В Отделении биологических наук были проведены важные организационные мероприятия, в том числе направленные на реорганизацию старых лабораторий и институтов и создание новых, среди которых следует отметить Институт радиационной и физико-химической биологии (ныне Институт молекулярной биологии) АН СССР, Институт химии природных соединений (ныне Институт биоорганической химии им. М. М. Шемякина) АН СССР. Ряд лабораторий был создан в других отделениях АН СССР, а также в Институте атомной энергии. Поддержку генетическим исследованиям решительно оказывало руководство Сибирского отделения АН СССР (в 1957 г. начал создаваться Академгородок).
Однако и на этом этапе истории лысенковщины продолжал действовать ряд факторов, которые в 30–40-х гг. привели к возникновению «феномена Лысенко». Политические и социальные условия изменились, но широкое внедрение сторонников Лысенко в административно-государственный аппарат, в учреждения науки и высшей школы привело к появлению определенных сил, заинтересованных в сохранении лысенковщины. Среди тех, кто боролся против лысенковщины, наиболее важными были группы учёных, представлявших фундаментальную и академическую науку, а также игравших весомую роль в развитии атомных, космических и оборонных комплексов в нашей стране.
В этой ситуации решающей для сохранения позиций Лысенко оказалась поддержка Н. С. Хрущева. В декабре 1958 г. в «Правде» была помещена критическая статья в адрес «Ботанического журнала» и в защиту Лысенко. Эта статья предшествовала критическим замечаниям, сделанным Хрущевым в адрес противников Лысенко. В результате 20 января 1959 г. Несмеянов, Топчиев и Энгельгардт на заседании Президиума АН СССР вынуждены были заявить, что они недооценили мичуринскую биологию, и обещали принять меры к исправлению сделанных ошибок. Энгельгардт был заменён на посту академика-секретаря Отделения биологических наук Н. М. Сисакяном, поддерживавшим Лысенко.
Однако сопротивление Лысенко и его сторонникам продолжало нарастать, несмотря на поддержку руководства. В партийных документах хотя и высказывалась поддержка линии Лысенко, но были введены указания на значение физики и химии для развития биологии. Двойственной была и позиция Хрущева: поддерживая Лысенко, он вынужден был поддерживать и его противников, поскольку очень уж явными были негативные последствия лысенковщины. Так, у Хрущева получил поддержку репрессированный в годы культа личности учёный, крупнейший специалист по кукурузе Н. Н. Кулешов.
Академия наук СССР продолжала оказывать поддержку институтам и лабораториям, развивавшим исследования в области экспериментальной биологии. Особенно энергично это делались в Сибирском отделении АН СССР, затем в научном комплексе в Пущино, позднее в Межфакультетской лаборатории молекулярной биологии и биоорганической химии им. А. Н. Белозерского в МГУ. Большую роль в этом сыграл А. Н. Несмеянов, подвергавшийся за это все более сильному давлению со стороны Лысенко, что сыграло определённую роль в смещении Несмеянова с поста президента АН СССР в 1961 г.
Однако в Академии наук СССР, в других организациях продолжало укрепляться понимание того, что Лысенко наносит огромный вред советской науке, сельскому хозяйству, экономике. Необходимо отметить также, что в среде советских философов нашлись силы, которые взяли на себя нелёгкий труд по разработке научных философских и методологических проблем современной биологии, прежде всего генетики. Наиболее видную роль в этом сыграли труды И. Т. Фролова, активно выступившего в конце 50-х гг. против лженаучного философствования, распространенного вокруг работ Лысенко. Его исследования в этой области суммированы в книге «Философия и история генетики. Поиски и дискуссии», вышедшей в 1988 г. в издательстве «Наука».
События приводили к необычным и смелым для тех времен формам протеста. Так, например, на выборах в АН СССР в июне 1964 г. была провалена кандидатура выдвигавшегося в академики Н. И. Нуждина, одного из одиозных сторонников Лысенко. Против его кандидатуры проголосовали 126 академиков, а поддержали лишь 20.
Восстановление в правах разгромленных направлений советской биологии началось в 1964 г. после октябрьского Пленума ЦК КПСС. В 1965 г. Лысенко был снят с поста директора Института общей генетики АН СССР. Лженаучная, основанная на подлогах и фальсификациях методика работы Лысенко была вскрыта на примере деятельности Экспериментальной научно-исследовательской базы АН СССР «Горки Ленинские», руководимой самим «народным академиком» (деятельность этой базы была изучена специальной комиссией Президиума АН СССР).
Читать дальше