Петер Шпорк - Читая между строк ДНК. Второй код нашей жизни, или Книга, которую нужно прочитать всем

На этом пути у них будет много попутчиков, поскольку Институт здравоохранения США финансирует исследования и в трех других учреждениях, картирующих эпигеномы клеток. Еще они поддерживают научные центры, которые разрабатывают новые приборы для эпигенетических опытов и обработки данных, а также исследовательские группы, работающие над обнаружением неизвестных пока эпигенетических переключателей. И наконец, Национальный институт здравоохранения финансирует группу, которая должна объединить и обработать все новые результаты.

В 2014 году ученые собираются продемонстрировать первые карты человеческих эпигеномов, которые точно покажут, где у второго кода многочисленных проанализированных тканей есть типичные особенности. Чрезвычайно амбициозный план, поскольку на данный момент ни один эпигеном человеческой клетки не расшифрован полностью. То, что Майсснер и компания вообще могут взяться за эту грандиозную задачу, связано прежде всего с головокружительным техническим прогрессом: лабораторные роботы для секвенирования, которые расшифровывают генный текст вместе с включателями и выключателями, становятся все быстрее и дешевле.

Всего несколько лет назад европейские исследователи столкнулись с большими трудностями в аналогичном проекте. Они запустили первый этап изучения человеческого эпигенома и в 2006 году все-таки опубликовали модели метилирования трех хромосом человека. Но затем им пришлось сдаться из-за недостаточных технических возможностей.

Сегодня перспектива куда благоприятнее. «Если все сложится удачно, секвенирование всего эпигенома одного типа клеток будет занимать только две-три недели», — признается Майсснер.

При условии достаточного количества приборов и денег такими темпами удастся уложиться в намеченные сроки. А поскольку техника будет совершенствоваться и дальше, Майсснер надеется закончить анализ первых ста типов тканей даже досрочно. «Тогда у нас еще осталось бы время для нового этапа, когда, например, все это с помощью скрининговых методов можно будет распространить на следующие четыреста популяций культур клеток», — говорит он. Ведь на первом этапе необходимо исследовать только небольшой набор самых важных тканей. Наряду со здоровыми, дифференцированными клетками, которых у человека насчитывается 200 типов, это стволовые клетки и клетки, играющие главную роль в разных заболеваниях.

Расширение работ во второй фазе, вероятно, приблизило бы исследователей к их настоящей цели. Они хотят лучше понять процесс дифференцирования клеток и развития болезней. Для этого ученые будут сравнивать второй код клеток, находящихся в разных фазах и на разных направлениях развития. Кроме того, будет выясняться, какие эпигенетические переключатели типичны для больной ткани.

Есть надежда, что под конец молекулярные биологи узнают о большей части решающих моментов в жизни клетки.

Было время — меньше десяти лет назад, — когда даже некоторые дипломированные биологи не знали понятия «эпигенетика». Мне тоже как-то пришлось задать наивный вопрос во время одного интервью в японском Институте раковых исследований, когда руководитель лаборатории с заметной гордостью рассказывал мне о последнем высочайшем достижении — некоем эпигенетическом средстве, которое уже успешно проходит вторую фазу клинических испытаний на различных видах опухолей человека.

«А что такое эпигенетическое средство?» — спросил я и порадовался вежливости японцев, которые никогда не покажут, насколько малосведущим считают своего собеседника. Ответ прозвучал так: будущее лекарство блокирует гистондеацетилазы. То была одна из моих первых встреч с модификацией гистонов. Эти ферменты изменяют белки, которые всегда октетом образуют нуклеосомы — те самые «барабаны», на которые более или менее плотно наматываются нити ДНК.

Тогда это объяснение мне мало что открыло. А последовавшая за ним лекция стала, без сомнения, ключевым моментом, окончательно пробудившим во мне интерес ко второму коду. Я записал: гистондеацетилазы (HDAC) — ферменты, которые удаляют ацетильные группы с хвостов гистонов, в результате чего внезапно усиливается взаимное притяжение нуклеосомы и ДНК (гистоны упаковывают ДНК плотнее, чем прежде). Следствие: деактивируется контролируемый на этом участке ген. С помощью гистондеацетилаз, к которым относятся также продлевающие жизнь сиртуины, клетка участвует в принятии решения о том, какие участки ДНК она может считывать, а какие нет. И в зависимости от затронутого процессом гена это может даже привести к перерождению клетки.