Весной следующего, 1481 г. султан Мехмет II вознамерился лично возглавить новый поход турецкой армии на Родос. Собрав до 300 000 войска (если верить Орденским хроникам), султан направил их в Вифинию, с намерением посадить там на суда и двинуться на завоевание Родоса, но… по пути в Вифинию неожиданно умер «от колики»(?).
Его внезапная кончина дала Ордену госпитальеров желанную передышку.
В том же 1481 г. остатки родосских укреплений, уцелевшие после турецкого обстрела и штурма, были окончательно разрушены сильнейшим землетрясением. Согласно воспоминаниям очевидцев, Родос выглядел ужасно. Укрепления и большинство домов превратились в груды развалин.
Села были разорены и сравнены с землей, оливковые и плодовые деревья срублены, поля вытоптаны, скот угнан. Сильно поредевшее население острова буквально голодало.
Рыцари-монахи отреагировали на это в духе верности своим идеалам. Они служили мессы, постились, издавали указы, направленные против падения нравов. Госпитальеры освободили народ от налогов и податей и бесплатно раздавали населению зерно из орденских запасов. Были приняты меры по восстановлению сельского хозяйства, восстановлению фортификационных сооружений, административных зданий и частных домов.
Пока родосские рыцари пытались восстановить разрушенное во время осады и путем дипломатических переговоров (им удалось заключить союз с губернатором Икония, или Карамании), в Турции вспыхнула война между претендентами на султанский престол.
После смерти Мехмета II его два сына, старший — Баязид и младший — Джем, выступили в качестве претендентов на верховную власть. После жестокой, кровопролитной борьбы верх одержал Баязид, а Джем (поддерживавший связи с рыцарями Родоса еще в свою бытность губернатором Малой Азии) бежал на Родос. Великий Магистр Пьер д’Обюссон принял турецкого принца со всеми подобающими тому почестями, надеясь использовать его как постоянную угрозу для Баязида и гарантию ненападения турок на Орденское государство.
Старший брат принца Джема, Баязид, вошедший в историю как султан Баязид II, имел все основания опасаться, что Магистр госпитальеров и другие христианские государи помогут Джему завладеть троном. Посланника Баязида явились на Родос и потребовали от рыцарей выдать им беглого принца. Опасаясь за жизнь Джема, госпитальеры в сентябре 1482 г. переправили его с Родоса в Овернь, где и поселили — в качестве знатного заложника и одновременно — постоянной угрозы Баязиду. В том же 1482 г. Ордену удалось заключить с Баязидом мирный договор, взыскав с него вдобавок 40 ООО венецианских флоринов «на достойное содержание его царственного брата». Не желая ссориться с д’Обюссоном, султан Баязид II подарил Ордену родосских рыцарей величайшую святыню — десницу (правую руку) небесного покровителя Ордена — Святого Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.
В 1489 г. папа Иннокентий VII повелел госпитальерам доставить принца Джема в Рим, намереваясь использовать его для планировавшегося Ватиканом нового Крестового похода, в качестве «законного наследника турецкого престола, которому «франкские» крестоносцы якобы обещали вернуть престол, «незаконно» отнятый у него Баязидом! В свое время подобная тактика помогла участникам IV Крестового похода, под предлогом восстановления законных прав византийского царевича Алексия, отстраненного от престола собственным дядей, завладеть Константинополем в 1204 г. Но после неожиданной смерти Иннокентия VII новый папа, Александр VI Борджа, больше думавший о подчинении своей власти всей Италии, распорядился взять принца Джема под арест. Когда же папа Александр, честолюбивым планам которого не суждено было осуществиться, несмотря на все военные усилия и ухищрения его сына Цезаря Борджа, был побежден французским королем Карлом VIII, ограничившим светскую власть папы, принц Джем был доставлен ко двору короля Франции, намеревавшимся собственными силами претворить в жизнь идею прежнего папы о Крестовом походе на Константинополь под предлогом «восстановления Джема на прародительском престоле». Но и этому плану тоже не было суждено осуществиться. Турецкий принц внезапно скончался в военном лагере Карла Французского. Причина его смерти осталась неизвестной, хотя поговаривали об отравлении его, вследствие происков султана Баязида II, якобы уплатившего папе Александру Борджа — известному отравителю! — немалую сумму за ликвидацию Джема руками тайных папских агентов, каковых в стане французского короля было немало.
Читать дальше