Александр Бубнов - Коронавирус - всё что нужно знать

Белок-шип (S-белок) очень большой, это цепь из 1273 пептидов, скрученная и перевитая. Его головная часть служит, фигурально выражаясь, отмычкой от замка в клетку человека. За изменениями этой отмычки ученые наблюдают особенно тщательно, поэтому их сразу насторожила мутация N501Y. Всего лишь замена одной аминокислоты на другую – но вирус стал более заразным.

Еще одна мутация – P681H – обнаружена в том месте, где расщепляется белок. Само по себе это расщепление – новация SARS-CoV-2. Считают, что она делает патоген более вирулентным. К чему приведет ее изменение, еще предстоит выяснить.

Третье значимое изменение – делеция 69-70, удаление шести оснований в гене, кодирующем аминокислоты 69 и 70. Как выяснилось, это сбивает с толку некоторые ПЦР-тесты, в частности системы TaqPath фирмы ThermoFisher Scientific – их широко используют в Великобритании. Они дают положительный результат, если в образце обнаружены сразу три следа возбудителя – из белка-шипа, нуклеокапсидного белка (внутренняя оболочка вируса) и неструктурных белков. Делеция 69-70 приходится как раз на тот участок, который анализирует тест, поэтому результат получается ложноотрицательным.

Однако этот «прокол» тест-систем британцы обернули в свою пользу. Поскольку в 99,6 процента случаев ложноотрицательный результат совпадает с делецией 69-70, а она, в свою очередь, служит маркером VOC-202012/01, то по числу тестов можно буквально в реальном времени следить за распространением нового варианта возбудителя. Сейчас он доминирует в Великобритании и быстро идет по миру.

Отслеживая контакты зараженных этой версией коронавируса, ученые выяснили: скорость распространения у нее на 25-40 процентов выше, чем обычно. И риск смерти больше в 1,65 раза.

Мутации в спайк-белке. Синие – найдены более ста раз, серые – менее ста раз, розовые – в сайтах гликозилирования, желтые – мутации на участке, цепляющемся за мембрану клетки. Зеленая спираль – человеческий рецептор ACE2.

Что касается мутации, зафиксированной в Дании, то всего было выявлено пять кластеров норковых вариантов SARS-CoV-2. Датский государственный институт сывороток (SSI) определил их как кластеры 1-5. В кластере 5, также называемом SSI как ΔFVI ‑ spike , было подтверждено несколько различных мутаций в спайковом белке вируса. Специфические мутации включают 69-70deltaHV (делеция остатков гистидина и валина в 69-м и 70-м положениях в белке), Y453F (изменение тирозина на фенилаланин в положении 453, внутри рецептор-связывающего домена спайкового белка), I692V (изолейцин на валин в положении 692), M1229I ( метионин на изолейцин в положении 1229) и неконсервативная замена S1147L. Связанные с норкой мутации, которые частично напоминают мутации, обнаруженные в Дании, хотя и являются частью отдельной геномной группы, известны в Нидерландах.

Текст предоставлен ООО «ЛитРес».

Прочитайте эту книгу целиком, на ЛитРес.

Безопасно оплатить книгу можно банковской картой Visa, MasterCard, Maestro, со счета мобильного телефона, с платежного терминала, в салоне МТС или Связной, через PayPal, WebMoney, Яндекс.Деньги, QIWI Кошелек, бонусными картами или другим удобным Вам способом.