viruses in the sea // Nature , 2005, V. 437, 356–361.

Weitz J. S., Wilhelm S. W. An ocean of viruses // Scientist , July 2013.

Baltimore D. Expression of animal virus genomes // Bacteriological Reviews , 1971, V. 35, № 3, 235–241.

Агол В. И. Разнообразие вирусов // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 4.

Кунин Е. В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.

На эту тему есть экспериментальные данные, показывающие, что запустить трансляцию прямо с ДНК в принципе можно, хотя далеко этот процесс не заходит и для синтеза полноценных белков он непригоден. Damian L. et al. Single-strand DNA translation initiation step analyzed by Isothermal Titration Calorimetry // Biochemical and Biophysical Research Communications , 2009, V. 385, № 3, 296–301.