Другие факторы, которые нужно принимать во внимание при сравнении результатов разных исследований: методы хранения проб; методы экстракции ДНК из образцов кала; какие именно фрагменты генома рассматриваются для идентификации; какой именно аппарат используется для секвенирования ДНК; какое программное обеспечение используется для анализа данных, и даже точные установки этих программ [174] C. A. Lozupone et al. “Metaanalyses of Studies of the Human Microbiota,” Genome Research 23, no. 10 (October 2013): 1704–14.
[175] Hamady and Knight, “Microbial Community Profiling for Human Microbiome Projects.”
[176] Z. Liu et al., “Accurate Taxonomy Assignments from 16S rRNA Sequences Produced by Highly Parallel Pyrosequencers,” Nucleic Acids Research 36, no. 18 (October 2008): e120.
[177] Z. Liu et al., “Short Pyrosequencing Reads Suffice for Accurate Microbial Community Analysis,” Nucleic Acids Research 35, no. 18 (September 2007): e120.
. Чтобы не упустить возможные слабые влияния, необходимы высокие стандарты методов.
Если все это звучит сложно, то это потому, что микробиом – сложная штука. И поэтому его исследование требует вдумчивого и взвешенного подхода. Об этой сложности стоит вспоминать всякий раз, когда вы слышите головокружительные заявления по поводу микробиома или вам предлагают простые решения по его улучшению и исправлению. В таких случаях не забывайте спрашивать: а кто это утверждает и откуда он или она это знает?
В конце концов, вы же не станете доверять ученому-ракетчику, обещавшему доставить вас на Марс, если он даже не сможет сказать вам, на каком расстоянии находится Красная планета!
Я хотел бы выразить признательность многим сотрудникам моей лаборатории, среди которых Дэниел Макдональд, Джастин Дебелиус, Джессика Меткалф, Эмбриетт Хайд, Люк Урселла, Амнон Амир, Уилл Ван Треурен и Дана Уиллнер; своим коллегам по микробиомным проектам, в том числе Джайрам Ванамала, Марти Блейзеру, Марии Глории Домингес-Белло, Эду Йонгу, Рут Лей, Саркизу Мазманьяну, Дэну Найту, Греуг Капорасо, Джеку Гилберту, Оуэну Уайту, Питеру Дорештейну, Николаусу Корреллу, Аджай Шатрия, Андреа Эдвардсу и Дон Филд.
Мои родители Эллисон и Джон Найт, моя подруга Аманда Бирмингем также внесли ценный вклад в эту книгу и особенно в события, участниками которых они стали, и я отдельно хотел бы поблагодарить Аманду и нашу дочь Элис за их терпение и поддержку. Мои коучи из программы TED Майкл Вайц и Абигейл Тененбаум очень помогли мне при подготовке лекции и этой книги. Их взгляд со стороны оказался очень полезен. Они, а также Крис Андерсон, Джун Коэн и остальные участники команды TED действительно научили меня по-новому общаться с публикой.
Мишель Квинт, Майкл Бехар и Грейс Рубинштейн помогли книге преодолеть финишную черту. Меня вдохновляли мои примерно 800 коллег (если верить моему списку “Возможные конфликты интересов” в Национальном научном фонде), особенно Джеффри Гордон, студенты и сотрудники лаборатории, коллеги по BioFrontiers в Боулдере, которые создавали мне щадящие условия в работе по другим проектам, пока я писал эту книгу.
В финансировании наших работ участвовали такие организации, как Медицинский институт Говарда Хьюза, Национальные институты здравоохранения (включая проект “Микробиом человека”), Национальный научный фонд, Министерство энергетики США, Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства (НАСА), Национальный институт юстиции (НИЮ), американо-израильский Межнациональный научный фонд, фонды В. М. Кека, Альфреда П. Слоуна, Джона Темплтона, Джейн и Чарли Батчер, Колорадский центр биотоплива и биоресурсов, Американский фонд борьбы с болезнью Крона и колитом, фонды Билла и Мелинды Гейтс, Гордона и Бетти Мур, а также тысячи представителей общественности.
Все ошибки и неточности, конечно, на моей совести, хотя в написании книги активное участие принимал Брендон.
Следует отметить, что последний доклад Американской академии микробиологии снижает это соотношение до 3:1 в основном за счет увеличения числа подсчитанных клеток человека. Но в любом случае численный перевес на стороне микробов. См.: http://academy.asm.org/index.php/faq-series/5122humanmicrobiome.
Доступно онлайн: проект “Гутенберг”, www.gutenberg.org/files/1228/1228-h/1228-h.htm.
N. O. Verhulst et al., “Composition of Human Skin Microbiota Affects Attractiveness to Malaria Mosquitoes,” PloS One 6, no. 12 (2011): e28991.
E. A. Grice et al., “Topographical and Temporal Diversity of the Human Skin Microbiome,” Science 324, no. 5931 (May 29, 2009): 1190–92; E. K. Costello et al., “Bacterial Community Variation in Human Body Habitats Across Space and Time,” Science 326, no. 5960 (December 18, 2009): 1694–97.
Читать дальше
Конец ознакомительного отрывка
Купить книгу