В 1951 г. И. Сталин решил восстановить наркомат (теперь — министерство) ВМФ и вернуть Кузнецова к руководству флотом. Кузнецов стал военно-морским министром, ему повторно было присвоено звание адмирала, а затем и адмирала флота. После возвращения в Москву в сентябре 1951 г. Н. Г. Кузнецов представил Сталину обстоятельный доклад о необходимости начала работ по проектированию подводных лодок с атомными энергетическими установками (в США работы начались еще в 1947 г.), форсированию работ по реактивному (по терминологии того времени) вооружению, реализации других неотложных мер по повышению боеспособности флота. Однако добиться принятия по данным вопросам соответствующих постановлений ему не удалось. Сталин не стал ничего решать, ограничившись заслушиванием доклада на заседании членов правительства у себя на даче. «Вместе со своим докладом я был отдан в руки «тройки»: Булганин, Берия, Маленков. — вспоминал Николай Герасимович. — Вот здесь и нужно искать причины моих дальнейших злоключений. Булганин окончательно возненавидел меня. Находясь тогда в тесной дружбе с Хрущевым, он передал ему всю свою ненависть ко мне».
В 1953–1956 гг. Кузнецов был заместителем министра обороны СССР — главнокомандующим ВМС. В 1955 г. Кузнецов перенес инфаркт и просил дать ему работу в соответствии с состоянием здоровья. Руководство просьбу игнорировало. Тогда же, в 1955 г., на рейде в Севастополе по невыясненным до сих пор причинам взорвался линкор «Новороссийск». Комиссия по расследованию катастрофы вины Кузнецова не обнаружила, но поскольку он решительно возражал против линии Н. С. Хрущева на свертывание программы строительства крупных кораблей, его сняли с поста главкома под предлогом неудовлетворительного руководства ВМФ, понизили в звании до вице-адмирала и отправили в отставку.
Немалое значение имели также неприязненные отношения, сложившиеся в тот период у Николая Герасимовича со своим непосредственным начальником — министром обороны СССР Г. К. Жуковым, который не только не возражал, но и способствовал увольнению Н. Г. Кузнецова, включив обвинительные пункты в подготовленную им докладную записку в ЦК КПСС по поводу гибели линкора «Новороссийск».
В частности, там утверждалось: «…Руководство ВМФ находится в неудовлетворительном состоянии. Главком ВМФ адмирал флота Советского Союза Кузнецов Н. Г. неудовлетворительно руководил флотом, неправильно оценивал роль флота в будущей войне, допустил ошибки во взглядах и разработке направлений строительства и развития флота и упустил подготовку руководящих кадров».
«Не отрицаю, — писал в воспоминаниях Николай Герасимович, — недостатки, видимо, были, но законности в снижении меня в звании в 1956 году было еще меньше, чем при Сталине. Просто по указанию Хрущева было вынесено решение без объяснения вины и преступлений. А для того чтобы снизить адмирала флота Советского Союза в звании до вице-адмирала, нужно иметь достаточно оснований, если, конечно, придерживаться законов…
Я не вижу за собой преступлений, которыми можно было бы объяснить лишение меня высокого воинского звания. Факты, приведенные Жуковым, легко опровержимы, и это я сделал в своем письме в Президиум ЦК КПСС в 1957 году. Решения, как по партийной, так и государственной линиям, нельзя признать законными, если они приняты заочно, без заслушивания моих объяснений и предъявления обвинений».
«От службы во флоте меня отстранили, но отстранить меня от службы флоту невозможно», — писал Н. Г. Кузнецов.
В отставке Кузнецов написал пять книг воспоминаний и ряд статей. Выучил английский язык (до этого знал испанский, французский и немецкий) и перевел несколько книг по морской тематике. Организовал и вел семинары в Институте общей и педагогической психологии АПН СССР, выступал перед учеными, преподавателями, студентами с воспоминаниями и рассказами об истории Советской армии и Военно-Морского флота. В качестве консультанта участвовал в работе главной редакционной комиссии научного труда «История Второй мировой войны 1939–1945 гг.».
«В довоенное время и особенно в период Великой Отечественной войны, и в послевоенные годы я, по характеру возложенной на меня работы, имел возможность наблюдать всегда исключительно партийное, высококвалифицированное руководство со стороны Кузнецова Н. Г. всеми теми ответственными участками работы, которые поручались ему партией и правительством. Более чем уверен, что восстановление т. Кузнецова Н. Г. в звании, которого он необоснованно был лишен, и зачисление его в группу генеральных инспекторов при Министерстве обороны было бы, безусловно, справедливым и было бы с большим удовольствием воспринято всем знающим его личным составом Вооруженных сил и особенно Военно-Морского флота, большим и вполне заслуженным авторитетом у которого он пользовался и пользуется поныне. А. Василевский.»
Читать дальше