С августа 1991 года по январь 1992 года ведомством руководил Вадим Бакатин, с января 1992 года по сентябрь 1993 года — Виктор Баранников, с декабря 1993 года по февраль 1994 года — Николай Голушко, с февраля 1994 года по июнь 1995 года — Сергей Степашин, с июля 1995 года по июнь 1996 года — Михаил Барсуков, с июля 1996 года по июль 1998 года — Николай Ковалев, с июля 1998 года по август 1999 года — Владимир Путин, с августа 1999 года — Николай Патрушев. На посту директора ФСБ РФ Патрушева в мае 2008 года сменил Александр Васильевич Бортников. Но это уже было после ухода Бориса Ельцина с поста президента.
Каждый новый руководитель, как правило, приводил с собой свою команду и пытался сказать новое слово в обеспечении безопасности страны: видоизменить структуру ведомства, сократить оперативный состав, ужесточить кадровую политику, иначе расставить акценты в оперативной деятельности, например определить что главнее — борьба с терроризмом или со шпионажем, хотя и так понятно, что каждое подразделение должно заниматься своим делом и не дублировать функции другого.
Смена Ельциным руководителей ведомства, как правило, влекла за собой и смену руководителей основных его подразделений, в том числе и контрразведки, которая переименовывалось и в Управление контрразведывательных операций, и в Департамент контрразведки, и в Службу контрразведки.
В период президентства Ельцина и кадровой чехарды (а иначе и не назовешь то, что происходило) руководителей органов безопасности России, офицерский состав контрразведки неоднократно выводили за штат их подразделений, и они находились в подвешенном, стрессовом состоянии, не уверенные в сегодняшнем и завтрашнем дне, так как по указанию Администрации президента периодически сокращались численность и финансирование контрразведки, дробились подразделения и видоизменялись их функции.
На фоне чистки подразделений и постоянных кадровых сокращений уходили из органов опытные сотрудники, а молодежь не желала в безденежье и в ситуации отсутствия идеалов идти на службу.
Это привело к тому, что образовался серьезный разрыв поколений, когда некого было назначать на вакантные руководящие должности.
Стоило больших усилий удержать американское направление работы в контрразведке на достаточно приемлемом уровне, ведь приданные силы (наружное наблюдение, технические средства) были подвергнуты катастрофическим сокращениям и сведены до минимума.
О восстановлении прежних наших оперативных и оперативно-технических возможностей по американской линии не могло идти и речи.
Но, как говорится, жизнь продолжалась, и в тот сложнейший для нас период американцы, в соответствии с нашими договоренностями в Вашингтоне, через посольскую резидентуру ЦРУ наращивали переговорно-информационную работу — буквально завалили нас информационными запросами.
На достаточно частых встречах мне приходилось получать от них информационные запросы по тематике, напрямую не касающейся ни деятельности первого отдела, ни ведомства в целом.
После таких встреч, возвратившись в отдел, я был вынужден, отвлекаясь от своей непосредственной работы, готовить многочисленные запросы в другие подразделения и органы безопасности, добиваться и получать от них ответы, обрабатывать их и затем, на последующих встречах, передавать эти ответы американцам.
Так же, как в рамках операции «Фантом» мы заставили резидентуру ЦРУ работать буквально на износ под нашим контролем, так и американцы обрушили на нас шквал запросов, которые мы были вынуждены исполнять, не имея к тематике этих вопросов прямого отношения.
Аналогичной активностью американцам мы не смогли ответить, так как другие подразделения КГБ, владельцы информации, были по большей части заняты своими внутренними проблемами. К тому же они опасались американцев, не доверяли им и не имели ни желания, ни дополнительных возможностей заниматься подобного рода информационным обменом.
Надо было что-то делать, и мы вышли с предложением к руководству ведомства передать весь этот информационный поток создаваемой Службе (управлению) международных связей (СМС), оставляя за собой право и обязанность присутствовать на каждой встрече с американцами, сотрудниками ЦРУ, так как это наши объекты разработок, переложив на плечи СМС проработку запросов со стороны ЦРУ и подготовку ответов на них.
Наше предложение было поддержано, но и вплоть до моего отъезда в 2000 году в загранкомандировку я участвовал во всех переговорах и с делегациями ЦРУ, и в большинстве встреч с резидентами ЦРУ в Москве, последовательно сменявшими друг друга: Дэвидом Рольфом, Майклом Суликом (впоследствии он возглавлял контрразведывательное подразделение ЦРУ, одно время он был помощником заместителя директора ЦРУ, в сентябре 2007 года его назначили главой подразделения агентурной разведки ЦРУ), Рольфом Моуэтт-Ларсеном и Стивеном Каппесом (в 2000 году американец руководил Центром контрразведки ЦРУ, в 2004 году был заместителем директора ЦРУ по операциям, в 2006 году был назначен первым заместителем директора ЦРУ).
Читать дальше