Дэвид Райх - Кто мы и как сюда попали [Древняя ДНК и новая наука о человеческом прошлом]

Источники карт: все карты сделаны с использованием ресурса Natural Earth (http://www.naturalearthdata.com/).

Рисунок 1.Контуры на панели 1а взяты из: L. L. Cavalli-Sforza, P. Menozzi, A. Piazza “Demic Expansions and Human Evolution”, Science 259 (1993): 639–646. Контуры на панели 1б являются интерполяцией численных оценок с илл. 3 в книге: W. Haak et al. “Massive Migration from the Steppe Was a Source for Indo-European Languages in Europe”, Nature 522 (2015): 207–211. Интерполяция выполнена с использованием программы POPSutilities.R из работы: F. Jay et al. “Forecasting Changes in Population Genetic Structure of Alpine Plants in Response to Global Warming, Molecular Ecology (2012): 2354–2368 с параметрами, обоснованными в работе: O. François “Running Structure-like Population Genetic Analyses with R”, June 2016, http:// membres-timc.imag.fr/Olivier.Francois/tutoRstructure.pdf.

Рисунок 2.График показывает данные по 3748 образцам, находящимся во внутренней базе данных моей лаборатории к ноябрю 2017 года; после этого момента данные не добавлялись.

Рисунок 4.Число генеалогических предков, которые внесли свою часть в наследие конкретного сегодняшнего человека, получено с помощью модельных симуляций Грэмом Купом, и результаты переданы автору. Методика симуляций описана в работе: G. Coop “How Many Genetic Ancestors Do I Have”, gcbias blog, November 11, 2013, https://gcbias.org/2013/11/11/how-does-your-number-of-genetic-ancestors-grow-back-over-time/.

Рисунок 5.По числу мутаций, различающихся в сегменте геномов, полученных от отца и от матери, можно оценить, как далеко во времени отстоит общий предок, давший отцу и матери этот конкретный сегмент. Панель 2 показывает оценки времени существования последнего общего предка 250 геномных пар неафриканцев (сплошная линия) и 44 геномные пары индивидов южнее Сахары; для каждой пары время усреднялось по сегментам геномов, с одинаковым сдвигом рамки. Данные оценки опубликованы в: S. Mallick et al. “The Simons Genome Diversity Project: 300 Genomes from 142 Diverse Populations”, Nature 538 (2016): 201–206. Панель 3 показывает максимальные оценки для каждого сегмента 229 геномных пар, данные из той же публикации.

Рисунок 6.Примерное распространение неандертальцев, как показано на илл. 1 в: J. Krause et al. “Neanderthals in Central Asia and Siberia”, Nature 449 (2007): 902–904.

Рисунок 7.Расчет общих мутаций основан на сравнении французов, южноафриканцев и неандертальцев в таблице S48 в: Supplementary Online Materials , R. E. Green et al. “A Draft Sequence of the Neandertal Genome”, Science 328 (2010): 710–722.

Рисунок 8.Иллюстрация выполнена по илл. 2 в: Q. Fu et al. “An Early Modern Human from Romania with a Recent Neanderthal Ancestor”, Nature 524 (2015): 216–219.

Рисунок 9.Иллюстрация выполнена по данным илл. 2. в: Q. Fu et al. “The Genetic History of Ice Age Europe”, Nature 534 (2016): 200–205.

Рисунок 10.Эта круговая диаграмма построена по колонкам AJ и AK в Supplementary Table 2 из: S. Mallick et al. “The Simons Genome Diversity Project: 300 Genomes from 142 Diverse Populations”, Nature 538 (2016): 201–206. Каждая популяция отображается как усреднение по выборке индивидов. Пропорция архаичного наследия посчитана как доля от его максимального значения из всех популяций. Значения меньше 0,03 приравнены к 0, а больше 0,97 – к 1. Из всех проанализированных популяций показаны 47, таким образом, подчеркнуто географическое покрытие и уменьшен визуальный шум.

Рисунок 13.Иллюстрация миграций в Европе дана по: Q. Fu et al. “The Genetic History of Ice Age Europe”, Nature 534 (2016): 200–205. Распространение льда наложено на карту в соответствии с прорисовками в: “Extent of Ice Sheets in Europe”, Map. Encyclopaedia Britannica Online, https://www.britannica.com/place/Scandinavian-Ice-Sheet?oasmId=54573.

Рисунок 14.Панель (а) дана по илл 4. из: Extended Data в W. Haak et al. “Massive Migration from the Steppe Was a Source for Indo-European Lan guages in Europe”, Nature 522 (2015): 207–211. Панель (б) и врезка на рисунке представлена с разрешения: D. W. Anthony и D. Ringe: Fig. 1 и Fig. 2, “The Indo-European Homeland from Linguistic and Archaeological Perspec tives,” Annual Review of Linguistics 1 (2015): 199–219.

Рисунок 15.Графики на всех трех панелях построены на основе анализа главных компонент по илл. 1b в: I. Lazaridis et al. “Genetic Origins of the Minoans and Mycenaeans”, Nature 548 (2017): 214–218.

Рисунок 16.Круговая диаграмма построена по 180 образцам индивидов, принадлежащих к культуре колоколовидных кубков, чью ДНК удалось прочитать с достаточным разрешением для определения уровня степного наследия. Индивидуальные образцы сгруппированы по странам, где они были найдены. Данные взяты из ревизованной версии: I. Olalde et al. “The Beaker Phenom enon and the Genomic Transformation of Northwest Europe”, bioRxiv (2017): doi.org/10.1101/135962.

Рисунок 17.Контуры ареала южноазиатской языковой семьи на панели (а) взяты из: A Historical Atlas of South Asia , ed. Joseph E. Schwartzberg (Oxford: Oxford University Press, 1992). График на панели (б) построен по методу главных компонент в: D. Reich et al. “Reconstruct ing Indian Population History”, Nature 461 (2009): 489–494; Fig. 3. По осям x и y приблизительно выравниваются географические и генетические позиции.