Считается, что уже в 1622 году монахи-иезуиты все-таки появились в городе над Неманом, чтобы воспользоваться фундацией Станислава Касабудского (Stanisław Kossobudzki) который якобы погиб на войне с турками. Авторы в публикациях называют Станислава старостой Гродно, но его имя отсутствует в списке людей, занимавших эту должность.
Первоначально иезуиты якобы жили в доме Мосальского. Первые годы они действовали при Фаре. Считается, что они служили в часовне Халецких, пристроенной к фарному храму.
Долгое время данные о завершении строительства собственной иезуитской церкви в 1663 году считались абсолютно точными, пока не были поставлены под сомнение Ежи Пашендой, который указывал на то, что предполагаемый строитель храма – епископ смоленский Франтишек Далмат Исаковский, умер в 1654 году, сбежав из Смоленска, на который наступали московские войска. Даты постройки храма в 1647 и 1667 годах появляются в литературе, согласно Пашенде, благодаря конституциям сейма, которые утверждают фундации иезуитом. Однако следует отметить, что неучастие Исаковского в завершении строительства костёла не опровергает утверждение о строительстве иезуитского храма в 60-х годах XVII века.
Конституция Сейма 1647 года указывает на то, что храм иезуитов ещё не построен: « должны быть построены церковь и коллегиум…» Ревизия гродненской экономии от 1650 года, перечисляет здания иезуитов, но не упоминает костёл. Все это позволяет с определённой уверенностью утверждать, что в 1650 году в Гродно ещё не было иезуитского костёла. Но уже в 1654 году один из иезуитов был упомянут под названием praefectus fabricae templi, что можно перевести как «глава храмовой фабрики», то есть начальник строительства. Вот к этому периоду и можно отнести начало строительства иезуитов в Гродно.
Основатель ордена иезуитов Игнатий Лойола.
Однако московские рати уже приближалась к городу. Вскоре они захватили Гродно, помешав планам отцов-иезуитов. Кровавая война Московского государства и Речи Посполитой повлияла на город самым негативным образом. Гродно был очень сильно разрушен.
После окончания главной фазы боевых действий, в начале 60-х годов XVII века, иезуиты смогли вернуться к строительству в Гродно. В 1664 году, в храм была принесена чудотворная икона Божией Матери Снежной, которая и теперь украшает иезуитский костёл Франциска Ксаверия. Значит, к этому году храм уже должен был быть построен. В 1666—1667 годах к костёлу пристроили каменный пресбитерий. В завещании Юрия Михаила Бяницкого, сделанном в 1663 году, есть просьба похоронить его в иезуитской церкви в Гродно. В документах епископа Гродненского Варфоломея Вышамерского указывается, что костёл действовал в 1663 году. Таким образом, можно утверждать, что храм иезуитов действительно был построен в период с 1663 (если взять шире, то 1662) до 1667 года. Можно предположить, что в документах ошибочно указана не дата постройки – 1663 год, а только имя Франтишка Исаковского, который к тому времени уже умер. Само указание на возведение храма в 1663 году представляется достоверным, поскольку существование храма в 60-х годах XVII века подтверждается другими документами. Правдивой выглядит и информация, данная в визитации храма 1820 года, о строительстве в 1663 году именно каменного костёла. Существование деревянной иезуитской церкви в первой половине XVII века ставится под сомнение польским исследователем Пшемыславом Боровиком.
В 1673 году сейм, собравшейся в Варшаве, утверждает решение о проведении сеймов в Гродно, таким образом превращая город во вторую политическую столицу страны. Иезуиты, стремившиеся иметь наиболее превосходные храмы в главных городах Речи Посполитой, решают построить в Гродно более значительный храм. В 70-х годах XVII века (1678 году, согласно Ежи Пашенде) началось строительство нового храма, неподалёку от уже построенного костёла. Новый храм иезуитов, это существующий сейчас костёл Св. Франциска Ксаверия, который был освящён в 1705 году.
Итак, вот предполагаемая хронология строительства иезуитских храмов в Гродно:
1.Другая половина XVI века (1579—1586 Е. Квитницкая, 1584—1587 Е. Пашенда) – строительство Стефаном Баторием иезуитского храма, позже известного как Фара Витовта. Иезуиты не приняли храм.
2. Первая половина XVII века (1622 г.) – появление в Гродно иезуитов.
3. 20-30-е годы XVII века – гипотетическое сооружение деревянной церкви (часовни).
Читать дальше