Император Николай II не должен был допускать, чтобы великий князь Сергей сохранил бы свой пост генерал-губернатора после катастрофы на Ходынском поле. Как бы для того, чтобы ещё более подчеркнуть свою неприятную личность, он женился на старшей сестре Государыни великой княгине Елизавете Фёдоровне. Трудно было придумать больший контраст, чем между этими, двумя супругами!
Редкая красота, замечательный ум, тонкий юмор, ангельское терпение, благородное сердце – таковы были добродетели этой удивительной женщины. Было больно, что женщина ее качеств связала свою судьбу с таким человеком, как дядя Сергей. С того момента, как она, прибыла в С. Петербург из родного Гессен-Дармштадта, все влюбились в «тетю Эллу».
Проведя вечер в ее обществе и вспоминая ее глаза, цвет лица, смех, ее способность создавать вокруг себя уют, мы приходили в отчаяние при мысли о ее близкой помолвке. Я отдал бы десять лет жизни, чтобы она не вошла, в церковь к венцу об руку с высокомерным Сергеем. Мне было приятно думать о себе, как о ее «cavaliere servente» (фр. Верном рыцаре), и я презирал снисходительную манеру Сергея обращаться к «тете Элле», преувеличенно грассируя по-петербургски и называя её «моё дитя». Слишком гордая, чтобы жаловаться, она прожила с ним около двадцати лет. Ни поза или рисовка, а истинное милосердие побудило её навестить убийцу её мужа в его камере перед казнью в Московской тюрьме. Её последовавший вслед за тем уход в монастырь, её героические, хотя и безуспешные попытки руководить Царицей, и, наконец, её мученичество в плену большевиков – всё это даёт достаточно оснований, чтобы причислить Великую Княгиню Елизавету Фёдоровну к лику святых. Нет более благородной женщины, которая оставила отпечаток своего облика на кровавых страницах русской истории».
Тем не менее, положение великого князя не изменилось. Более того 1896 году он получил звание генерал-лейтенанта и был назначен командующим войсками Московского военного округа с сохранением должности Московского генерал-губернатора.
Состоявшийся по делу о Ходынской катастрофе суд признал виновным лишь московского обер-полицмейстера полковника Александра Александровича Власовского, который был уволен со службы, с назначением пенсии в 3000 рублей в год.
Сергей Александрович продолжал и в дальнейшем управлять Москвой, пока в 1904 году не началась русско-японская война.
С самого начала военных действий русскую армию сопровождали неудачи. Война привела к брожению народных масс. Начала нового 1905 года было ознаменовано новой трагедией. В Петербурге была разогнана мирная демонстрация народа, имелись многочисленные жертвы. Во многих городах прошли многотысячные митинги протеста. Не осталась в стороне и Москва, 10 января в городе забастовало 24 предприятия, а на следующий день их число увеличилось до 40. Скоро именно Москва становится лидером революционного движения.
Сергей Александрович, как губернатор Москвы настаивал на крайних мерах в борьбе с революционными выступлениями. С ним было несогласно правительство, боявшееся строгих мер. В знак протеста, 14 января 1905 года великий князь оставил свой пост генерал-губернатора Москвы, оставаясь командующим военным округом. Ещё в конце 1904 года великий князь Сергей просил императора освободить его от одной из занимаемых им должностей. Учитывая способности и возможности своего дяди в юности служившего в гвардии, царь оставил его в должности командующего войсками военного округа.
Между тем, в бурлящей Москве, великий князь стал главной мишенью для революционеров. Эсерами он был приговорён к смерти. Ими был разработан план уничтожения бывшего Московского губернатора. Террористический акт был совершён 4 февраля 1905 года в Кремле в 3 часа дня.
Великий князь ехал в карете, когда экипаж поравнялся с террористом Каляевым, последний бросил заготовленное самодельное взрывное устройство. Раздался страшный взрыв. Карету разнесло в щепки. В окнах ближайшего здания Сената вылетели стёкла. Тело Сергея Александровича было разорвано на куски.
Останки великого князя Сергея похоронили в Кремле в Чудовом монастыре, его усыпальница находилась в подклете Алексеевской церкви. Склеп великого князя находился под полом, точно под ракой святителя Алексия.
В 1930 году Чудов монастырь был уничтожен. В 1995 году останки великого князя были перезахоронены в Новоспасском монастыре.
На месте гибели великого князя в 1908 году был установлен памятник, высокий бронзовый крест, изготовленный по проекту художника Виктора Михайловича Васнецова. 1 мая 1918 года крест был уничтожен сотрудниками ВЦИК и Совнаркома, во главе с его председателем В.И. Лениным.
Читать дальше