Вячеслав Тарантул - Геном человека - Энциклопедия, написанная четырьмя буквами

Так были построены первые генетические карты генома человека, на которых первоначально были отмечены различные генетические маркеры, отстоящие друг от друга на расстоянии не более 2 миллионов нуклеотидных пар (млн. н. п.).

Затем были составлены физические карты хромосом: первоначально с разрешением 0,1 млн. н. п., а затем 0,001 млн. н. п. Для этой цели на первом этапе применяли методы окрашивания хромосом и гибридизации с хромосомами in situ . И лишь позднее использовали рестриктазы. С помощью этих удивительно точно работающих ферментов «дробили» ДНК по строго определенным участкам на миллионы перекрывающихся между собой по нуклеотидной последовательности фрагментов, «разбирали» каждый из них по отдельности, после чего из них «склеивали» оригинал. «Склеивание» проводили на основании перекрывания фрагментов по нуклеотидной последовательности. Так постепенно шли все выше и выше. Поэтому данная стратегия получила название «снизу вверх». Со всей очевидностью можно сказать, что решалась грандиозная по масштабам и сложности задача. И решить ее ученые смогли только с помощью суперкомпьютеров. В результате были созданы физические карты разных областей ДНК и целых хромосом, состоящие из последовательно перекрывающихся друг с другом фрагментов. Набор таких «родственных» фрагментов получил название контиг(рис. 16).

А далее наступила очередь секвенирования отдельных рестрикционных фрагментов. Это привело в конечном итоге к построению секвенсовых карт, на которых степень разрешения была доведена до своего максимального значения. Если 20 лет назад расшифровка нуклеотидной последовательности ДНК длиной 1000 п. н. считалась большим научным достижением (за это можно было сразу получить степень доктора наук), то уже к 1990 году секвенирование ДНК стало массовой технологией. А сейчас квалифицированный лаборант проделывает такую работу всего за несколько часов.

После появления эффективных методов секвенирования ДНК и нескольких стратегий использования этого метода стал стремительно нарастать вал расшифрованных нуклеотидных последовательностей, в первую очередь таких простых организмов, как вирусы, а также отдельных клонированных фрагментов ДНК различных видов высших организмов. Так, еще в конце 1970-х годов была расшифрована структура первого живого объекта — вируса бактерий — бактериофага, обозначаемого как φΧ 174, имеющего длину 5386 п. н. Затем последовала очередь других.

В конце 80-х гг. были начаты крупные международные проекты, целью которых было полное секвенирование геномов бактерий, грибов, дрожжей, дрозофилы, мыши, пшеницы, человека и др. Первоначально была определена первичная структура ДНК микроорганизмов с размерами генома до 20 млн. п. н., к концу 1998 г. их число составило уже 18 (см. табл. 2). Наименьший размер генома у свободно живущих организмов (например, у бактерии Mycoplasma genitalium ) составляет лишь около 600 000 п. н. У этой бактерии содержится всего 500 генов, причем 150 из них (если их удалять по одиночке) никак не влияют на её жизнеспособность. Так возникло предположение, что элементарная «машина жизни» теоретически должна работать при наличии всего лишь 350 генов.

Первые объекты для секвенирования были выбраны неслучайно. Большинство из этих микроорганизмов (архебактерии, спирохеты, хламидобактерии, кишечная палочка, возбудители пневмоний, сифилиса, гемофилии, метанобразующие бактерии, микоплазмы, риккетсии, цианобактерии) способны вызывать различные патологии у человека. В настоящее время многие из этих проектов уже завершены; исследовано свыше 800 полных клеточных геномов микоплазм, архебактерий, кишечной палочки, возбудителей ряда болезней человека, а также пекарских дрожжей, маленького червя-нематоды, дрозофилы и весьма интересного в практическом плане растения арабидопсиса. Весьма вероятно, что истинное число секвенированных к настоящему времени геномов гораздо больше, потому что многие фармацевтические фирмы засекречивают свои результаты, не публикуя их в открытой печати.

Таблица 2. Некоторые микроорганизмы, геномы которых полностью секвенированы к настоящему времени

И вот дошла очередь до расшифровки сокровеннейшей тайны человека — ДНКового текста его генома, который некоторые называют Книгой жизни или Энциклопедией человека.