Несмотря на это, действия запорожцев зачастую способствовали борьбе с общим врагом. Так в 1541 году, когда крымские татары отправились в поход на Москву, запорожские казаки организовали по дороге засаду. Когда татары переправлялись через реку Кайру, казаки напали на врага и захватили 250 коней. Не ожидавшие нападения крымчаки были вынуждены спешно вернуться в свои владения и отказаться от продолжения набега. В 1545 году, когда татары снова готовились к набегу на Россию, запорожцы расстроили их планы, внезапно появившись под стенами Очакова. Их нападение было внезапным и крайне успешным. Разгромив турецкий отряд, казаки захватили различные трофеи и благополучно вернулись в Сечь.
В 1556 году казацкий предводитель Дмитрий Вишневецкий заложил на острове Хортица в низовьях Днепра земляной «город». Он стал главной базой дальнейших операций запорожских казаков. Именно отсюда они направлялись вниз по реке для захвата турецкой крепости Ислам-Кермен. Захваченные там пушки были установлены на новых укреплениях. Крымский хан два раза ходил в походы против казаков, стремясь их выбить с острова, но только второй закончился удачно. Казаки, сидя в осаде, съели всех лошадей и прочую живность и только после этого покинули Сечь.
Впрочем, польские власти не слишком доверяли запорожским казакам, поскольку они продолжали поддерживать отношения с пограничным русским населением, а через них и с московскими властями. Поэтому неудивительно, что часть казаков, после смерти Дашковича, перешла в подданство Москвы. Инициатором перехода стал Дмитрий Вишневецкий, который отправил атамана Есковича с 300 казаками в Москву с предложением своих услуг Ивану IV.
Казаки были слишком хорошими воинами, чтобы от их услуг можно было легко отказаться. Поэтому в 1576 году при гетмане Богдане король Стефан Баторий пожаловал казакам хоругвь, бунчук, булавы, герб и выбрал из числа казаков старшин. Шесть тысяч казаков были занесены в специальные реестры, получая плату за воинскую службу. Однако количество желающих существенно превышало выделенные квоты, поэтому те, кто не попадал в реестр, устремлялись в низовья Днепра, за пороги, где занимались грабежом на границе. Так началось разделение казачества на реестровое и низовое, или вольное. Каждая из этих категорий казаков выбирала себе предводителя – гетмана, который должен был возглавлять их в военных походах и представлять во время дипломатических переговоров.
После смерти Стефана Батория в 1586 году и восшествия на престол Сигизмунда III запорожцы еще больше усиливают нажим на турецкие владения. В это время запорожское войско начинает быстро увеличиваться за счет населения центральных районов Украины. Это явление носило столь массовый характер, что польские власти были вынуждены в 1589 году издать универсал, запрещающий украинцам переселяться в низовья Днепра. Уличенного в грабежах местные власти должны были передавать суду для последующей публичной казни. Для выполнения этого закона были выделены особые чиновники, которые должны были следить за передвижениями в приграничье и доносить коронному гетману о действиях запорожцев. Как показала дельнейшая история, эти меры оказались крайне неэффективными.
В 1590 году Сигизмунд издает новый указ, согласно которому украинские гетманы должны были утверждаться лично королем. Кроме того, он ограничил число реестровых казаков до 6000 человек. Они не имели право совершать самовольные военные походы и заключать соглашения от своего имени. Для надзора за соблюдением этих условий король назначал своих чиновников. В последующие времена эти постановления будут неоднократно повторяться, но запорожцы их игнорировали.
В то же время, когда формировалось запорожское казачье войско, происходило формирование и донского. На южное пограничье Руси стекались толпы бедняков, которые стремились найти здесь вольное житье. Многие из них были преступниками, которые желали поживиться за счет богатых караванов, направлявшихся вниз по Волге и Дону. Сложно точно определить, когда появились первые казачьи поселения в низовьях Дона, однако изначально «вольница» собиралась в городке Раздоры, в 120 верстах от турецкой крепости Азов, на месте соединения Северского Донца с Доном. Казаки предпочитали селиться в укромных местах, в лесу или за болотом, на острове или между густыми камышами. На выбранном месте ставили частокол или плетень. Особых укреплений изначально не строили, жили в шалашах и полуземлянках. Поскольку жизнь была достаточно бедной, поселения казаков мало привлекали врагов.
Читать дальше