После изгнания немцев из Прибалтики советская военная контрразведка 3-го Прибалтийского фронта начала работу по ликвидации осевшей и вновь засылаемой немецко-эстонской агентуры. 25 августа 1944 года на участке 326-й стрелковой дивизии был задержан некто Андерсон, направленный немцами в ближний тыл советских войск с минами и взрывчаткой. 13 сентября явился с повинной бывший легионер СС диверсант Постий, сброшенный с самолета и снабженный взрывчаткой для проведения диверсий.
В октябре того же года была арестована группа агентов-диверсантов, питомцев Абверкоманды-204 и разведывательнодиверсионой школы в м. Ульброк. Группу возглавлял лейтенант Вермахта эстонец А.И. Роотс, член «Омакайтсе». Впоследствии были задержаны еще 14 человек.
В Таллине был арестован Л.М. Пернцалу, завербованный в конце 1943 года Абвером и прошедший подготовку в разведывательно-диверсионной школе в местечке Кейла-Юа.
На допросе арестованный показал, что вместе с ним в школе проходили курс обучения 22 эстонских диверсанта и 20 радистов во главе с сыном профессора Тартусского университета обер-юнкером СС Лепусом.
В конце 1944 года были ликвидированы несколько повстанческих групп. Четыре группы были созданы в Пярнусском уезде Ю.В. Экбаумом, агентом разведоргана «Динстштелле. Конрад.». Экбаум получил от «Конрада» большое количество оружия, боеприпасов, взрывчатки и продовольствия. Все это добро хранилось в нескольких оборудованных тайных складах.
В феврале 1946 года МГБ Эстонской ССР был арестован агент финской разведки Х.А. Кальюранд, переброшенный финнами в Эстонию для оседания. Вместе с ним были переброшены еще 13 человек. Почти все они были арестованы, некоторые погибли при захвате, оказывая сопротивление.
Сам Кальюранд с мая 1945 года проживал у своей любовницы в Таллине, сам замаскировавшись под женщину.
Активным поставщиком разведчиков и диверсантов для нужд немецкой армии на конечном этапе войны стало созданное в 1944 году «Истребительное подразделение СС Восток» (CC Ягдвербанд-Ост) и его отдел «Ягдайнзатц. Балтикум.», включавший в себя эстонское отделение под руководством штандартенфюрера СС эстонца Пуулинга. В октябре 1944 в г. Гогензальц, где размещался отдел, прибыла эстонская рота СС, поступившая в распоряжение органа.
Перед эстонцами были поставлены задачи, аналогичные тем, что предназначались для латышской группы диверсантов «Межа Кати». Регион ее деятельности ограничивался треугольником: г. Тервете, Петсери и озеро Пейпус. Командовал эстонской ротой диверсантов унтерштурмфюрер СС Густав Алуперс (Алупкре), ранее служивший в дивизии СС «Викинг» и удостоенный Железного Креста 2-й степени. Другие руководители группы ранее служили в 20-й эстонской добровольческой дивизии СС.
В отличие от Литвы и Латвии эстонское повстанческое движение было ликвидировано довольно быстро. Это дало повод некоторым СМИ уже в наше время озвучить версию о работе на советские спецслужбы Альфонса Ребане, благодаря чему якобы, и были ликвидированы все повстанческие группы в Эстонии, а национальная эмиграция находилась «под колпаком» Лубянки. Впрочем, аналогичные утверждения высказывались и в адрес создателя белорусских коллаборационистских формирований Франца Кушеля. Апофеоз же исторических выдумок пришелся на фигуру Власова, которого один бойкий автор объявил сотрудником Главного Разведуправления Генштаба, якобы выполнявшим особое задание в немецком тылу.
Воинские подразделения и части, формируемые немцами из числа мусульманских народностей СССР, находились на особом счету. Заигрывание с ними было обусловлено заинтересованностью немецкого руководства в национальном расколе Советского Союза и разложении Красной Армии, чем значительно облегчался доступ к богатым природным месторождениям нефти и других полезных ископаемых. В случае успеха немцы также получали союзников на Востоке, необходимых им для войны с Великобританией, завоевания Индии и Тибета. Кроме того, параллельно шло формирование подразделений из арабов, индийцев, тибетцев, создание марионеточных «правительств» в изгнании и «освободительных комитетов».
Большая роль отводилась эмигрантам из уроженцев советских республик Кавказа, Закавказья, Средней Азии и Поволжья.
Еще в годы Первой мировой войны в м. Вюнсдорф в 20 км от Берлина был создан крупный лагерь для военнопленных мусульман. Этот лагерь являлся центром подготовки мусульманских коллаборационистов из числа народов России и ряда колоний Англии и Франции.
Читать дальше