Органами госбезопасности велись дела по разработке пронемецкой агентуры под кодовыми названиями «Диверсанты» и «Гвардия». В рамках проводимых мероприятий была вскрыта подпольная национальная организация, связанная с ФЛА.
Были произведены аресты 7 членов, намечалось задержать еще 24 человека, однако время работало на противника.
О масштабах всего пронемецкого национального подполья в Прибалтике говорилось в документе соединения «Бранденбург-800»:
«Исходя из соображений секретности день начала операций этим группам (группам диверсантов. Ч.С.) не доведен.
Они получают общие указания, по прибытии на место приступить к выполнению поставленных задач, исходя из обстоятельств и по своему усмотрению. Для этих групп активистов назначены пароли: для литовцев…Дюнкирхен., для латышей…Деберитц., для эстонцев…Мюнхен… Однако имеются сомнения, что эти пароли везде и до всех доведены. Кроме этих паролей особо обученные специалисты по саботажу получили специальный опознавательный знак в виде ржаво-красного куска ткани размером с носовой платок с желтым круглым пятном в центре, который они должны предъявить представителям войск…
По данным руководителей, в настоящее время в каждом литовском населенном пункте существует такая группа. В Латвии и Эстонии такое же положение. В Литве и Латвии существуют две параллельные группы активистов под началом одного руководителя, с тем, чтобы в случае предательства в одной группе другая продолжала бы действовать. Эти группы организованы по системе треугольника, по которой каждый знает не более двух членов группы».
16 мая 1941 года наркомом госбезопасности СССР Меркуловым была подготовлена докладная записка НКГБ СССР № 1687/М в ЦК ВКП(б), к которой прилагалась копия проекта постановления о мероприятиях по очистке Литовской ССР от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента. Данный документ был согласован с секретарем ЦК ВКП(б) Литвы Снечкусом и представлен Сталину за подписью Л.П. Берии. На основании данного проекта было издано соответствующее постановление. Согласно ему, подлежали аресту с конфискацией имущества и направлением в лагеря на срок от 5 до 8 лет с последующей ссылкой на 20 лет следующие категории лиц:
1. активные члены контрреволюционных партий и участники антисоветских националистических белогвардейских организаций,
2. бывшие охранники, жандармы, руководящий состав бывших полицейских и тюремщиков, а также рядовые полицейские и тюремщики, на которых имелись компрометирующие материалы,
3. бывшие крупные помещики, фабриканты и крупные чиновники бывшего госаппарата Литвы, Латвии и Эстонии,
4. бывшие офицеры польской, литовской, латвийской, эстонской и белой армий, на которых имелись компрометирующие материалы.
Кроме вышеперечисленных категорий лиц подлежали направлению в ссылку в отдаленные районы СССР, сроком на 20 лет с конфискацией имущества члены их семей и иждивенцы, а также лица, прибывшие из Германии в порядке репатриации.
В Прибалтику был направлен нарком Меркулов и его заместители Серов и Абакумов. Помимо них для участия в операции были направлены 208 курсантов Высшей школы НКГБ СССР. литовцы, латвийцы и эстонцы по национальности. На все мероприятия отводилось три дня.
О результатах проведенной операции руководство НКГБ СССР рапортовало следующими цифрами: «…Бывших офицеров литовской, латвийской и эстонской армий, служивших в территориальных корпусах Красной армии, на которых имелся компрометирующий материал, арестовано. 933 человека, в том числе: по Литве. 285 человек, по Латвии. 424 человека, по Эстонии. 224 человека». Однако эти меры во многом уже запоздали.
С первых минут немецкого вторжения в СССР литовское подполье вступило в действие. Вооруженные легким оружием отряды националистов нападали на отдельные группы военнослужащих РККА и милицию, подавали сигналы немецким самолетам. Радиофицированная агентура передавала оперативную информацию. Среди коммунистической верхушки Литвы царила паника. По свидетельству очевидца тех событий: «Вместо того чтобы отступать организованно и в порядке вместе с действующей армией, эти руководители Литвы поспешили удрать на машинах первыми, а за ними потянулись милицейские органы, тем самым были развязаны руки контрреволюционным бандам в Литве и пятой колонне в целом во главе со сброшенными парашютными десантами. К тому же Каунас и вся Литва вообще в течение нескольких дней находились без гражданских властей. 23 и 24 июня контрреволюция организовала боевые дружины, привлекая гимназистов 5-го класса, они стали патрулировать и задерживать бежавшее население».
Читать дальше