В 1638 г. в Джунгарию вторгся бухарский полководец Абдушукур с 38-тыс. узбекским войском. Хошоутский нойон Галдама вышел ему навстречу с 3000 воинов и разбил наголову.
В 1640 г. первый джунгарский хан (1634—1653) Батур-хунтайджи (Эрдэни-Батур) (? -1653), представитель рода чорос, провел общемонгольский съезд, участие в котором приняли участие представители всех ойратских и халха-монгольских ханских и княжеских родов, от междуречья Яика и Волги до Западной Монголии и Джунгарии. На съезде было принято Степное Уложение, установившее единые законы для всех ойратских владений и определившее буддизм школы гелуг в качестве единой религии.
Влияние Батур-хунтайджи распространялось не только на собственно Джунгарию (Западную Монголию) и долину верхнего течения р. Или, но и на Хакасию, три казахских жуза (Южный и Западный Казахстан), Восточный Туркестан, Среднюю Азию, Монголию, Калмыцкое ханство (Южная Сибирь, Северный Казахстан, Юг современной России, Северный Кавказ) и Кукунорское (Хошутское) ханство (Тибет, Северный Китай и Северная Индия).
В 1643 г. казахи во главе с Жангир-ханом и Жалантос-батыром одержали победу над армией Эрдэни-Батура в Орбулакской битве. Первоначально джунгарам в одном из ущелий у реки Орбулак противостоял Жангир-хан с отрядом из 600 воинов, вооруженных ружьями. Затем на помощь Жангиру пришли 2 тыс. кыргызов и 20-тыс. войско бухарского эмира Жалантоса.
В 1652г. казахи потерпели поражение и были вынуждены покинуть предгорья Алатау, занятые джунгарскими кочевьями.
В 1667 г. джунгары ликвидировали государство Алтан-ханов.
После смерти Батур-хунтайджи между его наследниками шла борьба за власть. В 1678 г. хан Галдан-Бошокту (детство и юность провел в Тибете, где был пострижен в монахи. Став ханом, он, следуя монашескому обету, брил голову), упрочив свою власть над ойратскими владениями, начал завоевательные походы в Казахстан, Среднюю Азию и Восточный Туркестан. Сын Жангир-хана – Тауке-хан (1680—1715) – не смог остановить джунгаров и в 1681 г. войска Галдана перешли реку Шу. В результате походов 1683—1684 гг. был взят и разрушен г. Сайрам. В 1683 г. джунгарская армия под командованием Цэван-Рабдана дошла до Ташкента и Сырдарьи, разбив два казахских войска. В 1690г. желая присоединить к Джунгарии Восточную Монголию Галдан-хан вступил в военное столкновение с цинским Китаем. В 1696г. он потерпел поражение на Тэрэлже, что в значительной степени было обусловлено выступлением против Галдана его племянника Цэван-Рабдана, ставшего новым правителем ханства (1697—1727). В 1698 г. войска Цэван-Рабдана, в очередной раз разгромили казахов и совершили поход до Тенгиза и Туркестана.
В 1710 г. джунгары разорили российский Бикатунский острог, который пытались основать на землях Джунгарского ханства российские войска. В 1715 г. джунгары снова начали военные действия против империи Цин, и захватили Хами. В феврале-апреле 1716 г. по указанию ойратского хана Галдан-Церена ойратами был разгромлен российский отряд полковника И. Д. Бухгольца, который по указам Петра Первого пытался основать на территории Джунгарского ханства Ямышевскую крепость. Ямышевская крепость была срыта, отряд Бухгольца, потеряв убитыми и пленными 2300 человек, был вынужден отойти на российскую территорию и на окраине Джунгарского ханства вместо Ямышевской крепости основать новый опорный пункт – крепость Омск.
В 1716 г. 6-тысячный корпус ойратов совершил рейд в Тибет через труднопроходимые хребты Куньлуня и разгромил там цинские войска, заняв Лхасу. В 1717 г. джунгары в районе Нагчу дали отпор цинской армии, попытавшейся вытеснить их из Тибета.
В 1718 г. джунгары нанесли поражение казахам близ реки Аягоз. В том же году джунгары разбили казахское войско на реке Арыс. Кроме джунгар, казахам приходилось отбивать набеги башкир, бухарцев, кокандцев и хивинцев.
В 1720 г. цинские войска вытеснили джунгар и вернули Тибет под контроль империи, но на территории самой Джунгарии продолжали терпеть поражения. После заключения мирного договора с Китаем джунгары возобновили свои походы в казахские улусы. В 1723 г. казахи потеряли обширные территории в районе Семиречья и уступили ойратам Ташкент и Туркестан. Зависимость от джунгар признали также Ходжент и Самарканд. В 1725 г. джунгары разгромили каракалпаков.
1723г. вошел в историю Казахстана, как «Год великого бедствия» (Ақтабан Шұбырынды).
В 1729—1737 гг. преемник Цэван-Рабдана Галдан-Цэрэн, пытаясь отвоевать у маньчжуров Халха-Монголию, вёл войну против цинского Китая. Ни одна из сторон не смогла нанести решающего поражения другой и в 1739 г. Галдан заключил мир с цинским Китаем на выгодных для себя условиях.
Читать дальше