Сергей Ястребов - От атомов к древу. Введение в современную науку о жизни

Аспиз М. Е. Об А. А. Нейфахе как об ученом // А. А. Нейфах — взгляды, идеи, раздумья. — М.: Наука, 2001, 114–118.

Кроме стоп-кодона существует еще и другой «знак препинания» — старт-кодон, с которого синтез полипептидной цепочки начинается. Обычно им является кодон аминокислоты метионина — АУГ. Таким образом, первым «кирпичиком», с которого начинает синтезироваться почти любой белок, служит метионин. Это, однако, не значит, что все белки обязательно начинаются с метионина, потому что он вполне может удаляться в ходе так называемой посттрансляционной модификации.

Здесь воспроизведена идея, которую высказал в сетевом обсуждении китайский биохимик Минь Чжоу: https://www.researchgate.net/post/Why_did_evolution_favor_ATP_and_not_GTP_TTP_or_CTP

Вот описание этого опыта, которое в данном случае будет лучше любого пересказа своими словами: «В экспериментах с бесклеточной системой Маршалл Ниренберг и Генрих Маттэи, исследовавшие активность различных препаратов РНК в роли матриц для белкового синтеза, в качестве контроля использовали синтетическую полиуридиловую кислоту (poly U), рассчитывая, что она не будет проявлять существенной матричной активности. К своему большому удивлению, они обнаружили, что poly U достаточно эффективно направляет синтез полифенилаланина. Более того, полифенилаланин оказался единственным полипептидом, синтезируемым в присутствии poly U. Из этих наблюдений непосредственно вытекало, что триплет UUU служит кодоном для фенилаланина. Вскоре аналогичным образом было установлено, что poly C направляет синтез полипролина, а poly A — полилизина, то есть CCC является пролиновым кодоном, а AAA кодирует лизин. К счастью, использованная в этих экспериментах бесклеточная система содержала повышенную концентрацию ионов магния, при которой (как выяснилось в дальнейшем) инициация синтеза полипептидной цепи происходит и в отсутствие инициаторного кодона AUG. Только поэтому вышеупомянутые синтетические матрицы и удалось использовать для аномальной инициации трансляции. Так, отчасти благодаря счастливой случайности, удалось сделать первые шаги на пути к полной расшифровке генетического кода». ( Кайгер Д., Айала Ф. Современная генетика. — М.: Мир, 1987. Т. 2. С. 76.)

Retallack G. J. et al. Problematic urn-shaped fossils from a Paleoproterozoic (2.2 Ga) paleosol in South Africa // Precambrian Research , 2013, V. 235, 71–87.

Кунин Е. В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.

Hussell T., Bell T. J. Alveolar macrophages: plasticity in a tissue-specific context // Nature Reviews. Immunology , 2014, V. 14, 81–93.

Малахов В. В. Основные этапы эволюции эукариотных организмов // Палеонтологический журнал. 2003. № 6. 25–32.

Раутиан А. С., Сенников А. Г. Отношения хищник — жертва в филогенетическом масштабе времени // Экосистемные перестройки и эволюция биосферы. 2001. Вып. 4, 29–46.

Danovaro R. et al. The first metazoa living in permanently anoxic conditions // BMC Biology , 2010, V. 8, № 1, 30.

Joseph R. The origin of eukaryotes: Archaea, bacteria, viruses and horizontal gene transfer // Journal of Cosmology , 2010, V. 10, 3418–3445.

Кунин Е. В. Логика случая — М.: Центрполиграф, 2014.

Yutin N. et al. The origins of phagocytosis and eukaryogenesis // Biology Direct , 2009, V. 4, № 1, 9.

Muller F. et al. First description of giant Archaea (Thaumarchaeota) associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat // Environmental Microbiology , 2010, V. 12, № 8, 2371–2383.

Pittis A. A., Gabaldon T. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry // Nature , 2016, V. 531, 101–104.

Baum D., Baum B. An inside-out origin for the eukaryotic cell // BMC Biology , 2014, V. 12, № 1, 76.

Baum D., Baum B. The world in a cell // New Scientist , 2015, V. 225, № 3008, 28–29.

Albers S. V., Meyer B. H. The archaeal cell envelope // Nature Reviews. Microbiology , 2011, V. 9, 414–426.

Хороший обзор гипотезы Баумов на русском языке: https://postnauka.ru/faq/35994

Bell P. J. L. Viral eukaryogenesis: was the ancestor of the nucleus a complex DNA virus? // Journal of Molecular Evolution , 2001, V. 53, № 3, 251–256.

Takemura M. Poxviruses and the origin of the eukaryotic nucleus // Journal of Molecular Evolution , 2001, V. 52, № 5, 419–425.

Abedin M., King N. Diverse evolutionary paths to cell adhesion // Trends in Cell Biology , 2010, V. 20, № 12, 734–742.

Szymona M., Ostrowski W. Inorganic polyphosphate glucokinase of Mycobacterium phlei // Biochimica et Biophysica Acta (BBA), Specialized Section on Enzymological Subjects , 1964, V. 85, № 2, 283–295.

Hug L. A. et al. A new view of the tree of life // Nature Microbiology , 2016, V. 1, 1–6.