В 1942 году закончился срок владыки Геронтия, и он возвратился в Стрельниково, где прожил год, занимаясь восстановлением Костромской и Ярославской епархии. В 1943 году святитель был приглашен в Москву и назначен помощником архиепископа.
В мае 1945 года он вместе с владыкой Иринархом и о. Василием Королевым направил поздравительную телеграмму Сталину: «Слава о знаменательной победе вашей не померкнет во веки, и будущие поколения с гордостью будут вспоминать об этих днях русской славы».
В 1944 году старообрядческая Архиепископия получила разрешение на выпуск церковного календаря на 1945 год. Подготовкой издания занялся владыка Геронтий. Он надеялся, что затем власти разрешат выпуск и другой духовной литературы (например, журнала), а также позволят открыть курсы для подготовки священников. К сожалению, этим надеждам не суждено было осуществиться.
Выход календаря стал заметным событием церковной жизни, вызвавшим интерес даже у староверов-эмигрантов. В сентябре 1946 года владыка Иринарх получил из Белграда письмо от Дмитрия Васильевича Сиропсина, бывшего городского главы Нижнего Новгорода, богатейшего пароходчика и щедрого благотворителя, немало помогавшего Старообрядческой Церкви в начале XX века. Сироткин, приветствуя выход календаря, радовался, что увидело свет «такое богатое и полезное издание».
В январе 1950 года Дмитрий Васильевич, одинокий, старый и тяжелобольной, снова писал в Москву, на этот раз владыке Геронтию. Сироткин сетовал, что в Белграде мало староверов, нет священника, не к кому обратиться для исповеди и причастия. Бывший «владелец заводов, газет, пароходов» прбсил епископа научить, «как поступить в случае смерти».
Но в это время ухудшились отношения между СССР и Югославией, посему владыка, не желая быть заподозренным в сношениях с Белградом, написал секретарю Архиепископии: «На мое имя и мне прислано и получено письмо от Дмитрия Васильевича Сироткина из-за границы, из Белграда. Я никогда не имел и не имею переписки с людьми, находящимися за границей. На означенное письмо отвечать не желаю и не буду».
После войны Церкви наконец-то удалось пополнить епископат. В1945 году был рукоположен епископ Иосиф (Моржаков), на следующий год — епископ Вениамин (Агальцов), а в 1948 году — епископ Флавиан (Слесарев).
В 1947 году власти вернули верующим храм-колокольню на Рогожском кладбище, отобранный в 1933 году, где теперь совершались ежедневные богослужения. А в 1949 году в распоряжение Архиепископии перешла бывшая часовня для отпевания покойников. Она была отремонтирована, и сюда переехал архиепископ со своими помощниками. До этого им приходилось ютиться на паперти бывшего единоверческого Никольского храма.
Постоянным и неутомимым участником всех церковных дел был епископ Геронтий. В 1949 году он написал воспоминания — беспристрастное свидетельство о той эпохе. О себе святитель записал: «Из лагерей и Костромы он прибыл в полном здравии, только в Костроме пришлось вставить новые зубы. А в Москве за шесть лет потерял зрение: вместо двух глаз остался один со зрением не более 50 процентов. За это время пришлось немало поболеть всякими болезнями. Врачебные исследования свидетельствовали, что это сказалось десятилетнее пребывание в лагерях. Но за все слава Богу! Но очень жаль, что мало, очень мало сделано. Нужно было бы сделать больше, но немощь, слабость и суета жизни немало отняли времени в безделье, за что строго придется отвечать перед Богом».
В октябре 1950 года архиерей заболел воспалением легких. Перенеся две сложнейшие операции и чувствуя приближение смерти, он взялся за составление духовного завещания, исполненного христианской любви и житейской мудрости. Оно будет вечным напоминанием о владыке Геронтии, скончавшемся 25 мая 1951 года.
До сих пор завещание святителя не потеряло своего значения — через десятилетия слышится глас истинного пастыря: «Помните, дорогие, что мы веруем во Св. Соборную и Апостольскую Церковь, Церковь Христову, и прибываем в той правой старой вере, в которой были св. угодники Божии, почему нас в отличие от других и называют староверами. И мы содержим те св. предания и старые обряды, в каковых пребывали все угодники Божии нашей страны. Вот поэтому нас и называют старообрядцы. Наши предки за эту св. старую веру и за св. предания и старые обряды терпели неисчислимые муки и тысячи их были убиты и пролили свою св. кровь за правоверие… Слезно умоляю и сердечно завещаю вам, твердо и неизменно соблюдайте святую правую веру нашу, ибо она есть истинная. Счастливы вы, что пребываете в ней».
Читать дальше