Возвращение подготовили без спешки. Прежде всего, отправили казаков на разведку, и лишь получив донесение, что маньчжуры дотла сожгли все строения, но не тронули посевов, собрались в дорогу. В конце августа Толбузин и служилый немец А.И. Бейтон во главе 669 человек при трех железных и пяти медных пушках прибыли на пепелище Албазина. Собрали с полей урожай и взялись за восстановление острога. До зимы успели возвести новые стены, на этот раз двойные, засыпанные в промежутке землей и обмазанные снаружи глиной, срубить дома, амбары. Жизнь постепенно возвращалась в прежнее русло. Но в феврале 1686 года слух о возрождении Албазина достиг ушей императора Канси, и он повелел Лантаню истребить русских там, а затем и в Нерчинске. Из Нингуты, Гирина и других городов были двинуты около 5000 человек при 40 пушках. Руководил операцией цзянцзюнь Сабсу. В июле эта армия стала лагерем под албазинскими стенами. Началась вторая осада, с обстрелами, вылазками, голодом, болезнями, потерями. Не прошло и двух месяцев, как погиб Толбузин. Командование обороной принял на себя Бейтон. Ему удалось продержаться почти полгода, вынудив маньчжуров перейти от осады к столь же долгой блокаде. И хотя от 830 защитников острога к маю 1687 года осталось всего 66 человек, взять Албазин маньчжуры так и не сумели.
Сознавая недостаток военных сил на востоке Сибири, царское правительство надеялось добиться дипломатического урегулирования конфликта. После первого же разорения Албазина из Москвы с грамотой, в которой от имени царей Петра и Ивана китайскому императору предлагалось отвести войска от острога и начать переговоры о разграничении, были отправлены подьячие Н. Венюков и И. Фаворов. Государевым уполномоченным для ведения переговоров назначили стольника Ф.А. Головина, а местом их проведения — Селенгинск, который, однако, пришлось переменить па Нерчинск из-за угрозы со стороны халхинских монголов. Получив конвой в 500 казаков полковника Ф. Скрипицына и присоединяя по дороге тобольские и енисейские стрелецкие и драгунские полки, Головин отправился в Сибирь. На пути к Амуру он встретил возвращавшихся из Пекина Венюкова и Фаворова и узнал, что они достигли соглашения о прекращении блокады Албазина, правда, ценой обязательства не позволять сбор ясака с приамурского населения. Тем не менее, цинское правительство, ещё недавно полное решимости отбросить русских к Якутску, о чём свидетельствовал февральский 1685 года указ императора Канси, под впечатлением стойкой обороны албазинцев явно умерило свои притязания.
В сентябре 1687 года посольство прибыло в Удинский острог, где Головину пришлось задержаться, чтобы организовать оборону от набега одного из властителей Халхи — Тушету-хана. В начале 1688 года стрельцы нанесли поражение монголам под Удинском, а в марте, при помощи бурят, отбросили их и от Селенгинска. Однако обстановка в Забайкалье и после этих побед оставалась тревожной: к югу от Удинска собиралось враждебное русским ополчение табунитских тайшей. Поэтому Головин двинул против них свои войска и в сентябре разбил, побудив некоторые табунитские и бурятские роды принять российское подданство. Вместе с тем, неизбежные потери в боях снизили число головинских стрельцов и казаков. К Нерчинску же направлялось цинское посольство во главе с сановником Сонготу, сопровождаемое войском, численностью свыше 5000 человек, иод командованием Лантаня и Сабсу. 17 июля 1689 года посольский караван с конвоем из 800 отборных солдат появился в окрестностях острога. Спустя три недели, 9 августа, в Нерчинск приехал и Головин.
На согласование протокола, места переговоров, численности эскорта ушли два дня, и 12 августа стольник встретился с Сонготу. В свите маньчжура особую роль играли иезуиты, француз Ф. Жербийон и португалец Т. Перейра, выступавшие в роли советников и переводчиков, так как переговоры велись на латыни. Поначалу цины заявили претензию на всю территорию по левому берегу Амура и его притоков до Байкала и «хребта Носсы» (видимо, Станового), включающую не только Албазин, но и Нерчинск. Однако Головин отказался даже обсуждать этот вариант, настаивая на границе по Амуру. Лишь переход на сторону маньчжуров более 2000 бурят и онкотов, а также угроза нападения цинского войска, превосходящими силами окружившего Нерчинск, заставили Головина предложить в качестве рубежа ближайшую к реке с севера горную цепь. Но посланцы Дайцинской империи на это не согласились. Впрочем, они также сделали шаг навстречу российской делегации, выдвинув проект границы по реке Аргунь, верховьям левого притока Шилки — Горбицы и далее — от «вершины скалы или каменной горы» в её истоках до моря, который и стал окончательным. 29 августа 1689 года Нерчинский договор, на полтора столетия определивший основы российско-китайских отношений, был подписан.
Читать дальше