С конца 1991 г. — соучредитель (вместе с бывшим начальником иностранного отдела ФТИ им. Иоффе Владимиром Якуниным) и президент ЗАО «Корпорация «Стрим» (первонач. название, до осени 1992 — АОЗТ НИИ «Кварк»).
В конце 1991 г. вместе с Владимиром Якуниным реанимировал закрытый после августовской попытки государственного переворота ГКЧП банк «Россия», который фактически стал банком питерских совместных предприятий (СП), контролируемых выходцами из КГБ. На 1994 г. АОЗТ «Кварк» имело 18,27 % в уставном капитале банка «Россия». На 1995 г. — заместитель председателя совета директоров ОАО АБ «Россия» (председатель — Владимир Коловай).
В 1991 г. мэр Санкт-Петербурга Анатолий Собчак поручил Владимиру Путину «подготовить документы по созданию на базе коммерческого банка "Россия" фонда стабилизации экономики Ленинградского района с привлечением иностранных инвесторов» [4] Резник И., Петрова О. Помощники «России» // Ведомости. — 2008. - 24 июля.
.
В начале 1990-х гг. Ковальчук познакомился с Геннадием Тимченко и его партнерами по фирме «Кинэкс». В 1997 г. структуры, подконтрольные Тимченко и его партнерам, купили 20,6 процентов акций банка «Россия».
В 1995 г. входил в состав Петербургской межведомственной комиссии по предприятиям с иностранными инвестициями, которой руководил Владимир Путин.
С 1996 г. — почетный консул Королевства Таиланд в Санкт-Петербурге.
В ноябре 1996 г. стал одним из восьми соучредителей дачного потребительского кооператива «Озеро» на берегу Комсомольского озера в Приозерском районе Ленинградской области (другие соучредители кооператива: Владимир Путин, Виктор Мячин, Владимир Смирнов, Владимир Якунин, Сергей Фурсенко, Андрей Фурсенко, Николай Шамалов).
С ноября 1997 г. — консультант кредитного отдела акционерного банка «Россия». В 2000 г. — зампред совета директоров АКБ «Россия» (председатель совета директоров — Андрей Катков).
С декабря 2000 г. — председатель учредительного совета Центра стратегических разработок «Северо-Запад», затем — председатель правления.
С ноября 2002 г. — председатель правления Некоммерческого партнерства «Российская лига почетных консульских должностных лиц».
В 2003 г. в списке акционеров ОАО «Акционерный Банк «Россия» изменились доли участия в капитале следующих акционеров: Ковальчук Юрий Валентинович — 41,199 %; Мячин Виктор Евгеньевич — 25,392 %. В декабре 2003 г. банк «Россия» сообщил, что разместит допэмиссию акций на 30 млн. рублей по номиналу в пользу «Северсталь-групп» Алексея Мордашова по цене в 20 раз выше номинала. Таким образом, холдинг должен был заплатить 600 млн. рублей за 9 % акций банка с собственным капиталом 616 млн. рублей. Газета «Ведомости» расценила сумму, заплаченную Северсталью за долю менее 10 % в некрупном и малоизвестном банке, как необычно большую [5] Петрова С., Темкин А… Дорогой банк для «Северстали» // Ведомости. -2003. - 23 дек.
.
5 февраля 2004 г. во время избирательной кампании по выборам президента РФ кандидат в президенты бывший председатель Государственной думы, бывший секретарь Совета безопасности РФ Иван Рыбкин. 10 февраля 2004 г. Рыбкин опубликовал на правах рекламы в «Независимой газете» статью «Путин не имеет права на власть в России». В статье Рыбкин утверждал: «Я — да и не только я — обладаю множеством конкретных свидетельств участия Путина в бизнесе. Известный Абрамович, стоящие в тени Тимченко, братья Ковальчуки и другие отвечают за бизнес Путина. Акции НТВ, Первого канала, "Сургутнефтегаза" и многих других акционерных обществ принадлежат компаниям и лицам, над которыми может осуществлять контроль лично Путин. Я утверждаю: сейчас именно В.В.Путин — самый крупный олигарх в России» [6] Васильев Ю. Неведомые миру факты // Московские новости. — 2004. - 6 февр.
.
В январе 2005 г. стало известно, что банк «Россия» получил контроль над страховой компанией «СОГАЗ». В мае 2005 г. банк «Россия» объявил, что увеличил объем принадлежащего ему пакета акций ОАО «Санкт-Петербургские ведомости» с 20 % до 35 %. В итоге контрольный пакет акций газеты теперь принадлежит структурам, близким председателю совета директоров и главному владельцу банка «Россия» Ю. Ковальчуку.
В 2006 г. компания «Согаз» купила у ОАО «Газпром» 75 процентов плюс 1 акцию управляющей компании «Лидер», которая управляла крупнейшим негосударственным пенсионным фондом «Газфонд».
В декабре 2006 г. владельцем контрольного пакета телекомпании «Рен ТВ» стало ООО «ПК Аброс» — «дочка» банка «Россия». До этой сделки по 35 % акций «Рен ТВ» владели компании «Северсталь» и «Сургутнефтегаз», а 30 % акций находились у немецкой медиакомпании RTL Group. Примерно тогда же ООО «ПК Аброс» вошло в состав акционеров ТРК «Петербург» и стало владеть ее самым крупным пакетом — более 38 % акций. 18 декабря 2006 г. акционерами ООО «Медиа-Холдинг Рен ТВ» (в эту структуру входят одноименные телеканал и телекомпания) был утвержден новый состав совета директоров, председателем которого в тот же день была избрана Любовь Совершаева, которая представляет интересы нового акционера этой компании — ООО «ПК Аброс».
Читать дальше