В 1856 г. Ценковский напечатал свою докторскую диссертацию «О низших водорослях и инфузориях». Эта работа, как и последующие труды Ценковского, пролила совершенно новый свет на эту малоизвестную и темную тогда область живой природы. Ценковский проследил развитие целого ряда простейших организмов. Ему удалось доказать при этом, что многие формы, описанные ранее как отдельные организмы, представляют собою лишь ступени развития одного и того же организма. Молодой ученый установил родственные отношения между отдельными группами простейших. Более того, ему удалось убедительно показать, что между двумя мирами — растениями и животными — на низших ступенях жизни нет резких границ. Имеется ряд форм, которые являются как бы переходными между животными и растениями. При этом Ценковскому пришлось выдержать немалую борьбу со старыми учеными, которые решительно восставали против этого взгляда, роднящего между собой две области, считавшиеся совершенно изолированными.
Но работы Ценковского благодаря его тщательности, настойчивости и исключительной научной добросовестности скоро оправдали себя и заслужили ему славу выдающегося ученого далеко за пределами нашей родины. Современники отзывались о Ценковском как о крупнейшем европейском протистологе.
В течение своей жизни Ценковский изучил множество разнообразных организмов — растительных и животных. Он занимался преимущественно низшими водорослями, также грибками, инфузориями. Он проследил развитие у многих зеленых водорослей, изучал морских радиолярий, причем выяснил, что они живут в симбиозе с водорослями — зооксантеллами, которые находятся внутри радиолярий в виде так называемых «желтых клеток», прекрасно описал интересный одноклеточный организм — ночесветку, от присутствия которого в массе зависит явление свечения моря, и т. д.
Будучи эволюционистом до Дарвина, Ценковский проводил в своих работах мысль о генетической (родственной) связи различных групп организмов, о происхождении высших форм от низших и даже об отдаленном родстве животного мира с растительным. В его научных работах эти взгляды высказаны в форме, понятной лишь для специалистов. Но он излагал эти идеи и в более доступной форме на своих лекциях для студентов и даже для широкой публики. Сохранился документ, вполне ясно показывающий, что Ценковский выступал с публичной проповедью трансформизма на своих лекциях, прочитанных им в Петербурге в здании Пассажа в 1858 г., т. е. за год до появления известной книги Дарвина. В числе слушателей Ценковского был студент-медик Эдуард Брандт, впоследствии известный зоолог, профессор Военно-медицинской академии. Брандт очень подробно записал эти публичные лекции Ценковского, которые имели большой успех и привлекали много публики. Запись Брандта сохранилась в его библиотеке и была в руках пишущего эти строки. Из нее видно, что Ценковский прочитал в 1858 г. пять лекций на тему о физиологии растений. На самом деле курс этот был гораздо шире его названия и касался в равной мере и ботаники, и зоологии. По существу это был курс общей биологии.
На первой лекции Ценковский доказывал, что современные научные исследования опровергнули неоспоримые прежде границы двух наук — ботаники и зоологии. «Мы увидели, — говорил Ценковский, — множество тел средних, которых мы не знали к которой из сих двух наук причислить». «Через них-то, — утверждал лектор, — и происходит неоспоримое слияние животного царства с растительным».
На второй лекции Ценковский разбирал вопрос о приостановке жизненных функций у растений и животных. При этом он подробно остановился на мысли о том, что в основе растительных и животных организмов лежит клетка: «Все, начиная от человека до инфузорий и от пальм до плесеней, — все состоит из первоначальной ячейки». Таким образом, Ценковский старался утвердить в умах слушателей мысль о единстве всего органического мира, в основе которого лежит та же самая строительная единица — клетка.
На третьей лекции Ценковский провел мысль о связи одноклеточных и многоклеточных организмов. Он рассматривал многоклеточных животных, таких, как гидра, как сложные колонии простейших жизненных единиц, а также такие организмы, как сифонофоры, как колонии отдельных неделимых, похожих на гидру. Тот же взгляд профессор на своей четвертой лекции перенес и на мир растений, рассматривая их как своего рода коллективные организмы с разделением труда между их отдельными членами. При этом лектор особенно подробно остановился на идее Вольфа и Гёте о том, что части растений — не что иное, как видоизмененные листья.
Читать дальше