Была проведена чистка среди работников милиции, лица, замеченные в предвзятом отношении к потерпевшим, протекционизме и других нарушениях закона — уволены, по выявленным фактам проведены внутренние расследования и заведены уголовные дела.
Было проведено повторное расследование по всем случаям изнасилований и нападений. Вышедший указ к ним был неприменим, так как по процессуальным нормам, закон обратной силы не имеет. Однако расследования были проведены в кратчайшие сроки и очень жёстко. Все виновные были осуждены на максимально предусмотренные сроки и отправлены для отбытия наказания в самые отдалённые северные районы.
По всем обвиняемым проводилась проверка на источники доходов. Было подтверждено множество случаев, когда нигде не работающие граждане имели роскошные дома, по несколько автомобилей, да ещё и использовали их для совершения преступлений. В таких случаях приговор также выносился без лишних задержек.
Во время проведения расследований поначалу следственным органам оказывалось серьёзное противодействие. Свидетели и потерпевшие отказывались от показаний, некоторые свидетели исчезали, подозреваемые, которых не успели взять под стражу, пускались в бега. Потерпевших и многих из свидетелей приходилось вывозить и трудоустраивать за пределами республики — только на таких условиях многие из них соглашались давать показания. По сути, в этот период в СССР впервые пришлось создавать программу защиты свидетелей, аналогичную американской. (АИ)
Со стороны партийных органов республики на следственные органы постоянно оказывалось давление. Но центральная власть тоже проявила жёсткий подход. Партийных функционеров, препятствовавших проведению расследования, брали под стражу прямо в служебных кабинетах. Комитет Государственной Безопасности начал негласное расследование деятельности Первого секретаря ЦК компартии Азербайджана Имама Дашдемир оглы Мустафаева (АИ)
(В реальной истории 8 июля 1959 года постановлением IX-го пленума ЦК КП Азербайджанской ССР был смещён с должности 1-го секретаря ЦК, обвинен в национализме — официальная версия)
Следственное управление КГБ СССР тщательно искало связи республиканского руководства и местной организованной преступности с центральными партийными и государственными органами. Хотя Мустафаев и сам был членом ЦК КПСС, было ясно, что сложившаяся ситуация могла быть частью чего-то большего.
Аналогичное расследование, но ещё более засекреченное, проводилось и в Грузии. Сама структура местного подпольного бизнеса предполагала «работу на экспорт», так как производящиеся товары не могли быть в полном объёме реализованы на относительно небольшом внутреннем рынке республики. Большая их часть вывозилась в РСФСР и Украину, и продавалась там. Следовательно, необходимо было «найти концы», связи местных «теневиков» и организованной преступности в РСФСР и Украине, без которых экспорт этих товаров с Кавказа был невозможен.
— Всю эту кодлу должен кто-то покрывать, может быть, даже наверху. Ищите лучше, — напутствовал Хрущёв Серова, Дудорова и Руденко.
Расследование, проводившееся тайно, не могло быть быстрым. Необходимо было проанализировать и сопоставить десятки тысяч документов, опросить тысячи свидетелей, при том проделать всю эту работу по возможности скрытно, чтобы не спугнуть подозреваемых. По ходу расследования выявлялись такие факты, и упоминались такие фигуры, что волосы вставали дыбом. Расследование затянулось более чем на два года.
Чтобы отвлечь внимание на всех уровнях от проводимого расследования экономических преступлений, решили сконцентрировать пропагандистский акцент на национализме и уголовниках. Газеты печатали статьи, освещавшие события в Азербайджане и комментарии должностных лиц. В начале 1957 года (после начала регулярного телевещания), со своей оценкой событий по телевидению и радио выступил Хрущёв.
— Сейчас компетентные органы ведут расследование событий в Закавказье, — сказал Никита Сергеевич. — Я имею в виду вопиющие проявления национализма и тяжкие уголовные преступления в Азербайджане, и, в меньших масштабах — в Грузии.
— Необходимо дать партийную оценку этим фактам, — сказал Первый секретарь. — Прежде всего, я хочу подчеркнуть, что никто в ЦК КПСС, Верховном Совете, и других органах власти не считает, что все в Закавказье — поголовно преступники и националисты. Паршивые овцы встречаются везде и способны, к сожалению, бросить тень на любой народ. В этих условиях наша основная задача — разобраться в событиях непредвзято и восстановить социалистическую законность.
Читать дальше